New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1977647 = | 69 (1.280) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 5.5% | coding (1311/2241 nt) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
? | NC_002947 | 1977733 = | 39 (0.770) | coding (1397/2241 nt) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
GTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAGCGCATGCTGCGCGG > NC_002947/1977586‑1977877 | gTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAg > 3:122680/1‑149 (MQ=255) agcaggcaggatttgacctgggcgctagccatcggcagcgtgtaggtcagccctttgagctTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAg > 4:100828‑M1/62‑149 (MQ=255) aGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTc < 6:221039/149‑1 (MQ=255) gCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTc > 2:316480/1‑148 (MQ=255) gCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTc < 1:316480/148‑1 (MQ=255) gATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCCAAAA‑CGCCCTGCCCCCGAGGACCAACCGCGGTGGCCACAACCTAAAAgg > 1:283342/1‑147 (MQ=255) gATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑CGAGCGCCCGACGGCCGCGGCCCAGCCGCGGGGGGCCCACCCGCAAAGGGc > 1:287269/1‑149 (MQ=255) aTGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTg < 8:190736/149‑1 (MQ=255) aTGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTg < 3:322852/149‑1 (MQ=255) tCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGTGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGAc < 5:67358/148‑1 (MQ=255) gCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGc > 7:156326/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGTGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCCTCCGCCGCGGCCCCTCCGCGGTGGCCACAAGCTGAAAGGGCTGACCTACCCGCTGCCGATGGc > 1:239937/1‑147 (MQ=255) tCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAg > 1:213419/1‑149 (MQ=255) tCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAg > 2:61591/1‑149 (MQ=255) aGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTc < 2:213419/149‑1 (MQ=255) cccGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAACCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCaaa > 6:34999/1‑148 (MQ=255) ccGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATc < 1:150081/149‑1 (MQ=255) gATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATcct < 4:122680/149‑1 (MQ=255) aCCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGCCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATcctgcct > 6:192494/1‑148 (MQ=255) cttgtggccaccgcggatggtcagcggcggacggccgtccgggccggtctcgaccacagcacccatttcgcgcagcgggttggccacaAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCctgct > 4:100828‑M2/89‑149 (MQ=255) gtggccaccgcggatggtcagcggcggacggccgtccgggccggtctcgaccacagcacccatttcgcgcagcgggttggccacaAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCctgcctgc < 7:304018‑M2/60‑1 (MQ=255) gtggccaccgcggatggtcagcggcggacggccgtccgggccggtctcgaccacagcacccatttcgcgcagcgggttggccacaAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCctgcctgc > 8:304018‑M2/86‑145 (MQ=255) CAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCg < 6:174748‑M1/149‑1 (MQ=255) CAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGCCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCCATGCCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCAGGCCg < 7:231026‑M1/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTggccggc < 1:61591/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCt < 2:287269/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCt < 2:283342/149‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTg < 7:100110/100‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTg > 8:100110/1‑100 (MQ=255) gCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATcctgcc > 7:154676/1‑131 (MQ=255) gCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATcctgcc < 8:154676/131‑1 (MQ=255) gAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCg > 7:27513/1‑148 (MQ=255) aaaTGGGTGCTGTGTGCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGaa < 7:164154/149‑1 (MQ=255) tGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGc < 5:174748/149‑1 (MQ=255) gggTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACCAGCTCAAAGGGCTGCCCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCCGGTCAAAGCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTCCGCCGACGGCa > 5:229208/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGTGGTCGAGAGCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGGCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACTAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCaa < 8:231026/149‑1 (MQ=255) tgGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACt < 2:239937/149‑1 (MQ=255) gTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACaa > 2:146346/1‑53 (MQ=255) gTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACaa < 1:146346/53‑1 (MQ=255) tCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGt > 3:100869/1‑148 (MQ=255) gagaCCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCAc < 8:288346/149‑1 (MQ=255) c‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTgcg > 6:6684/1‑149 (MQ=255) ggA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTgcgc < 4:100869/149‑1 (MQ=255) ggCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTAc > 8:75252/1‑149 (MQ=255) gTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGaa > 4:307615/1‑113 (MQ=255) gTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGaa < 3:307615/113‑1 (MQ=255) tCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTg < 5:192494/149‑1 (MQ=255) cTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGCCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCacac < 5:34999/149‑1 (MQ=255) aCCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACAcc < 1:322356/147‑1 (MQ=255) cATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAgc > 2:269743/1‑149 (MQ=255) aTCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAgcg > 5:150847/1‑149 (MQ=255) gTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAGCGCAtgctg > 1:136110/1‑149 (MQ=255) cacaAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGCGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAGCGCATGCTGCGCgg > 8:230271‑M2/5‑149 (MQ=255) cacaAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAGCGCATGCTGCGCgg > 4:201720‑M2/5‑149 (MQ=255) | GTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCTGCTGCTGGCCGGCCTGTACGCCGAAGGCAAGACCACTGTCACTGAGCCTGCGCCTACCCGTGACCACACCGAGCGCATGCTGCGCGG > NC_002947/1977586‑1977877 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |