New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2470880 = | 48 (0.890) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.3% | coding (445/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
? | NC_002947 | 2470925 = | 45 (0.890) | coding (490/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
GCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCC > NC_002947/2470733‑2471027 | ggatacatcggcgaggtagaaagcaatgcgccgctcgtccacgcggaaataatcgacaaaatcacccgaaaggtacaacgacgggatgatctggtgctcgaaggcgaactcgccggccacccaggggctttccggcaacatgttcatCt < 6:16232‑M1/2‑1 (MQ=255) cgccgACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGc < 5:339141/149‑1 (MQ=255) gccgACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCa < 5:324390/149‑1 (MQ=255) ggcgaggtagaaagcaatgcgccgctcgtccacgcggaaataatcgacaaaatcacccgaaaggtacaacgacgggatgatctggtgctcgaaggcgaactcgccggccacccaggggctttccggcaacatgttcatCTg > 2:76578‑M1/139‑141 (MQ=255) ggcgaggtagaaagcaatgcgccgctcgtccacgcggaaataatcgacaaaatcacccgaaaggtacaacgacgggatgatctggtgctcgaaggcgaactcgccggccacccaggggctttccggcaacatgttcatCTg < 1:76578‑M1/3‑1 (MQ=255) ccTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGtt < 7:156444/147‑1 (MQ=255) ccTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTg > 2:178537/1‑148 (MQ=255) ccTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGc < 4:310047/149‑1 (MQ=255) cTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTAGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTg > 4:287376/1‑147 (MQ=255) aGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGAc < 1:87518/149‑1 (MQ=255) gCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGa < 5:89928/149‑1 (MQ=255) gAAGCCCTGGCCGTACTCGTGCATGAGGTGCTCCGCGCCATCGCCCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAACCCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCTCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTTTTGCAGGAGGACCAGAcc < 5:194683/147‑1 (MQ=255) gAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGAccgc > 7:290569/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCg > 5:41056/1‑149 (MQ=255) ccGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCTCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAg < 8:290569/149‑1 (MQ=255) ccGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAg > 8:36858/1‑149 (MQ=255) ccGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAg > 7:156389/1‑149 (MQ=255) tCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTg > 4:277675/1‑146 (MQ=255) cggaaataatcgacataatcacccgaaaggtacaacgacgggatgatctggtgctcgaaggcgaactcgccggccacccaggggctttccggcaacatgttcatCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAg > 7:246790‑M1/105‑149 (MQ=255) gAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGAt > 3:148553/1‑149 (MQ=255) gCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGAt < 8:201853/147‑1 (MQ=255) gCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGAt > 7:201853/1‑147 (MQ=255) ttCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACa > 8:76643/1‑149 (MQ=255) gTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGtt > 1:229738/1‑149 (MQ=255) cgccgcgccCTCGACCGCTCGGGCCTTGTGCTGGACAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGGCGACTACCGCGAACTGGAGTCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAAAATGTTGc < 7:223557/148‑1 (MQ=255) cgccgcgccCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGc < 2:229738/148‑1 (MQ=255) gcggcgccCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCg < 5:191508/146‑1 (MQ=255) cccTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑c > 1:217815/1‑149 (MQ=255) ccTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑cc < 4:148553/149‑1 (MQ=255) gACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCt < 1:178537/148‑1 (MQ=255) gCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTg < 8:156389/149‑1 (MQ=255) tCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCATATGAACCAGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGc > 3:233928/1‑149 (MQ=255) cTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGa < 2:217815/149‑1 (MQ=255) gtgCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGt < 7:76643/148‑1 (MQ=255) tgCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGtt < 6:41056/148‑1 (MQ=255) tGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGcc > 4:154439/1‑149 (MQ=255) gAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCtt > 5:172675/1‑149 (MQ=255) cAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAGCCCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGc < 1:41023/149‑1 (MQ=255) gcgcTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc > 1:166639/1‑148 (MQ=255) gcgcTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc > 1:171888/1‑148 (MQ=255) ccGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGatca > 1:132589/1‑149 (MQ=255) cAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCcgt < 7:36858/149‑1 (MQ=255) gccggccacccaggggctttccggcaacatgttcatCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCa > 2:210622‑M1/37‑80 (MQ=255) gccggccacccaggggctttccggcaacatgatcatCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCa < 1:210622‑M1/44‑1 (MQ=255) gCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCcgtcgt > 7:63153/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTg > 3:129592/1‑149 (MQ=255) aCCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc > 4:234625/1‑119 (MQ=255) aCCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc < 3:234625/119‑1 (MQ=255) cgcgAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAcc < 4:199826/118‑1 (MQ=255) cgcgAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAcc > 3:199826/1‑118 (MQ=255) aCTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGATGTACCTTTCGGGTGATTTTg < 4:129592/149‑1 (MQ=255) gAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGGAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGa > 7:67960/1‑149 (MQ=255) gAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTc < 2:171888/147‑1 (MQ=255) gAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTc < 2:166639/147‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGatt < 3:277675/149‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCCGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCAGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGatta > 2:30487/1‑149 (MQ=255) ctccTGCAACAGGTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTAttt > 3:168414/3‑149 (MQ=255) aGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTAttt < 6:172675/149‑1 (MQ=255) gCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTc > 6:278744/1‑149 (MQ=255) ccTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTcc > 2:74765/1‑149 (MQ=255) | GCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTGGCCGTACTCGAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCC > NC_002947/2470733‑2471027 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |