New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2470880 = | 48 (0.890) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.3% | coding (445/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
? | NC_002947 | 2470925 = | 45 (0.890) | coding (490/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
GAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGCCGATGTATCCGG > NC_002947/2470778‑2471073 | gAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGAt > 3:148553/1‑149 (MQ=255) gCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGAt < 8:201853/147‑1 (MQ=255) gCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGAt > 7:201853/1‑147 (MQ=255) ttCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACa > 8:76643/1‑149 (MQ=255) gTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGtt > 1:229738/1‑149 (MQ=255) cgccgcgccCTCGACCGCTCGGGCCTTGTGCTGGACAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGGCGACTACCGCGAACTGGAGTCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAAAATGTTGc < 7:223557/148‑1 (MQ=255) cgccgcgccCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGc < 2:229738/148‑1 (MQ=255) gcggcgccCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCg < 5:191508/146‑1 (MQ=255) cccTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑c > 1:217815/1‑149 (MQ=255) ccTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑cc < 4:148553/149‑1 (MQ=255) gACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCt < 1:178537/148‑1 (MQ=255) gCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTg < 8:156389/149‑1 (MQ=255) tCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCATATGAACCAGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGc > 3:233928/1‑149 (MQ=255) cTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGa < 2:217815/149‑1 (MQ=255) gtgCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGt < 7:76643/148‑1 (MQ=255) tgCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGtt < 6:41056/148‑1 (MQ=255) tGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGcc > 4:154439/1‑149 (MQ=255) gAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCtt > 5:172675/1‑149 (MQ=255) cAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAGCCCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGc < 1:41023/149‑1 (MQ=255) gcgcTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc > 1:171888/1‑148 (MQ=255) gcgcTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc > 1:166639/1‑148 (MQ=255) ccGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGatca > 1:132589/1‑149 (MQ=255) cAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCcgt < 7:36858/149‑1 (MQ=255) gCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCcgtcgt > 7:63153/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTg > 3:129592/1‑149 (MQ=255) aCCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc < 3:234625/119‑1 (MQ=255) aCCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAc > 4:234625/1‑119 (MQ=255) cgcgAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAcc > 3:199826/1‑118 (MQ=255) cgcgAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCAcc < 4:199826/118‑1 (MQ=255) aCTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGATGTACCTTTCGGGTGATTTTg < 4:129592/149‑1 (MQ=255) gAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGGAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGa > 7:67960/1‑149 (MQ=255) gAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTc < 2:171888/147‑1 (MQ=255) gAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTc < 2:166639/147‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGatt < 3:277675/149‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCCGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCAGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGatta > 2:30487/1‑149 (MQ=255) ctccTGCAACAGGTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTAttt > 3:168414/3‑149 (MQ=255) aGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTAttt < 6:172675/149‑1 (MQ=255) gCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTc > 6:278744/1‑149 (MQ=255) ccTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTcc > 2:74765/1‑149 (MQ=255) ctgcacctggcgaccggcggtctggtcctcctgcaacaggtgcagATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTATGTCGATTATTTCcg > 7:246790‑M2/46‑149 (MQ=255) tgcacctggcgaccggcggtctggtcctcctgcaacaggtgcagATGATCATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGc < 1:210622‑M2/36‑1 (MQ=255) tgcacctggcgaccggcggtctggtcctcctgcaacaggtgcagATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGc > 2:210622‑M2/45‑80 (MQ=255) CACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGt > 2:132589‑M1/1‑149 (MQ=255) ACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTg > 8:63153‑M1/1‑149 (MQ=255) CCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCcgtcg < 5:187602‑M1/109‑1 (MQ=255) CCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCcgtcg > 6:187602‑M1/1‑109 (MQ=255) gCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGcc < 3:144220/67‑1 (MQ=255) gCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGcc > 4:144220/1‑67 (MQ=255) cAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAgc < 3:154439/148‑1 (MQ=255) aggaCCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAgcggcg > 5:343688/1‑148 (MQ=255) ggaCCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCa > 5:16232/1‑149 (MQ=255) ccAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGACCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTACGCGTGATTTTGACGATTATTTCAGCTTGGACGAGCGGCGCATTg > 6:345861/1‑149 (MQ=255) cAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGGAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGc < 8:67960/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCttt < 5:278744/149‑1 (MQ=255) ggggTCGCCAGGTGCAGATGAAGATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGTCCGGCGAGTTCTCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTAGCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTAc < 5:345861/147‑1 (MQ=255) gTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTc > 2:238568/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGcc > 5:142678/1‑148 (MQ=255) cagATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGcc < 1:76578‑M2/138‑1 (MQ=255) cagATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGcc > 2:76578‑M2/4‑141 (MQ=255) agATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGCCGATGTATcc < 6:16232‑M2/147‑1 (MQ=255) aTGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGCCGATGTATCCgg > 6:119764/1‑149 (MQ=255) | GAGCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATGTTGCCGGAAAG‑CCCCTGGGTGGCCGGCGAGTTCGCCTTCGAGCACCAGATCATCCCGTCGTTGTACCTTTCGGGTGATTTTGTCGATTATTTCCGCGTGGACGAGCGGCGCATTGCTTTCTACCTCGCCGATGTATCCGG > NC_002947/2470778‑2471073 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |