New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3123126 = | 34 (0.630) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 9.0% | coding (561/888 nt) | PP_2740 | MerR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3123164 = | 28 (0.540) | coding (599/888 nt) | PP_2740 | MerR family transcriptional regulator |
CTTCAGGTACTGCGCCAGGCCAGCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTG > NC_002947/3122978‑3123252 | tcaatttccatctgcagcgagcgcaggcgcttggccaaggcagggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcg < 3:1058‑M1/1‑1 (MQ=255) tcaatttccatctgcagcgagcgcaggcgcttggccaaggcagggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcg < 3:259709‑M1/1‑1 (MQ=255) ttCAGGTACTGCGCCAGGCCAGCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGgtgt < 4:32505/149‑1 (MQ=255) cAGGTACTGCGCCAGGCCAGCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGtgttg > 7:156953/1‑149 (MQ=255) aGGTACTGCGCCAGGCCAGCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGtgttgt > 5:262174/1‑149 (MQ=255) aggccagCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGgctgc > 7:121636/1‑149 (MQ=255) ggccagCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGgctgct > 1:43470/1‑149 (MQ=255) tAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTATCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGagca < 8:258356/149‑1 (MQ=255) tAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGagca < 8:121636/149‑1 (MQ=255) ccAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGagcagc > 6:81143/1‑148 (MQ=255) aaTGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCagcgag > 6:116449/1‑149 (MQ=255) aaTGGCTGTTGCTCGATACGTTCTTGCGGGCCCGTCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGACCCAGGTCGATGCGCCTCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCagcgag < 8:321869/149‑1 (MQ=255) ggccaaggcagggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTtgt < 6:322752‑M1/5‑1 (MQ=255) ggccaaggcagggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTtgt > 5:322752‑M1/117‑121 (MQ=255) tttCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAAc < 5:116449/148‑1 (MQ=255) ctcGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACg < 3:271850/146‑1 (MQ=255) ctcGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACg > 4:271850/1‑146 (MQ=255) agggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCAt > 4:322645‑M1/108‑149 (MQ=255) gggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATc > 5:216503‑M1/107‑149 (MQ=255) ctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGAc > 3:246292‑M1/104‑149 (MQ=255) gTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGCCAACGCATCGACGTGc > 4:95648/1‑149 (MQ=255) ttCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCAt > 3:123424/1‑140 (MQ=255) ttCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCAt < 4:123424/140‑1 (MQ=255) cTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTc < 3:248811/148‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCgg < 4:98156/147‑1 (MQ=255) gcgcCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGc > 6:215164/1‑149 (MQ=255) ggCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAg > 3:182181/1‑149 (MQ=255) ctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGgctgct < 1:17608/98‑1 (MQ=255) ctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGgctgct > 2:17608/1‑98 (MQ=255) ctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGGGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCt > 5:295883/1‑149 (MQ=255) cgcTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGaa < 8:156953/147‑1 (MQ=255) cTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGc > 3:206910/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgt < 7:291582/149‑1 (MQ=255) aGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgtgt > 8:118262/1‑149 (MQ=255) ggTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgtgtg > 4:259709/1‑149 (MQ=255) ccgcGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCa < 7:263836/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCgg > 4:66312/1‑148 (MQ=255) gCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGt > 5:267478/1‑149 (MQ=255) gggTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGa < 8:193934/149‑1 (MQ=255) ggTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGAt < 5:81143/149‑1 (MQ=255) tACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATcg < 2:43470/149‑1 (MQ=255) tACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATcg > 5:237623/1‑149 (MQ=255) cGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCgcgc > 1:158180/1‑149 (MQ=255) aGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGTCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTg > 4:296374/1‑149 (MQ=255) | CTTCAGGTACTGCGCCAGGCCAGCGTAGCCAATGGCTGTTTCTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTG > NC_002947/3122978‑3123252 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |