New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3123126 = | 34 (0.630) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 9.0% | coding (561/888 nt) | PP_2740 | MerR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3123164 = | 28 (0.540) | coding (599/888 nt) | PP_2740 | MerR family transcriptional regulator |
CTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGA > NC_002947/3123019‑3123311 | ctcGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACg > 4:271850/1‑146 (MQ=255) ctcGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACg < 3:271850/146‑1 (MQ=255) agggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCAt > 4:322645‑M1/108‑149 (MQ=255) gggctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATc > 5:216503‑M1/107‑149 (MQ=255) ctcaccggtggctgcagcgcgatcaccagtgccgcaggctgcaccgctgcacacagcagcgggagctcttccagcggctgcccgcagccgagcacgtcgatgcGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGAc > 3:246292‑M1/104‑149 (MQ=255) gTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGCCAACGCATCGACGTGc > 4:95648/1‑149 (MQ=255) ttCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCAt < 4:123424/140‑1 (MQ=255) ttCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCAt > 3:123424/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTc < 3:248811/148‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCgg < 4:98156/147‑1 (MQ=255) gcgcCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGc > 6:215164/1‑149 (MQ=255) ggCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAg > 3:182181/1‑149 (MQ=255) ctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGGGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCt > 5:295883/1‑149 (MQ=255) cgcTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGaa < 8:156953/147‑1 (MQ=255) cTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGc > 3:206910/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgt < 7:291582/149‑1 (MQ=255) aGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgtgt > 8:118262/1‑149 (MQ=255) ggTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgtgtg > 4:259709/1‑149 (MQ=255) ccgcGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCa < 7:263836/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCgg > 4:66312/1‑148 (MQ=255) gCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGt > 5:267478/1‑149 (MQ=255) gggTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGa < 8:193934/149‑1 (MQ=255) ggTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGAt < 5:81143/149‑1 (MQ=255) tACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATcg < 2:43470/149‑1 (MQ=255) tACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATcg > 5:237623/1‑149 (MQ=255) cGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCgcgc > 1:158180/1‑149 (MQ=255) aGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGTCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTg > 4:296374/1‑149 (MQ=255) gtcgatgcgttgtcgctcgctgctcaacagcagcccggcgcacaacGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAg > 3:246292‑M2/47‑149 (MQ=255) gatgcgttgtcgctcgctgctcaacagcagcccggcgcacaacGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGccc > 5:216503‑M2/44‑149 (MQ=255) atgcgttgtcgctcgctgctcaacagcagcccggcgcacaacGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCt > 4:322645‑M2/43‑149 (MQ=255) GTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTg > 4:206910‑M1/1‑148 (MQ=255) GTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTg > 6:237623‑M1/1‑148 (MQ=255) TGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTgg > 3:66312‑M1/1‑148 (MQ=255) TGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTgg > 6:267478‑M1/1‑148 (MQ=255) cgcCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGcc < 6:295883/148‑1 (MQ=255) gcCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGcc > 7:2836/1‑147 (MQ=255) cGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTg < 1:73108/91‑1 (MQ=255) cGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTg > 2:73108/1‑91 (MQ=255) tgctgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGc > 6:41323/1‑139 (MQ=255) tgctgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGc < 5:41323/139‑1 (MQ=255) tgctgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTg > 4:1058/1‑149 (MQ=255) ttGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGcgct < 2:158180/148‑1 (MQ=255) agcgaCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATg > 3:28696/1‑149 (MQ=255) acaacGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGcc < 6:322752‑M2/116‑1 (MQ=255) acaacGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGcc > 5:322752‑M2/6‑121 (MQ=255) cGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGa < 3:259709‑M2/148‑1 (MQ=255) cGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGa < 3:1058‑M2/148‑1 (MQ=255) | CTCGATACGTTCTTGCGCGCCCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGA > NC_002947/3123019‑3123311 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |