New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3154121 | 29 (0.540) | 4 (0.080) | 4/244 | NT | 12.1% | coding (325/1326 nt) | PP_2770 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3154199 | 31 (0.610) | coding (403/1326 nt) | PP_2770 | hypothetical protein |
AACGCCCAGGGCGGCGTGAATGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCAATCCCTATTCCGAGGTATCGGCCA > NC_002947/3153974‑3154268 | aaCGCCCAGGGCGGCGTGAATGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTggg > 5:215098/1‑149 (MQ=255) cAGGGCGGCGTGAATGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATcgc > 3:208460/1‑149 (MQ=255) gcggcgTGAATGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTAt < 8:13856/149‑1 (MQ=255) gcggcgTGAATGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTAt < 6:295750/149‑1 (MQ=255) aaTGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCAccc < 4:208460/148‑1 (MQ=255) cTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGa < 4:280927/140‑1 (MQ=255) cTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGa > 3:280927/1‑140 (MQ=255) ccTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGcc > 6:102491/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGcc > 2:148639/1‑148 (MQ=255) gAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCt > 5:262998/1‑149 (MQ=255) aGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTg > 3:30499/1‑149 (MQ=255) gTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGc > 5:243336/1‑149 (MQ=255) gagaCTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCt > 7:12675/1‑149 (MQ=255) gtcgtGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTAt > 4:300806/1‑99 (MQ=255) gtcgtGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTAt < 3:300806/99‑1 (MQ=255) gagaAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACg < 1:148639/148‑1 (MQ=255) gggTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTAcc > 8:203145/1‑149 (MQ=255) tGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGAt > 3:336638/1‑149 (MQ=255) cTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccacc > 4:30499‑M2/1‑143 (MQ=255) tACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccga < 1:92177‑M2/149‑8 (MQ=255) cGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGCGCACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgac < 1:66645‑M2/149‑9 (MQ=255) cGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgac > 6:243336‑M2/1‑140 (MQ=255) cGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgac > 6:215098‑M2/1‑140 (MQ=255) cGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccga > 5:102491‑M2/1‑140 (MQ=255) gAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgaca < 1:290023‑M1/148‑88 (MQ=255) gAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccga > 2:290023‑M1/1‑61 (MQ=255) atctcctcaaGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagc < 5:337491‑M1/145‑90 (MQ=255) gcgcCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCa < 6:262998/149‑1 (MQ=255) cTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagc > 6:337491‑M1/1‑55 (MQ=255) tGGGCCCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCt > 2:154304/1‑148 (MQ=255) ggCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTa < 8:12675/148‑1 (MQ=255) cAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCt > 2:160743/1‑149 (MQ=255) aaCGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCtt > 1:190118/1‑149 (MQ=255) aaCGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCACTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCtt > 1:261166/1‑149 (MQ=255) gcACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCt < 4:336638/149‑1 (MQ=255) cACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTg < 1:160743/149‑1 (MQ=255) aCCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTg > 6:258347/1‑148 (MQ=255) cgc‑cACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCACTc > 7:152930/1‑149 (MQ=255) caATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCAATCCCTAtt > 1:91701/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggagat < 5:337491‑M2/149‑61 (MQ=255) gCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgag > 6:337491‑M2/1‑89 (MQ=255) cTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAA‑CACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCATCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCAATCCCTATTCCGAGGTa < 2:115569/149‑1 (MQ=255) tGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctc < 1:290023‑M2/148‑62 (MQ=255) gTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctcg > 6:243336‑M1/1‑8 (MQ=255) gTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctcg > 6:215098‑M1/1‑8 (MQ=255) gTCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagcggattggtgcgcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctcg < 1:66645‑M1/149‑142 (MQ=255) tCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctcgta < 1:92177‑M1/149‑143 (MQ=255) tCGGTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctcg > 5:102491‑M1/1‑7 (MQ=255) tCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctc > 2:290023‑M2/1‑85 (MQ=255) ggTGGaatcggtacgcccgtggttgatggtgatcagcggcagcttgtcggccgtggagcgctccagggtggcatacgcgatacccaccgacagcggattggtggcggcagccggtgcgccgttgagcccacccttgaggcgctcgtag > 4:30499‑M1/1‑5 (MQ=255) ggTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCACTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCAATCCCTATTCCGAGGTATCg < 2:261166/148‑1 (MQ=255) gggTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCAATCCCTATTCCGAGGTATCGGCCa < 2:66645/149‑1 (MQ=255) | AACGCCCAGGGCGGCGTGAATGGCGTCAAGCTGACCTGGAGCGAGTGCGAGACTGAATACGTCGTGGAGAAGGGGGTGGAGTGCTACGAGCGCCTCAAGGGTGGGCTCAACGGCGCACCGGCTGCCGC‑CACCAATCCGCTGTCGGTGGGTATCGCGTATGCCACCCTGGAGCGCTCCACGGCCGACAAGCTGCCGCTGATCACCATCAACCACGGGCGTACCGATTCCACCGACGGCAGCGTATTCCCTTACGTCTTCCCGCTGCAGCTCAATCCCTATTCCGAGGTATCGGCCA > NC_002947/3153974‑3154268 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |