New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3221469 | 33 (0.610) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 8.7% | coding (1225/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | NC_002947 | = 3221499 | 32 (0.630) | coding (1195/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
CGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCC > NC_002947/3221322‑3221616 | cGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGAGTCTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTGTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTGGTTTTCTGTGCAAGGTTGCGCACCTCTTGGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCa < 2:83340/149‑1 (MQ=255) tCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGACAGcc > 8:168586/1‑149 (MQ=255) tGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGAt > 1:299960/1‑149 (MQ=255) gCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGc > 6:113237/1‑139 (MQ=255) gCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGc < 5:113237/139‑1 (MQ=255) gCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATg > 6:338160/1‑149 (MQ=255) aaGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATggc > 3:75085/1‑149 (MQ=255) gcgcTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGggc < 6:142917‑M2/149‑4 (MQ=255) gcgcTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGggc > 8:212810‑M2/1‑146 (MQ=255) cTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGggcgag < 4:91965‑M2/149‑7 (MQ=255) tGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGt < 5:338160/148‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGTGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagc > 7:186353‑M1/1‑104 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGTGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagc < 8:186353‑M1/141‑38 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGt < 2:299960/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaagggcggg < 2:94805‑M1/149‑47 (MQ=255) cgcTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTg > 5:248591/1‑149 (MQ=255) gatgatGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCgg > 8:219701/1‑149 (MQ=255) ttGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgctgc > 6:236989/1‑149 (MQ=255) ttGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgctgc > 5:334755/1‑149 (MQ=255) ttGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgctgc > 5:16528/1‑149 (MQ=255) ggATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgctgc < 6:334755/147‑1 (MQ=255) cgcgGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCa < 3:117775/146‑1 (MQ=255) cgcgGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCAcc < 7:262495/148‑1 (MQ=255) aGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCg < 3:91965/149‑1 (MQ=255) gCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGa < 2:126162/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGc > 2:168864/1‑149 (MQ=255) tCGTTTTCTGGGCGAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGGAAAGCCCCGCCGTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCCATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGTATCACCGTCAGCACCGAGCCg < 3:235200/149‑1 (MQ=25) gTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCTGATCACCGTCAGCACCGAGCCGAc < 5:236989/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTg < 5:142917/147‑1 (MQ=255) gCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTCCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACCTGCTGGGt > 2:48353/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGtt > 6:25331/1‑148 (MQ=255) gcACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTc > 1:331087/1‑148 (MQ=255) gcACCGCATCGGCGACCACGGCACAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGGCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc < 4:224069/149‑1 (MQ=255) cACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCg > 7:240532/1‑105 (MQ=255) cACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCg < 8:240532/105‑1 (MQ=255) cATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAgttgt > 1:58883/1‑149 (MQ=255) aTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAgttgt < 8:110487/148‑1 (MQ=255) aTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGAATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAgttgt < 4:75085/148‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCAt > 6:314640/1‑149 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCt > 1:57060/1‑149 (MQ=255) cccGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGggcgagcaagggcggggctttgccgtggtcgccgatgaggtgcgcaacctggcccagaaaacgaccgcttccaccgcgcagatccaagacatcatccagcgcc < 2:94805‑M2/149‑104 (MQ=255) gCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGggcgagcaagggcggggctttgccgtggtcaccgatgaggtgcgcaacctggcccagaaaacgaccgcttccaccgcgcagatccaagacatcatccagcgcct > 7:186353‑M2/1‑37 (MQ=255) gCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGggcgagcaagggcggggctttgccgtggtcaccgatgaggtgcgcaacctggcccagaaaacgaccgcttccaccgcgcagatccaagacatcatccagcgcct < 8:186353‑M2/141‑105 (MQ=255) gCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCt < 5:25331/148‑1 (MQ=255) cTCGCCctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaagggcggggctttgccgtggtcgccgatgaggtgcgcaacctggcccagaaaacgaccgcttccaccgcgcagatccaagacatcatccagcgcctgcaaaacag < 4:91965‑M1/149‑144 (MQ=255) gCCctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaagggcggggctttgccgtggtcgccgatgaggtgcgcaacctggcccagaaaacgaccgcttccaccgcgcagatccaagacatcatccagcgcctgcaaaacagcgc < 6:142917‑M1/149‑147 (MQ=255) gCCctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaagggcggggctttgccgtggtcgccgatgaggtgcgcaacctggcccagaaaacgaccgcttccaccgcgcagatccaagacatcatccagcgcctgcaaaacagcgc > 8:212810‑M1/1‑3 (MQ=255) gCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGtt < 7:219701/147‑1 (MQ=255) ccAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGCGCACGCTGTTGcc > 7:162139/1‑149 (MQ=255) | CGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCC > NC_002947/3221322‑3221616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |