New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1727994 | 44 (0.810) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 6.3% | coding (170/2487 nt) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
? | NC_002947 | = 1728053 | 47 (0.900) | coding (111/2487 nt) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
GTAGAAGAACGCGGCGGGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTGGGTGTGATTTTCAGGTGAGTA > NC_002947/1727906‑1728199 | gTAGAAGAACGCGGCGGGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGt < 5:170635‑M2/149‑2 (MQ=255) cgcgGCGGGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGa < 2:113095/149‑1 (MQ=255) gcggcgGGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAg < 7:173868/149‑1 (MQ=255) cggcggGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAgg < 1:105079/149‑1 (MQ=255) gcggGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGt > 5:5959/1‑149 (MQ=255) tGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAgg < 7:115042/138‑1 (MQ=255) tGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAgg > 8:115042/1‑138 (MQ=255) tGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGa > 3:243682/1‑149 (MQ=255) gTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTgg < 6:5959/149‑1 (MQ=255) ccGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGAt > 1:234160/1‑149 (MQ=255) gCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGGCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGtctc < 8:141555/149‑1 (MQ=255) cTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCg > 6:233800/1‑149 (MQ=255) cTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCg < 3:243591/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGa < 3:213634/148‑1 (MQ=255) gggCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAg > 4:25/1‑149 (MQ=255) ggCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTacaa < 5:233800/149‑1 (MQ=255) gCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTacaa > 6:92149/1‑148 (MQ=255) gCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAgg < 2:234160/149‑1 (MQ=255) ccccGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAgc > 3:282160/1‑128 (MQ=255) ccccGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAgc < 4:282160/128‑1 (MQ=255) ccTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGc < 6:170635/149‑1 (MQ=255) gCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATgg > 5:328818/1‑92 (MQ=255) gCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATgg < 6:328818/92‑1 (MQ=255) aCTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGgccgcc > 2:225163/1‑148 (MQ=255) cTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGa < 2:83625/149‑1 (MQ=255) cGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGaa > 5:11498/1‑148 (MQ=255) gTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGtcgaccacgagtgcaccaaggcggggctgccgcgcccggtgctgccggtagccgtcgg < 1:119728‑M2/125‑59 (MQ=255) gTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGtcgaccacgagtgcaccaaggcggggctgccgcgcccggtgctgccggtagccgtcgg > 2:119728‑M2/1‑67 (MQ=255) ggTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGtcgaccacgagtgcaccaaggcggggctgccgcgcccggtgctgccggtagccgtcggcccactgcaggaacccgccgcgttct < 4:85139‑M2/149‑85 (MQ=255) ggTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATc < 3:25/149‑1 (MQ=255) cGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCa > 1:181873/1‑147 (MQ=255) cGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCa < 2:181873/147‑1 (MQ=255) aGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCg > 3:334340/1‑99 (MQ=255) aGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCg < 4:334340/99‑1 (MQ=255) ggCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCa < 5:92149/149‑1 (MQ=255) gCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAg > 7:234590/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAgg < 1:225163/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAgg > 1:320092/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAgggg < 4:335663/149‑1 (MQ=255) gTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAgggggg < 6:11498/149‑1 (MQ=255) cAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGgt > 6:270437/1‑143 (MQ=255) cAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGgt < 5:270437/143‑1 (MQ=255) cAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGc > 2:123875/1‑149 (MQ=255) aaCGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGcc > 1:222088/1‑149 (MQ=255) aaCGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTAGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCCGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGcc > 5:342123/1‑149 (MQ=255) gCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTg > 2:132870/1‑149 (MQ=255) cATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTgg < 2:320092/149‑1 (MQ=255) aTAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTggg > 2:96534/1‑149 (MQ=255) aGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTggg > 2:311766/1‑147 (MQ=255) aGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTggg < 1:311766/147‑1 (MQ=255) ggcTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTGGGTGTGATTTTCAGGt < 1:123875/149‑1 (MQ=255) ctgTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGGTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATTGGGTGTGTGCCCTGGGTGTGATTTTCAGGTGAGt < 6:342123/146‑1 (MQ=255) cGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGAGTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTGGGTGTGATTTTCAGGTGAGTa < 4:243682/149‑1 (MQ=255) | GTAGAAGAACGCGGCGGGTTCCTGCAGTGGGCCGACGGCTACCGGCAGCACCGGGCGCGGCAGCCCCGCCTTGGTGCACTCGTGGTCGAGCACGGCCAGGTCGGTGAGCGCGGGCGAGGGCAACGCATAGAACACCGGCCGGCTGCGGTCGAGGTTGAGGGTCATGGAAGACTGGTTGATGGTCTCGGAGCGCACCCACAGGTACAACAGGCGACGCAGGCCGCCGAATATCAGGCGGTGCAGGGGGGAACGGGTCATGGGGTGTGTGCCCTGGGTGTGATTTTCAGGTGAGTA > NC_002947/1727906‑1728199 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |