New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1880920 = | 68 (1.260) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 5.1% | coding (594/930 nt) | PP_1688 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 1880970 = | 47 (0.920) | coding (644/930 nt) | PP_1688 | LysR family transcriptional regulator |
CCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGCCGCACCTGGCCTCGGGGGCCTTGGTGCCGCTGTTC > NC_002947/1880826‑1881103 | ccTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTc > 3:132007/1‑149 (MQ=255) aCCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCa > 2:45291/1‑149 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATGCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACt > 1:109526/1‑149 (MQ=255) aCCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCATGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTAtt > 5:239335/1‑148 (MQ=255) gCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCgg < 3:173505/135‑1 (MQ=255) gCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCgg > 4:173505/1‑135 (MQ=255) gCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGAt > 3:283773/1‑147 (MQ=255) gCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGAt > 5:25954/1‑147 (MQ=255) gagCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGc > 1:338506/1‑148 (MQ=255) cTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGat < 6:25954/149‑1 (MQ=255) tGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTAt > 7:52856/1‑134 (MQ=255) tGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGGGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTAt < 8:52856/134‑1 (MQ=255) gTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGa > 6:204899/1‑149 (MQ=255) aCCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATg > 3:59772/1‑149 (MQ=255) ccTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGc > 4:68774/1‑149 (MQ=255) cACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGa < 6:203843/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGc > 5:119918/1‑143 (MQ=255) aCGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGc < 6:119918/143‑1 (MQ=255) aCGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGAc > 4:287050/1‑149 (MQ=255) gCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGAccc < 5:219592/149‑1 (MQ=255) ccGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGGGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCACTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTCTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGAcc > 3:34524/1‑146 (MQ=255) cGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGTCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCg < 3:290073/134‑1 (MQ=255) cGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGTCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCg > 4:290073/1‑134 (MQ=255) aGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATg < 8:232743/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCt > 6:18321/1‑138 (MQ=255) ggCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCt < 5:18321/138‑1 (MQ=255) cgcgGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCa < 3:68774/149‑1 (MQ=255) gcgGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCAc < 3:287050/149‑1 (MQ=255) gCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTg > 4:65430/1‑103 (MQ=255) gCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTg < 3:65430/103‑1 (MQ=255) gCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGAtg > 1:204573/1‑149 (MQ=255) gCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGAtg < 2:109526/149‑1 (MQ=255) aCCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGAtggt < 4:132007/149‑1 (MQ=255) aCCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGAtggt < 4:283773/149‑1 (MQ=255) tGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCAcc > 6:177320/1‑149 (MQ=255) gtgtTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGa < 4:82028/115‑1 (MQ=255) gtgtTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGa > 3:82028/1‑115 (MQ=255) gCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGcc > 7:166849/1‑149 (MQ=255) cTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCTGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATCTCGATGCCCTGACCCAGAt < 6:233570/114‑1 (MQ=255) cTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCTGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGAt > 5:233570/1‑114 (MQ=255) tCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGa < 4:59772/147‑1 (MQ=255) tCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAg < 4:8529/148‑1 (MQ=255) cGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTc < 5:204899/149‑1 (MQ=255) gTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCAt > 3:158847/1‑149 (MQ=255) tGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATc < 8:166849/149‑1 (MQ=255) tGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGc < 2:338506/149‑1 (MQ=255) ccgcttcgaagcgcaggccgtcccgcatgaagccccagcgcaagaagcggAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCa < 4:216521‑M2/90‑1 (MQ=255) ccgcttcgaagcgcaggccgtcccgcatgaagccccagcgcaagaagcggAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCa > 3:216521‑M2/51‑140 (MQ=255) CCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGc < 4:153269‑M1/149‑1 (MQ=255) gcttcgaagcgcaggccgtcccgcatgaagccccagcgcaagaagcggAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGCCg > 4:302772‑M2/49‑149 (MQ=255) gCTTGCGCTGTGGCTGCTTGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGCCGCAc > 6:239335‑M1/2‑149 (MQ=255) ttCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATAACGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGCCGCACCTGGCCTCGGGGGc > 1:272344/1‑149 (MQ=255) ggACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGCCGCACCTGGCCTCGGGGGCCTTGGTGc > 7:104342/1‑149 (MQ=255) cggttCGAAGCGGAATTCGGCAGTGTATTGATCAGCTACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACTATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCTTCGTGCGGCCGCACCTGGCCTCGGGGGCCTTGGTGCCGCTGTTc < 8:104342/144‑1 (MQ=255) | CCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTATTGATCAGCGACGATATCGATGCCCTGACCCAGATGGCCTTGCACGATGGTGGCATCACCCGTCTGGCCGAGTTCATCGTGCGGCCGCACCTGGCCTCGGGGGCCTTGGTGCCGCTGTTC > NC_002947/1880826‑1881103 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |