New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1887956 = | 58 (1.070) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 5.8% | coding (2317/3480 nt) | PP_1695 | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | 1888001 = | 42 (0.810) | coding (2272/3480 nt) | PP_1695 | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
TCATGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCGGCCCTGGCGCATC > NC_002947/1887853‑1888143 | tCATGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAg > 6:63149/1‑149 (MQ=255) tCATGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAg < 7:33520/149‑1 (MQ=255) aTGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAgg < 1:203886/148‑1 (MQ=255) aTGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAgg < 8:112849/148‑1 (MQ=255) aTGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAgg < 4:223239/148‑1 (MQ=255) gcggcCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGc > 5:46615/1‑149 (MQ=255) cggcCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGcc > 1:112521/1‑149 (MQ=255) cggcCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGcc < 2:44165/149‑1 (MQ=255) ggcCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCt < 3:87614/149‑1 (MQ=255) cAGGAAGCGGGTCTTTGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGTCCTGCTCGGCCTcgc < 6:52705/149‑1 (MQ=255) cAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTcgc > 1:173157/1‑149 (MQ=255) cAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCCGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTcgc > 1:65295/1‑149 (MQ=255) gagctgatcggcaacccgatgccgggcggtggctttgtcatgagcttcaccgacatcaccccgttccgcgaggccgagcaggcccTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAgg < 4:35411‑M1/47‑1 (MQ=255) gagctgatcggcaacccgatgccgggcggtggctttgtcatgagcttcaccgacatcaccccgttccgcgaggccgagcaggcccTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAgg > 3:35411‑M1/86‑132 (MQ=255) aGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCCGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTcgcg < 2:65295/149‑1 (MQ=255) gAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCgg > 6:46212/1‑148 (MQ=255) gggTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACggg < 6:46615/149‑1 (MQ=255) gggTCGTGGTGGTGCTCACCGCTGGGGCCTGGCGCTTTGCGTCGGACAGCGCCTGGTGCACCTGCGCCCGTTCGGTGGTGCTCTCCGCCACGGGGTGCGCTAGGCGTTCGTTGGCAGCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACggg < 5:199288/149‑1 (MQ=255) gTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGt < 5:46212/149‑1 (MQ=255) ggAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGAt < 2:173157/147‑1 (MQ=255) ccGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCt > 4:211078/1‑148 (MQ=255) cGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGAc < 5:63149/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACa > 6:342561/1‑147 (MQ=255) ccTGGCTCTTGGCTTCGGAAAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATAGCTAAGGGCCTGCTAGGCCTCGCTGAACTGGTTGATGTCGGTGAAGCTCATGACa > 7:183981/1‑146 (MQ=255) cTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGc > 8:263098/1‑149 (MQ=255) gCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCAc < 3:211078/149‑1 (MQ=255) tGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGccc > 3:29770/1‑149 (MQ=255) gACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGcc > 3:258781/1‑93 (MQ=255) gACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGcc < 4:258781/93‑1 (MQ=255) gACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCgg < 5:98990/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCCCCGCCCGGCATCGGGtt > 8:287659/1‑149 (MQ=255) ccTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCCCCCGGCATCGGGTTGcc > 6:203970/1‑148 (MQ=255) aaCTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGt < 3:246611/101‑1 (MQ=255) aaCTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGt > 4:246611/1‑101 (MQ=255) aGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCg < 3:156271/149‑1 (MQ=255) gtgcGTTGGTGCGAGCCGCCAAGCGTTGAGCACTGCGTTCGTTGGCATCGCGCATGGACTGCTCGTCCTCGCGTAACGGGGTGATGTCGTTGAAGCTCATGAAAAAGCAACCGCCAGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCgg < 8:183981/146‑1 (MQ=255) ttCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCa > 5:191156/1‑134 (MQ=255) ttCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCa < 6:191156/134‑1 (MQ=255) cctgcgcgatgccaacgaacgccttgagcaacgcgtggcggagcgcaGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTc > 3:35411‑M2/48‑132 (MQ=255) cctgcgcgatgccaacgaacgccttgagcaacgcgtggcggagcgcaGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTc < 4:35411‑M2/85‑1 (MQ=255) tgcgcgatgccaacgaacgccttgagcaacgcgtggcggagcgcaGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTggg > 5:274630‑M2/46‑148 (MQ=255) GCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAAc > 5:203970‑M1/1‑149 (MQ=255) tCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTc < 1:289377/125‑1 (MQ=255) tCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTc > 2:289377/1‑125 (MQ=255) gCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCg < 7:287659/149‑1 (MQ=255) cACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCt > 2:260657/1‑149 (MQ=255) gcgTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCgg < 2:112521/149‑1 (MQ=255) cgTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCgga < 7:263098/149‑1 (MQ=255) cAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTgc > 7:243869/1‑149 (MQ=255) aaGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTgg > 4:192435/1‑125 (MQ=255) aaGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTgg < 3:192435/125‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCACGGAGGAGTgcg > 7:113240/1‑149 (MQ=255) gttcgttGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCgg > 8:247195/1‑149 (MQ=255) gCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGAt < 5:41182/89‑1 (MQ=255) gCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGAt > 6:41182/1‑89 (MQ=255) cATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTgg > 3:71744/1‑111 (MQ=255) cATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTgg < 4:71744/111‑1 (MQ=255) aTCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCAGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGCCAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCGGCCCTGGCGCa > 4:16717/1‑149 (MQ=255) tCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCGGCCCTGGCGCAt > 3:224891/1‑149 (MQ=255) gcgcaGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCGGCCCTGGCGCATc < 5:342561‑M2/143‑1 (MQ=255) cgcaGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCGGCCCTGGCGCATc > 7:149278‑M2/5‑147 (MQ=255) gcaGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCATGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGa > 1:276317‑M2/4‑90 (MQ=255) | TCATGGCTGACGGCGGCCAGGAAGCGGGTCTTGGAGTTGCTCACCGCTTCGGCCTGGCTCTTGGCTTCGGACAGCGCCTGGTTCAACTGCGACAGTTCGTGGGTGCGCTCCGCCACGCGTTGCTCAAGGCGTTCGTTGGCATCGCGCAGGGCCTGCTCGGCCTCGCGGAACGGGGTGATGTCGGTGAAGCTCATGACAAAGCCACCGCCCGGCATCGGGTTGCCGATCAGCTCGATCACCCGGCCATTGGGGAACAGCCGCTCGGAGGAGTGCGCGCGGCCCTGGCGCATC > NC_002947/1887853‑1888143 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |