New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3779161 | 47 (0.870) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 8.7% | coding (302/417 nt) | nikR | nickel‑responsive regulator |
? | NC_002947 | = 3779202 | 40 (0.780) | coding (261/417 nt) | nikR | nickel‑responsive regulator |
CTTCGGCTGCCCCGGAGCCGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTCCGGCAAGGCTTCA > NC_002947/3779055‑3779334 | cTTCGGCTGCCCCGGAGCCGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACAt < 3:175760‑M2/149‑2 (MQ=255) cTGCCCCGTAGCAGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACAtgcaggg > 6:239534‑M2/1‑142 (MQ=255) ccccGGAGCCGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGt < 5:288070/147‑1 (MQ=255) gAGCCGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAAATGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGGGGATCgg < 8:297909/149‑1 (MQ=255) aGCCGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCggg < 7:130519/149‑1 (MQ=255) gATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGAt < 2:228498/149‑1 (MQ=255) aTCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATc < 1:93112/149‑1 (MQ=255) acctgcacctgGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCgtg < 4:175760/149‑1 (MQ=255) ctgcacctgGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCgtggt < 4:139183/149‑1 (MQ=255) cacctgGCCATGTTCCACGCCTCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGtggtgg < 8:286814/148‑1 (MQ=255) ttCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCt < 7:67283/149‑1 (MQ=255) tCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTg > 3:288918/1‑149 (MQ=255) gccgcGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAgg < 6:169160/139‑1 (MQ=255) gccgcGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAgg > 5:169160/1‑139 (MQ=255) aaCCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTgg > 1:181857/1‑149 (MQ=255) aaCCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCACTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTgg > 1:231657/1‑149 (MQ=255) ttGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTcgc > 2:324590/1‑149 (MQ=255) gCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCACCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCACGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCggg > 2:73699/1‑149 (MQ=255) cGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGt > 6:146757/1‑149 (MQ=255) aCAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCtg > 7:238101/1‑149 (MQ=255) aaCTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCgtg > 7:184877/1‑98 (MQ=255) aaCTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCgtg < 8:184877/98‑1 (MQ=255) aaCTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCtgtg < 5:192948/149‑1 (MQ=255) aCTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTgg < 1:324590/149‑1 (MQ=255) tCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTc > 4:325615/1‑149 (MQ=255) gCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCg > 8:134586/1‑148 (MQ=255) ttCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAgg < 2:181857/149‑1 (MQ=255) gCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCgg < 8:121630/124‑1 (MQ=255) gCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCgg > 7:121630/1‑124 (MQ=255) tttCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTgg < 5:265253/111‑1 (MQ=255) tttCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTgg > 6:265253/1‑111 (MQ=255) tCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGaccac > 6:110306/1‑149 (MQ=255) cGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACAtgcagggcgaaagcggccgaattggcgagttgtctcgccaattgatggttgagcgcggcgtggaacatggccaggtgcaggtgatcccggctccgggg < 8:8571‑M2/148‑99 (MQ=255) cGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGaccacc > 3:312310/1‑149 (MQ=255) ccTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACAtgcagggcgaaagcgtccgaattggcgagttgtctcgccaattgatggttgagcgcggcgtggaacatggccaggtgcag > 8:92291‑M2/1‑47 (MQ=255) ccTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACAtgcagggcgaaagcggccgaattggcgagttgtctcgccaattgatggttgagcgcggcgtggaacatggccaggtgcag < 7:92291‑M2/127‑81 (MQ=255) cTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCa < 8:238101/149‑1 (MQ=255) cagcaCCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGc < 4:312310/149‑1 (MQ=255) ccGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAggcg < 3:325615/149‑1 (MQ=255) agaCCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCa > 6:108641/1‑149 (MQ=255) aCCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACAtgcagggcgaaagcggccgaattggcgagttgtctcgccaattgatggttgagcgcggcgtggaacatggccaggtgcaggtgatcccggctccggggcagccgaaggtgcgctga > 7:8571‑M2/1‑33 (MQ=255) ccAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGCGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTcc < 7:134586/149‑1 (MQ=255) cAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTcc < 5:110306/148‑1 (MQ=255) cAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTCCGGCaa < 4:288918/149‑1 (MQ=255) cAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTCCGGCaa < 2:231657/149‑1 (MQ=255) gCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTCCGGCAAGGCtt < 5:146757/149‑1 (MQ=255) cGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTCCGGCAAGGCTTCa < 5:108641/149‑1 (MQ=255) | CTTCGGCTGCCCCGGAGCCGGGATCACCTGCACCTGGCCATGTTCCACGCCGCGCTCAACCATCAATTGGCGAGACAACTCGCCAATTCGGCCGCTTTCGCCCTGCAGCACCGAGACCTCCAGGCAGTGGCCGGCATCCAGGTGCACATGCAGGGTGGATCGGGTCAGATCGTGGTGGGCGTGCAGGGTCTGGTTGAGCCGTCTGGGCAGTTCGCGGGTGCTGTGGTCGTACAGGTAACTGACCACCGCCACGCAGGCGGCATCGTCCGGCAAGGCTTCA > NC_002947/3779055‑3779334 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |