New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2404594 | 50 (0.780) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 5.9% | intergenic (+12/‑62) | PP_2106/PP_2107 | ammonium transporter/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2404646 | 48 (0.780) | intergenic (+64/‑10) | PP_2106/PP_2107 | ammonium transporter/hypothetical protein |
TGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGA > NC_002947/2404446‑2404738 | tGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGT > 4:46196‑M1/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTg < 3:46196/148‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGt > 1:310597/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGGGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTggg > 2:266570/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTggg > 6:376367/1‑149 (MQ=255) ccGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTgg > 3:49813/1‑149 (MQ=255) ggTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGgcg > 3:236092/1‑149 (MQ=255) tttGCCGTGTACTGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTa < 4:236092/149‑1 (MQ=255) tttGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTa < 5:422410/149‑1 (MQ=255) cGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGaa > 5:184631/1‑147 (MQ=255) gtgtACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAg < 4:374723/149‑1 (MQ=255) tgtACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCTGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAgg < 6:139184/149‑1 (MQ=255) tgtACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAgg < 7:368591/149‑1 (MQ=255) ggAGCCATTCGTGCGCGGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGGTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCt < 8:1071/149‑1 (MQ=255) aGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCtgt > 6:151772/1‑149 (MQ=255) aGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCtgt > 3:351869/1‑149 (MQ=255) aGCCATTCGTGCGCTGCATGACCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCtgt < 6:297115/149‑1 (MQ=255) aTTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAg < 5:272855/112‑1 (MQ=255) aTTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAg > 6:272855/1‑112 (MQ=255) aTTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTAt < 1:266570/149‑1 (MQ=255) ttCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATg < 2:310597/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGGCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAAc > 1:175672/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc < 2:175672/149‑1 (MQ=255) cgcTTTAGCCATGCGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGCCCGGGCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGCTTGAGCCAGGTCAGGTcccgggttggcatacacagacgcctattctaggcgcgccacgcccaccctgcacctgacctg < 6:349799‑M1/149‑63 (MQ=255) cgcTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCcac < 5:235549/148‑1 (MQ=255) gcTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGcc < 3:307462/107‑1 (MQ=255) gcTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGcc > 4:307462/1‑107 (MQ=255) gAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc > 1:236887/1‑140 (MQ=255) gAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc < 2:236887/140‑1 (MQ=255) aTGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTcccgggttggcatacacagaagcctattctaggcgcgccacgcccaccctgcacctgacc > 7:190912‑M1/1‑77 (MQ=255) aTGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTcccgggttggcatacacagaagcctattctaggcgcgccacgcccaccctgcacctgacc < 8:190912‑M1/137‑61 (MQ=255) aTGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTg > 3:18037/1‑148 (MQ=255) aGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTTAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAAt < 4:49813/148‑1 (MQ=255) gCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGt < 5:376367/149‑1 (MQ=255) cAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTc < 4:18037/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc < 7:102475/121‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc > 8:102475/1‑121 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTc < 6:184631/148‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCg > 7:124198/1‑149 (MQ=255) cTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTACGCAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCg > 1:4984/1‑138 (MQ=255) cTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCg < 2:4984/137‑1 (MQ=255) gCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCa < 5:151772/148‑1 (MQ=255) cGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGc > 8:206960/1‑148 (MQ=255) gATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGaa < 4:351869/149‑1 (MQ=255) tAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTc < 1:99503/105‑1 (MQ=255) tAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTc > 2:99503/1‑105 (MQ=255) c‑cagccagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCC‑CGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGACt > 5:193553/1‑149 (MQ=255) c‑cagccagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAAGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCt > 6:160517/1‑96 (MQ=255) c‑cagccagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAAGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCt < 5:160517/96‑1 (MQ=255) cagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTgtgt < 7:206960/149‑1 (MQ=255) gATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCAc > 8:201047/1‑108 (MQ=255) gATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCAc < 7:201047/108‑1 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGa > 1:297219/1‑132 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGa < 2:297219/132‑1 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCctc > 6:115555/1‑149 (MQ=255) caggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTc < 3:152771/95‑1 (MQ=255) caggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTc > 4:152771/1‑95 (MQ=255) caggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCGTCTGTGTATGCCAACCCGGGacctgacctggctcaagcctggctggtagcaccgatccggtgcagcgcccgggccgcgccctggaactcctgcgcatggctaaagcg < 6:349799‑M2/149‑88 (MQ=255) ggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGacctgacctggctcaatcctggctggtagcaccgatccggtgcagcgacaggtccgcgccctggaactcctgctcat > 7:190912‑M2/1‑60 (MQ=255) ggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGacctgacctggctcaatcctggctggtagcaccgatccggtgcagcgacaggtccgcgccctggaactcctgctcat < 8:190912‑M2/137‑78 (MQ=255) caggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGa > 3:349693/1‑149 (MQ=255) | TGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGA > NC_002947/2404446‑2404738 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |