New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2404594 | 50 (0.780) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 5.9% | intergenic (+12/‑62) | PP_2106/PP_2107 | ammonium transporter/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2404646 | 48 (0.780) | intergenic (+64/‑10) | PP_2106/PP_2107 | ammonium transporter/hypothetical protein |
CCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGC > NC_002947/2404504‑2404794 | ccTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc < 2:175672/149‑1 (MQ=255) cgcTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCcac < 5:235549/148‑1 (MQ=255) gAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc > 1:236887/1‑140 (MQ=255) gAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc < 2:236887/140‑1 (MQ=255) aTGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTg > 3:18037/1‑148 (MQ=255) aGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTTAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAAt < 4:49813/148‑1 (MQ=255) gCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGt < 5:376367/149‑1 (MQ=255) cAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTc < 4:18037/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc < 7:102475/121‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGc > 8:102475/1‑121 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTc < 6:184631/148‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCg > 7:124198/1‑149 (MQ=255) cTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTACGCAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCg > 1:4984/1‑138 (MQ=255) cTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCg < 2:4984/137‑1 (MQ=255) gCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCa < 5:151772/148‑1 (MQ=255) cGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGc > 8:206960/1‑148 (MQ=255) gATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGaa < 4:351869/149‑1 (MQ=255) tAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTc > 2:99503/1‑105 (MQ=255) tAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTc < 1:99503/105‑1 (MQ=255) c‑cagccagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCC‑CGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGACt > 5:193553/1‑149 (MQ=255) c‑cagccagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAAGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCt > 6:160517/1‑96 (MQ=255) c‑cagccagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAAGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCt < 5:160517/96‑1 (MQ=255) cagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTgtgt < 7:206960/149‑1 (MQ=255) gATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCAc > 8:201047/1‑108 (MQ=255) gATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCAc < 7:201047/108‑1 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGa < 2:297219/132‑1 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGa > 1:297219/1‑132 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCctc > 6:115555/1‑149 (MQ=255) caggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTc > 4:152771/1‑95 (MQ=255) caggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTc < 3:152771/95‑1 (MQ=255) caggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCGTCTGTGTATGCCAACCCGGGacctgacctggctcaagcctggctggtagcaccgatccggtgcagcgcccgggccgcgccctggaactcctgcgcatggctaaagcg < 6:349799‑M2/149‑88 (MQ=255) ggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGacctgacctggctcaatcctggctggtagcaccgatccggtgcagcgacaggtccgcgccctggaactcctgctcat < 8:190912‑M2/137‑78 (MQ=255) ggtcaggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGacctgacctggctcaatcctggctggtagcaccgatccggtgcagcgacaggtccgcgccctggaactcctgctcat > 7:190912‑M2/1‑60 (MQ=255) caggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGa > 3:349693/1‑149 (MQ=255) gCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATg > 5:384104/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATgg > 7:167591/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATg < 7:244531/148‑1 (MQ=255) cAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATg < 8:124198/148‑1 (MQ=255) cAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATg > 8:244531/1‑148 (MQ=255) aGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGc > 4:192385/1‑149 (MQ=255) cgcCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTg < 8:167591/149‑1 (MQ=255) cTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTc > 8:298848/1‑149 (MQ=255) aaTAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACa > 8:56036/1‑149 (MQ=255) ggCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCg < 6:384104/148‑1 (MQ=255) ttCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGcc > 2:248326/1‑147 (MQ=255) gtgtATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCAc < 4:50649/68‑1 (MQ=255) gtgtATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCAc > 3:50649/1‑68 (MQ=255) tgtATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCgaga < 7:14413/146‑1 (MQ=255) tgtATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCC‑CGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGACTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGagag < 6:193553/146‑1 (MQ=255) gtATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAgagc > 4:225247/1‑147 (MQ=255) tGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAgagcgagc < 5:115555/148‑1 (MQ=255) gCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCAc > 7:175241/1‑62 (MQ=255) gCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCAc < 8:175241/62‑1 (MQ=255) ccAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCtg > 1:221917/1‑83 (MQ=255) ccAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCtg < 2:221917/83‑1 (MQ=255) ccAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCtt > 1:382743/1‑149 (MQ=255) cAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCttt > 4:250946/1‑149 (MQ=255) ccGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGt > 5:279043/1‑121 (MQ=255) ccGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGt < 6:279043/121‑1 (MQ=255) ccGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCttt > 8:189912/1‑145 (MQ=255) ccGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCttt < 7:189912/145‑1 (MQ=255) gACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGc < 1:248326/149‑1 (MQ=255) | CCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCACCGGATCGGTGCTAC‑CAGCCAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGC > NC_002947/2404504‑2404794 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |