New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2968028 | 37 (0.580) | 4 (0.060) | 4/248 | NT | 9.7% | coding (386/1794 nt) | PP_2596 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | = 2968071 | 38 (0.610) | coding (343/1794 nt) | PP_2596 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
CACGACCACGGCAAGGCGCCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGCCAGTGAACAGGC > NC_002947/2967880‑2968172 | cACGACCACGGCAAGGCGCCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGC > 4:112393‑M1/1‑149 (MQ=255) aCCACGGCAAGGCGCCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGa < 3:285135/149‑1 (MQ=255) ccACGGCAAGGCGCCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGAt < 3:112393/149‑1 (MQ=255) cGGCAAGGCGCCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGcc < 1:197315/149‑1 (MQ=255) cgcCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCcgctcgct < 6:101984/149‑1 (MQ=255) gcCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCcgctcgct > 1:38842/1‑148 (MQ=255) cATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAg < 5:226838/148‑1 (MQ=255) tAGGCCACGGAACTCCGCCCGGCGCCAACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCctgatgcaagtgccgctcggctggttcagcgagcggg < 4:239308‑M1/149‑38 (MQ=255) ggCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACt < 1:33630/145‑1 (MQ=255) ggCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACt > 2:33630/1‑145 (MQ=255) ggCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGc < 4:277330/148‑1 (MQ=255) gCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCAt > 5:263532/1‑149 (MQ=255) ccACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTg < 6:196316/111‑1 (MQ=255) ccACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCAt > 6:237540/1‑148 (MQ=255) ccACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGGGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTg > 5:196316/1‑111 (MQ=255) aaTCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCt < 1:354179/149‑1 (MQ=255) cACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCGTGGCCCGTTTCACTTCGCctgatgcaagtgccgctcggctggttcagcgagcgggcatcaagcgaagtgaaa < 6:177729‑M1/149‑55 (MQ=255) cccACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCAc < 4:116624/149‑1 (MQ=255) ccACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTCGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCAcg > 5:4571/1‑149 (MQ=255) gCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAggtgat > 3:158698/1‑149 (MQ=255) tgAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTgg > 3:30379/1‑149 (MQ=255) gAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCTCTTGATGCCCGCTCGCAGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGt > 7:261417/1‑149 (MQ=255) gAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGt > 2:245302/1‑149 (MQ=255) aaaaGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTCGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGtt < 6:4571/148‑1 (MQ=255) cgcgGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCt < 3:105970/149‑1 (MQ=255) tCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCTGCCGAGCGGCa < 3:373836/84‑1 (MQ=255) tCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCTGCCGAGCGGCa > 4:373836/1‑84 (MQ=255) cAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGc < 2:172075/73‑1 (MQ=255) cAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGc > 1:172075/1‑73 (MQ=255) cAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAggtgatgggtgatg < 2:133387/121‑1 (MQ=255) cAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAggtgatgggtgatg > 1:133387/1‑121 (MQ=255) gtgtGCCGATGTCGGCCTGGATGGCCCGTTTCTCTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACGAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCAtttag < 8:83112/149‑3 (MQ=255) tgCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCctgatgcaagtgccgctcggctggttcagcgagcgggcatcaa > 2:388831‑M1/1‑36 (MQ=255) tgCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCctgatgcaagtgccgctcggctggttcagcgagcgggcatcaa < 1:388831‑M1/79‑44 (MQ=255) cGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCg > 6:224357/1‑149 (MQ=255) gCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCTCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTc < 8:261417/149‑1 (MQ=255) gCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCAt > 4:304996/1‑146 (MQ=255) gCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCAt < 3:304996/146‑1 (MQ=255) gCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGc < 5:224357/148‑1 (MQ=255) cccGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGCCa < 5:237540/149‑1 (MQ=255) ccGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAgg > 5:40530/1‑139 (MQ=255) ccGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAgg < 6:40530/139‑1 (MQ=255) tttCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGgcgaagtgaaacgggccacgcaggacgacatcggcacactgcacagcctgaccgcgcactttttcaccacactgggccgcaccgtgggcgccgtg < 6:177729‑M2/149‑96 (MQ=255) tttCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGCCAGTGa < 4:30379/149‑1 (MQ=255) aCTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCAt > 7:196354/1‑137 (MQ=255) aCTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCAt < 8:196354/137‑1 (MQ=255) aCTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGCCAGTGAACAg > 6:169697/1‑149 (MQ=255) ttCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGCCAGTGAACAGGc > 7:91250/1‑149 (MQ=255) | CACGACCACGGCAAGGCGCCAGTCCATGGCGAACAGGTAGGCCACGGAAATCAGCACGGCGCCCACGGTGCGGCCCAGTGTGGTGAAAAAGTGCGCGGTCAGGCTGTGCAGTGTGCCGATGTCGTCCTGCATGGCCCGTTTCACTTCGCTTGATGCCCGCTCGCTGAACCAGCCGAGCGGCACTTGCATCAGGCGCTGGCCGATCGCCACGCGCAGGTGATGGGTGATGTGGTTGTCGGCCTGGTGCGCCAGCATTTCGGCTGCGGTGATCAGGGTCATGCCAGTGAACAGGC > NC_002947/2967880‑2968172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |