New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4948510 = | 53 (0.830) | 3 (0.050) | 3/240 | NT | 5.9% | coding (338/435 nt) | fliO | flagellar protein FliO |
? | NC_002947 | 4948556 = | 46 (0.760) | coding (292/435 nt) | fliO | flagellar protein FliO |
GCAGCCAGCAGCAGCGCCAGAGTCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCACCCTTCACTG > NC_002947/4948364‑4948654 | cctgatcttctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCg < 6:88268‑M1/3‑1 (MQ=255) ctgatcttctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCgg < 6:185213‑M1/4‑1 (MQ=255) ctgatcttctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCgg < 5:390422‑M1/4‑1 (MQ=255) cagccagcAGCAGCGCCAGAGTCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCgg > 7:39091/1‑149 (MQ=255) gatcttctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCGGc < 6:1043‑M1/5‑1 (MQ=255) gatcttctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgacgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCGGcc < 5:222977‑M1/6‑1 (MQ=255) tctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgat > 8:319254‑M1/139‑139 (MQ=255) tctttctggcctggctgctgcggcgcctgcagagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgat < 7:319254‑M1/1‑1 (MQ=255) gcagcGCCAGAGTCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGt < 2:390612/149‑1 (MQ=255) ccAGAGTCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAggg > 4:273063/1‑149 (MQ=255) cAGAGTCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGc < 3:229943/149‑1 (MQ=255) tCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGa < 8:39091/149‑1 (MQ=255) acaacGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATg > 4:286611/1‑148 (MQ=255) acaacGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATg < 3:286611/148‑1 (MQ=255) aacGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTg > 4:48133/1‑133 (MQ=255) aacGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTg < 3:48133/133‑1 (MQ=255) cGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTgtc < 8:283770/149‑3 (MQ=255) tACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCgg < 6:353197/149‑1 (MQ=255) aGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAg > 1:109128/1‑127 (MQ=255) aGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAg < 2:109128/127‑1 (MQ=255) agagcaccgcagtgaagggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATg > 1:195356‑M1/109‑149 (MQ=255) gcgcCGCTCATCACTTGTTGACCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCACCCGCTCGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTCCAGGGCATCGATGCTGCCGGGGGTATgg > 2:133334/1‑149 (MQ=255) aCTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATc > 5:185213/1‑149 (MQ=255) gggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGAt < 2:296236‑M1/47‑1 (MQ=255) gggtgggcaggtgatcgagattgtcggcagccgtgccatcggcccgcgtgaccgcctgctgctggtgcaggtgggcaaggagcagatcctgaTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGAt > 1:296236‑M1/93‑139 (MQ=255) aGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTAc < 3:400106/93‑1 (MQ=255) aGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTAc > 4:400106/1‑93 (MQ=255) cTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCa > 6:350464/1‑149 (MQ=255) ccATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACcag > 6:301566/1‑148 (MQ=255) cATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACcag > 3:234446/1‑147 (MQ=255) aTCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGCTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCAACCTGCACcagcag > 3:384226/1‑149 (MQ=255) tCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACcagcag > 1:406542/1‑148 (MQ=255) cATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCg < 3:353936/147‑1 (MQ=255) cATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGCGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCg > 4:353936/1‑147 (MQ=255) tCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCAc < 5:148413/127‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCAc > 6:148413/1‑127 (MQ=255) gCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCAcgc > 5:88268/1‑149 (MQ=255) cGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGc < 4:238103/126‑1 (MQ=255) cGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGc > 3:238103/1‑126 (MQ=255) tGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGc > 4:2856/1‑115 (MQ=255) tGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGc < 3:2856/115‑1 (MQ=255) aaaCTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATgg < 4:234446/149‑1 (MQ=255) gTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGcc > 8:21561/1‑149 (MQ=255) cTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACa > 6:223024/1‑148 (MQ=255) aCGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAAtct < 5:350464/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAAtctc < 7:21561/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAAtcac < 5:223024/149‑3 (MQ=255) gggCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCa < 2:317207/75‑1 (MQ=255) gggCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCa > 1:317207/1‑75 (MQ=255) gcgcTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGAt < 2:406542/149‑1 (MQ=255) gcTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACTTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCa > 7:121270/1‑149 (MQ=255) gcTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCgg < 4:357832/117‑1 (MQ=255) gcTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCgg > 3:357832/1‑117 (MQ=255) ttGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCAcc > 3:377015/1‑149 (MQ=255) gCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTg > 3:16868/1‑149 (MQ=255) gCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTg > 2:333124/1‑149 (MQ=255) ccGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCCCGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGc > 2:156713/1‑149 (MQ=255) ccGGCACTTCCACGGGTGCGGCCAGTACGTGCTGGGCGTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGc < 1:133334/149‑1 (MQ=255) cTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACAGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCAccc < 3:273063/149‑1 (MQ=255) ccACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGa > 8:322692/1‑123 (MQ=255) ccACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGGCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGa < 7:322692/123‑1 (MQ=255) cACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTTCACACCTGCACCCGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCACCCTTCa > 5:1043/1‑149 (MQ=255) cACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCACCCTTCa > 6:182408/1‑149 (MQ=255) cACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCACCCTTCa > 2:352975/1‑149 (MQ=255) gggTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCACCCTTCACTg < 4:377015/149‑1 (MQ=255) | GCAGCCAGCAGCAGCGCCAGAGTCAACAACGTACGCAGCGCGCCGCTCATCACTTGTTGTCCTTAGGGTCCTTGCCCATCAGCTCCATCAGCCGCTGGGCAAACTCCGGCGTCGCCTGACGGGCGCTTGCCGGCACTTCCACGGGTTCGGCCAGTACGTGCAGGGCCTCGATGGTGCCGGGGGTATGGCCGATCAGGATCTGCTCCTTGCCCACCTGCACCAGCAGCAGGCGGTCACGCGGGCCGATGGCACGGCTGCCGACAATCTCGATCACCTGCCCACCCTTCACTG > NC_002947/4948364‑4948654 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |