New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2882966 | 42 (0.660) | 3 (0.050) | 3/240 | NT | 6.5% | coding (375/723 nt) | PP_2538 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2883012 | 46 (0.760) | coding (421/723 nt) | PP_2538 | hypothetical protein |
TGCCCAGCTGTTCGCCAAGCCTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCGACTACTCGCAGATCCGCCATGGCGGGGTCAGTATCAG > NC_002947/2882867‑2883151 | tGCCCAGCTGTTCGCCAAGCCTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGct > 4:67441‑M2/1‑146 (MQ=255) cccAGCTGTTCGCCAAGCCTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGctgc > 7:117687‑M2/1‑144 (MQ=255) gCCTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACgctgc > 1:403922/1‑149 (MQ=255) cTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGctgctg < 5:315526/149‑1 (MQ=255) cTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGctgctg > 2:373229/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGc > 7:25043/1‑149 (MQ=255) ccGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGcc < 1:373229/149‑1 (MQ=255) gtggACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCa < 4:166666/149‑1 (MQ=255) gACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCa > 1:382496/1‑139 (MQ=255) gACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCa < 2:382496/139‑1 (MQ=255) accaccGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGtt > 7:274855/1‑149 (MQ=255) ccGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGata > 5:285763/1‑149 (MQ=255) ctgATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGa < 2:403922/149‑1 (MQ=255) aTCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGc‑‑c < 6:363510/149‑1 (MQ=255) aaCTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGa < 8:166972/142‑1 (MQ=255) aaCTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGt < 8:274855/149‑1 (MQ=255) aaCTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAAACGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGa > 7:166972/1‑142 (MQ=255) cacaACAGTGGTGATGCGCGGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGctgctg < 8:22457/99‑1 (MQ=255) cacaACAGTGGTGATGCGCGGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGctgctg > 7:22457/1‑99 (MQ=255) caacaGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCt > 3:141842/1‑149 (MQ=255) aacaGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGa < 6:24532/134‑1 (MQ=255) aacaGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGa > 5:24532/1‑134 (MQ=255) caGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCGAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGc‑‑c < 1:184589/135‑1 (MQ=255) caGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGc‑‑c > 2:184589/1‑135 (MQ=255) tggtgATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑gg > 5:12426/1‑149 (MQ=255) tgATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGc > 3:65053/1‑128 (MQ=255) tgATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGc < 4:65053/128‑1 (MQ=255) aTGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTgg < 5:147318/149‑1 (MQ=255) aTGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTgg > 4:116253/1‑149 (MQ=255) cgcAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGgtg > 4:220636/1‑149 (MQ=255) cgcAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTCATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGgtg > 4:215059/1‑149 (MQ=255) gcAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGgtg > 4:383667/1‑148 (MQ=255) cAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGctgccggacctgcgcatcaccactgttgtgcagttcgatcagcaggccggtacggtggtc < 4:215589‑M2/118‑61 (MQ=255) cAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGctgccggacctgcgcatcaccactgttgtgcagttcgatcagcaggccggtacggtggtc > 3:215589‑M2/1‑58 (MQ=255) ggTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGctgccggacctgcgcatcaccactgttgtgcagttcgatcagcaggccggtacggtggtccaccagcccggcctcgaaaggcttggcgaacag < 7:149519‑M2/149‑94 (MQ=255) cGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGa > 2:138084/1‑149 (MQ=255) ggTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCg < 4:141842/149‑1 (MQ=255) gTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAgg < 8:27881/88‑1 (MQ=255) gTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAgg > 7:27881/1‑88 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGAt < 2:197597/142‑1 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGAt > 1:197597/1‑142 (MQ=255) aaTCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGtgtg < 6:237827/126‑1 (MQ=255) aaTCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGtgtg > 5:237827/1‑126 (MQ=255) tCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCGACTACTCg < 6:12426/149‑1 (MQ=255) ccGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGtgtg > 6:28050/1‑123 (MQ=255) cGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCGACTACTCg > 3:158255/1‑147 (MQ=255) cGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCGACTACTCGCa < 8:25043/149‑1 (MQ=255) accgTGCAAGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGAt > 4:127023/4‑117 (MQ=255) accgTGCAAGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGAt < 3:127023/114‑1 (MQ=255) gTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCGACTACTCGCAGATCCGCCATGGCGGGGTCAg < 1:138084/149‑1 (MQ=255) cgcgATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGCATGGGGTGCCAACAGCAAGGGTGTGGGTGTATTTCTATCCCGAAAACTCCCAAAACCGAAAGCGCGGGGACAGTaaaac > 1:127458/1‑145 (MQ=255) | TGCCCAGCTGTTCGCCAAGCCTTTCGAGGCCGGGCTGGTGGACCACCGTACCGGCCTGCTGATCGAACTGCACAACAGTGGTGATGCGCAGGTCCGGCAGGTGAAAATCCGCCTGCCAGCCAAGGGCCTGGTGCAGGTGCGCGATGCTGCCGGCAACGACACGCTGCTGGAAACCGCCATCGCCCAGGTTGATATCCCTGCCATCGAGC‑‑CAGGTGGCACCTGCAA‑GGTGTGGGTGTATTTCGATGCCGACTACTCGCAGATCCGCCATGGCGGGGTCAGTATCAG > NC_002947/2882867‑2883151 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |