| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 744921 = | NA (NA) | 43 (1.190) | 38/288 | 0.1 | 93.5% | intergenic (‑586/+45) | PP_0636/PP_0637 | cold shock DNA‑binding domain‑containing protein/transposase |
| ? | NC_002947 | 748230 = | 3 (0.080) | coding (283/819 nt) | PP_5449 | hypothetical protein | |||||
TGAGGCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAGCT > NC_002947/748088‑748375 | tgaGGCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAg < 5:10662/147‑1 (MQ=255)tgaGGCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGt < 5:106807/148‑1 (MQ=255) ggCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGttt < 3:796/147‑1 (MQ=255) ccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGAc < 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tATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtc < 6:13057‑M2/148‑34 (MQ=255) tcggtagcagactacgaagcgctgcttccatggaactgatcgccagagatgccacggtaactttcgcttccaccatgacgtacgtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCCGTttgaccg > 4:58136‑M2/106‑145 (MQ=255) tAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccac > 1:171244‑M2/1‑112 (MQ=255) agcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGAt < 4:88839‑M2/48‑1 (MQ=255) ggTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgatt < 4:56697‑M2/148‑43 (MQ=255) 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gctgctgccatggaactgttcgccagagatgccccggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGGAAGGTGCTCGGTTTGCGGGCGGATGGTCTTGTCTGGaa > 7:91063‑M2/86‑147 (MQ=255) atggaactgttcgacagagatgccacggtaactttggcttacacattgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATcc > 6:181485‑M2/77‑147 (MQ=255) ggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCg > 8:101093‑M2/75‑146 (MQ=255) aaaaGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggagcaatcatccccacagtccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttc < 1:90777‑M2/148‑66 (MQ=255) aactgttcgcgagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGaaa < 3:58136‑M2/75‑1 (MQ=255) aactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAg < 4:34892‑M2/76‑1 (MQ=255) aactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAg < 5:19506‑M2/76‑1 (MQ=255) aGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccctcatccccaccttccacccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttcttt < 6:49470‑M2/148‑69 (MQ=255) ggATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTGGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttc > 7:143100‑M2/1‑79 (MQ=255) ggATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTTGTTATGAAGCGTAACGTTTATGAGCGAAGTTTGttagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgttctcccgatttctttc > 8:186782‑M2/1‑79 (MQ=255) 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ttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGaa > 8:83249‑M2/39‑146 (MQ=255) tCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagc < 3:162872‑M2/147‑103 (MQ=255) tCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagc < 1:121706‑M2/147‑103 (MQ=255) tCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagc < 7:135681‑M2/147‑103 (MQ=255) accttgtggtaggtggggttcatggatcggttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGcc > 4:106159‑M2/35‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) tAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctac < 7:5797‑M2/148‑127 (MQ=255) tAACGTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctac < 6:153854‑M2/148‑127 (MQ=255) tggatcggttacAGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGa < 1:41355‑M2/136‑1 (MQ=255) ggatcggttccCGAAGTTTGGCCTGCCTCAACTGTACGGTGCGCGGTCTGAGGGCGGATGGGCTGGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTAGGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGaa < 8:60106‑M2/137‑1 (MQ=255) gTTGATGAGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccc < 8:114762‑M2/146‑129 (MQ=255) gatgaGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtgtacgtctccccccagc < 7:131626‑M2/148‑134 (MQ=255) gttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGa < 7:17176‑M2/143‑1 (MQ=255) gtacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGAGGGTCTGGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAg < 8:119882‑M2/144‑1 (MQ=255) gaGCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagcccg < 5:27041‑M2/148‑137 (MQ=255) cGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAGCt > 6:177228/1‑146 (MQ=255) | TGAGGCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGATGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTATGATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAGCT > NC_002947/748088‑748375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |