New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3911503 | 64 (0.890) | 4 (0.060) | 4/248 | NT | 6.1% | coding (813/840 nt) | PP_3451 | hypothetical protein |
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AGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAGC > NC_002947/3911355‑3911648 | aGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGG < 4:174922‑M1/149‑1 (MQ=255) aGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGG < 2:44084‑M1/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTggg < 8:59557/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGc > 4:28775/1‑149 (MQ=255) ttGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAACCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCg < 6:438113/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTGCCGGGGGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCg < 6:363001/149‑1 (MQ=255) gccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCgg < 8:170118/148‑1 (MQ=255) gccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGACCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCACTGTTTGCCTTCCGCTACCGGCCCTGGtaattca > 2:200330‑M1/1‑142 (MQ=255) ccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGTGC‑TGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGTGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCggg < 6:151/148‑1 (MQ=255) ccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCgggg > 6:305508/1‑149 (MQ=255) ccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCggg < 4:16857/148‑1 (MQ=255) ccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCggg < 8:115752/148‑1 (MQ=255) cgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCgggg > 4:256482/1‑148 (MQ=255) cgtgccgAGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGt < 2:52543/149‑1 (MQ=255) gtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTa > 1:149401/1‑149 (MQ=255) cgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGAGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCtt < 8:134548/149‑1 (MQ=255) cgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGGTTCGGGCCGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGGGCCATGCCGAGGCAGAGTTGGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCtt < 5:424965/149‑1 (MQ=255) gtgggtgTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGcc < 1:42789/149‑1 (MQ=255) 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cGCCAGGTGAGCGCGCCGGATC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccgg < 3:25302‑M1/149‑42 (MQ=255) cGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTAccagggccgg > 8:137818‑M2/1‑139 (MQ=255) cGCCAGGGGAGGGCGCCGGAGC‑TGGGGTTTCGGGGGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCGTTGCGCTACCGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccg < 1:200330‑M1/148‑41 (MQ=255) gCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGggccggc > 7:124254/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggta < 5:440954‑M1/149‑44 (MQ=255) tGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGggccggc < 6:163714/143‑1 (MQ=255) tGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGggccggc > 5:163714/1‑143 (MQ=255) aGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTcgc < 3:28775/149‑1 (MQ=255) gcgcgcCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTcgcg < 4:358021/149‑1 (MQ=255) cgcgcCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTAccagggccgg < 7:138751‑M2/138‑11 (MQ=255) 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cgAGCCCAGGGGGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTcc < 7:326094/149‑1 (MQ=255) gAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTccc < 1:123705/149‑1 (MQ=255) aGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCgg > 5:272320/1‑109 (MQ=255) aGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCgg < 6:272320/109‑1 (MQ=255) gggtAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCgg > 6:325161/1‑149 (MQ=255) ggtAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCggg < 5:405773/149‑1 (MQ=255) 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tACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTAccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcgctcacctgg < 5:440954‑M2/149‑107 (MQ=255) tACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGcc > 6:316624/1‑149 (MQ=255) ccGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcgctcacctggcg > 8:137818‑M1/1‑10 (MQ=255) ccGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcg < 7:138751‑M1/138‑129 (MQ=255) ccGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcg > 8:138751‑M1/1‑10 (MQ=255) ccGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTAccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgatccggcgcgctcacctggcg < 3:25302‑M2/149‑109 (MQ=255) ccGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGACt > 3:342553/1‑148 (MQ=255) cGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcgctcacctggcgg < 3:12937‑M1/149‑141 (MQ=255) cGGCCCTGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcgctcacctggcgg < 2:341793‑M1/149‑141 (MQ=255) cGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTAccagggccggtagcgcaacgcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccccccgaaaccccagctccggcgccctcccctggcg < 1:200330‑M2/148‑109 (MQ=255) cGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCt > 6:345039/1‑147 (MQ=255) cGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCt > 4:219580/1‑147 (MQ=255) ggCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAag > 5:108324/1‑137 (MQ=255) ggCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAag < 6:108324/137‑1 (MQ=255) gCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAgg < 8:124254/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCCGGGGTCTCATGCCCCCCCAATGAAGAACCCCGGCCGGCCTCGTCGCGGATCCACCCACAGGGCCCCCACCCCGTACGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAGc < 8:85232/149‑1 (MQ=255) tGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcgctcacctggcggaac > 8:219588‑M1/1‑3 (MQ=255) tGGtaattcattgctgtggcaagataccccgggcccagggccggtagcgcaaggcaaacactgcctcggcatggcacccgctacccaccctgggctcggcgggctccgcccgaaacgcctgctccggcgcgctcacctggcggaac < 7:219588‑M1/146‑144 (MQ=255) | AGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGC‑AGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCAATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAGC > NC_002947/3911355‑3911648 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |