New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4077627 | 42 (0.590) | 4 (0.060) | 4/256 | NT | 7.5% | coding (972/1188 nt) | PP_3588 | Bcr/CflA family multidrug resistance transporter |
? | NC_002947 | = 4077665 | 58 (0.850) | coding (1010/1188 nt) | PP_3588 | Bcr/CflA family multidrug resistance transporter |
ACTCAAATAAAAGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGTGCTGTTCA > NC_002947/4077481‑4077775 | aCTCAAATAAAAGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAAc > 6:236383/1‑149 (MQ=255) aaaTAAAAGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGTAAGTTATGTGTGGGGGGGGATAAAGTGCGGATTTTTTTGTTAACCACGGGGAAAACCGTGTTCCGCCCCCCCGCacac > 1:353270/1‑146 (MQ=255) tAAAAGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAg > 8:102934/1‑149 (MQ=255) aaGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCt > 4:370996/1‑149 (MQ=255) aaGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCt > 3:202288/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGgc < 5:78243/149‑1 (MQ=255) ctgctTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCt < 2:193260/148‑1 (MQ=255) taAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGt < 4:202288/149‑1 (MQ=255) aaGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCTCGCTATCCGCGt > 3:186302/1‑148 (MQ=255) aGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTca < 2:74084/149‑1 (MQ=255) gTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAAACCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGCCGCGCTATCCGCGTcag > 7:161239/1‑149 (MQ=255) gggCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGtg > 7:102934‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAcctgcctgacgcggatagcgcgccaaagcctgggtcgttgc > 3:187904‑M1/1‑108 (MQ=255) aTCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAcctgcctgacgcggatagcgcgccaaagcctgggtcgttgcgg < 3:369683‑M1/148‑44 (MQ=255) aTCACCCTTTAGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAcctgcctgacgcggatagcgcgccaaagcctgggtcgttgcgg > 4:369683‑M1/1‑105 (MQ=255) tCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAcctgcctgacgcggatagcgcgccaaagcctgggtcgttgcggcg < 4:187904‑M1/149‑46 (MQ=255) ttGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCg < 2:353270/147‑1 (MQ=255) aTGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCa < 5:215814/148‑1 (MQ=255) tgtgGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCaa > 7:325999/1‑148 (MQ=255) ggAATGGGTGACAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACg < 4:146416/148‑1 (MQ=255) gTGGCAGGT‑‑‑TTATCTTGGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGCCCCAGGGTTTGGGGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCt < 1:289907/149‑1 (MQ=255) t‑‑‑ttATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCgccg > 2:238456/1‑149 (MQ=255) cTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCACAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCgccggtgcc > 1:173446/1‑149 (MQ=255) tgtgCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCgccggtgccg > 5:155350/1‑149 (MQ=255) tgCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCgccggtgccggt > 4:14958/1‑149 (MQ=255) cTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGtt < 3:370996/148‑1 (MQ=255) ggggCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGAc < 8:325999/149‑1 (MQ=255) ctctACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAg > 8:269861/1‑148 (MQ=255) gCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTgg > 2:77557/1‑149 (MQ=255) ccGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGttt > 3:96347/1‑134 (MQ=255) ccGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGttt < 4:96347/134‑1 (MQ=255) gatgatTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGtgtg > 2:322977/1‑145 (MQ=255) gatgatTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGtgtg < 1:322977/145‑1 (MQ=255) ttGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTACTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGt > 8:296094/1‑149 (MQ=255) tGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGt > 8:147463/1‑141 (MQ=255) tGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGt < 7:147463/141‑1 (MQ=255) tACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTgg < 4:386441/146‑1 (MQ=255) ccaccGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGc > 8:190369/1‑149 (MQ=255) cGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGc > 7:96126/1‑149 (MQ=255) cccTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTAccggcc > 1:51110/1‑149 (MQ=255) cTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTAccggcc < 4:274520/147‑1 (MQ=255) cTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTAccggcc > 3:274520/1‑147 (MQ=255) gTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCt < 1:238456/148‑1 (MQ=255) cGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTggg > 6:46836/1‑149 (MQ=255) cGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTACTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTgg < 7:296094/148‑1 (MQ=255) gCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGc > 1:280132/1‑149 (MQ=255) cccGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGt > 4:206364/1‑149 (MQ=255) cccGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGt < 4:217894/149‑1 (MQ=255) cgccgcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGtgcggcggggcgtaccagggttgtcccggtggtacagacaatcatcggcagtagagcccccagcacagataaacctgccacccattcccacatcaaaagggtga < 4:187904‑M2/149‑105 (MQ=255) cgccgcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGACGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAATCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGTGc > 2:352001/1‑149 (MQ=255) ccgcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCTCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCTCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGTGCTg < 4:186302/149‑1 (MQ=255) ccgcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGtgcggcggggcgtaccagggttgtcccggtggtacagacaatcatcggcagtagagcccccagcacagataaacctgccacccattcccacatctaaagggtgat > 4:369683‑M2/1‑43 (MQ=255) ccgcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGtgcggcggggcgtaccagggttgtcccggtggtacagacaatcatcggcagtagagcccccagcacagataaacctgccacccattcccacatcaaaagggtgat < 3:369683‑M2/148‑106 (MQ=255) gcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGtgcggcggggcgtaccagggttgtcccggtggtacagacaatcatcggcagtagagcccccagcacagataaacctgccacccattcccacatcaaaagggtgatgcc > 3:187904‑M2/1‑41 (MQ=255) gcAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGTGCTGtt < 1:77557/149‑1 (MQ=255) cAcctgcctgacgcggatagcgcgccaaagcctgggtcgttgcggcggggcgtaccagggttgtcccggtggtacagacaatcatcggcagtagagcccccagcacagataaacctgccacccattcccacatcaaaagggtgatgccc > 7:102934‑M1/1‑2 (MQ=255) aaCGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGTGCTGTTCa > 3:380550/1‑149 (MQ=255) | ACTCAAATAAAAGCAGGCTTGCTGCTTATAAGTACTGCGGGCATCACCCTTTTGATGTGGGAATGGGTGGCAGGT‑‑‑TTATCTGTGCTGGGGGCTCTACTGCCGATGATTGTCTGTACCACCGGGACAACCCTGGTACGCCCCGCCGCAACGACCCAGGCTTTGGCGCGCTATCCGCGTCAGGCAGGTGCGGCAGCGTCGCTCAATACGACATTGCTGTTCGCCGGTGCCGGTTTGACGAGCAGTGTGGTCGCAGGTTTGGAAAGCGAGCTACCGGCCGGCTTGGGCGTGCTGTTCA > NC_002947/4077481‑4077775 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |