| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4738166 = | 73 (1.020) | 5 (0.070) | 5/256 | NT | 6.7% | coding (204/1773 nt) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
| ? | NC_002947 | 4738204 = | 70 (1.020) | coding (166/1773 nt) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit | |||||
ATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGG > NC_002947/4738019‑4738314 | tttccttcgacgccatcatcatcggtggcggcggcgccggcatgcgcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctgc < 8:205849‑M1/2‑1 (MQ=255) gATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAgcgc < 1:45316/148‑1 (MQ=255) ccttcgacgccatcatcatcggtggcggcggcgccggcatgcgcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctgcgc > 7:274918‑M1/145‑148 (MQ=255) tGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCAATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAg > 1:216429/1‑149 (MQ=255) tttCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTc > 4:423053/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCgg > 7:189114/1‑149 (MQ=255) cGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATTTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCgg < 7:402199/148‑1 (MQ=255) gcgAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGcc > 7:327064/1‑149 (MQ=255) gagaACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCg > 7:397142/1‑148 (MQ=255) gagaACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCg > 1:56923/1‑148 (MQ=255) gaACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAg < 7:76953/149‑1 (MQ=255) aaCGGCAGACGCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAg < 4:285230/148‑1 (MQ=255) aaCGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGc > 6:196172/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGc > 2:142699/1‑149 (MQ=255) aCGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCg < 8:189114/149‑1 (MQ=255) cccATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa < 8:58648/149‑1 (MQ=255) ggcatgcgcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAg > 7:205849‑M1/110‑149 (MQ=255) ccATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAg < 8:327064/149‑1 (MQ=255) 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aTGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGt < 2:347620/149‑1 (MQ=255) gtgGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGa > 2:120860/1‑149 (MQ=255) tgGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑t < 8:397142/149‑1 (MQ=255) tgGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑t < 6:392491/149‑1 (MQ=255) gcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGgcgc < 4:269820‑M1/38‑1 (MQ=255) gcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGgcgc > 3:269820‑M1/103‑140 (MQ=255) gTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑Tgc > 8:87955/1‑149 (MQ=255) gTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑Tg < 4:150613/148‑1 (MQ=255) ccAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑Tgccg > 4:199226/1‑149 (MQ=255) cAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATg < 2:431523/133‑1 (MQ=255) cAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATg > 1:431523/1‑133 (MQ=255) gTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGccc > 7:229490/1‑149 (MQ=255) gTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGccc > 5:93064/1‑149 (MQ=255) tCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa > 2:372087/1‑134 (MQ=255) tCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa < 1:372087/134‑1 (MQ=255) aGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGc < 4:149440/148‑1 (MQ=255) 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gACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAg < 5:347627/147‑1 (MQ=255) aCGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCT‑GGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTg < 8:233658/148‑1 (MQ=255) ggTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCa > 2:371645/1‑149 (MQ=255) cGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCt > 3:87646/1‑149 (MQ=255) gTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTg > 4:192605/1‑149 (MQ=255) gTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTg > 5:1592/1‑149 (MQ=255) gTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTg > 5:151700/1‑149 (MQ=255) tACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTgc < 3:199226/149‑1 (MQ=255) cATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGTTACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTgcg < 1:142699/148‑1 (MQ=255) cATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTgcg < 3:192605/148‑1 (MQ=255) aTGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGGGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTgcgcg > 1:335327/1‑149 (MQ=255) tgCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCAt > 1:428499/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGAAGTCTTGTGGCCGCCATGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGc > 3:45626/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGACGCCCTGGGCGCATACGGTGTGCGAACGGGTAGGGAAGACCTTCGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGAGCGCATGc > 2:55607/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGcc > 2:33190/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGCTAAGCTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGc > 1:358667/1‑149 (MQ=255) aGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCg > 3:70356/1‑149 (MQ=255) GCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGCCCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCAAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCgg < 8:151775‑M1/149‑1 (MQ=255) GCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCgg < 3:204305‑M1/149‑1 (MQ=255) | ATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGG > NC_002947/4738019‑4738314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |