| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4738166 = | 73 (1.020) | 5 (0.070) | 5/256 | NT | 6.7% | coding (204/1773 nt) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
| ? | NC_002947 | 4738204 = | 70 (1.020) | coding (166/1773 nt) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit | |||||
CCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAA > NC_002947/4738056‑4738350 | cccATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa < 8:58648/149‑1 (MQ=255) ggcatgcgcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAg > 7:205849‑M1/110‑149 (MQ=255) ccATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAg > 1:306491/1‑149 (MQ=255) ccATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAg < 8:327064/149‑1 (MQ=255) cATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAgg < 7:121584/149‑1 (MQ=255) catgcgcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa > 6:117977‑M1/108‑146 (MQ=255) catgcgcgcagcgctgcaactggctcaaggcggccacaagactgccgtagtcaccaaggtcttcccgacccgttcgcacaccgtatccgcccagggcggcatcacctGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa < 5:117977‑M1/39‑1 (MQ=255) aTGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGt < 2:347620/149‑1 (MQ=255) gtgGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGa > 2:120860/1‑149 (MQ=255) tgGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑t < 8:397142/149‑1 (MQ=255) tgGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑t < 6:392491/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑Tgc > 8:87955/1‑149 (MQ=255) gTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑Tg < 4:150613/148‑1 (MQ=255) ccAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑Tgccg > 4:199226/1‑149 (MQ=255) gTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGccc > 5:93064/1‑149 (MQ=255) gTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGccc > 7:229490/1‑149 (MQ=255) tCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa < 1:372087/134‑1 (MQ=255) tCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCa > 2:372087/1‑134 (MQ=255) 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cTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGaa > 7:230992/1‑149 (MQ=255) cTGACAAATGTATTCGATAGCGTCCTTGTCACCGATGTAGGCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCTAACgg < 1:396642/148‑1 (MQ=255) tGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGt > 4:295558/1‑149 (MQ=255) tGACACATGTATTCGATAGCGTCATGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCATCGACAGTCGTCGTTCGGGTCTGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGt > 4:289922/1‑149 (MQ=255) gACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTc > 3:370690/1‑149 (MQ=255) aTGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGaa < 5:314757/149‑1 (MQ=255) aTTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCTCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGaaa > 5:48443/1‑147 (MQ=255) aTTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATa > 7:56201/1‑123 (MQ=255) aTTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATa < 8:56201/123‑1 (MQ=255) aTTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGAcc > 6:41422/1‑149 (MQ=255) cGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCtt < 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aGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCg > 3:70356/1‑149 (MQ=255) gcgccatcgcttcggccgacccgaacgacgactggcgcAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTgcgc < 4:269820‑M2/102‑1 (MQ=255) gcgccatcgcttcggccgacccgaacgacgactggcgcAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTgcgc > 3:269820‑M2/39‑140 (MQ=255) GCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGCCCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCAAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCgg < 8:151775‑M1/149‑1 (MQ=255) GCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCgg < 3:204305‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGgcg > 2:306491‑M1/1‑149 (MQ=255) GCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGgcg > 6:151700‑M1/1‑149 (MQ=255) CCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGgcgc < 8:316728‑M1/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGcgccgc < 3:423053/149‑1 (MQ=255) gtcgtTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGcgccgccgc < 8:230992/149‑1 (MQ=255) gtcgtTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATACCGGcgccgccgc < 6:22489/149‑1 (MQ=255) gtTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCAt > 5:350290/1‑132 (MQ=255) gtTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCAt < 6:350290/132‑1 (MQ=255) ggTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCgatg < 4:70356/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCgatga < 8:302646/149‑1 (MQ=255) tCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCgatgat > 8:273391/1‑149 (MQ=255) gCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCgatgatgat < 6:1592/149‑1 (MQ=255) ccGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGatgatgatg < 7:87955/149‑1 (MQ=255) cGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATgg < 4:204305/149‑1 (MQ=255) gAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGc > 2:329002/1‑149 (MQ=255) gAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGc < 1:329002/149‑1 (MQ=255) aGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGt < 3:295558/149‑1 (MQ=255) aGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGt < 3:289922/149‑1 (MQ=255) cGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCtt > 1:40173/1‑90 (MQ=255) cGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCtt < 2:40173/90‑1 (MQ=255) gcgcAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAgg > 7:274918‑M2/5‑148 (MQ=255) gcAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGaaa < 8:205849‑M2/147‑1 (MQ=255) | CCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGA‑‑‑TGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGA‑CTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAA > NC_002947/4738056‑4738350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |