New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5380510 | 76 (1.060) | 5 (0.070) | 5/258 | NT | 5.6% | coding (92/405 nt) | fur | ferric iron uptake global transcriptional repressor Fur |
? | NC_002947 | = 5380557 | 97 (1.410) | coding (45/405 nt) | fur | ferric iron uptake global transcriptional repressor Fur |
CTCGAACACTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGATCGGG > NC_002947/5380362‑5380658 | cTCGAACACTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGAC < 2:205544‑M1/149‑1 (MQ=255) tCGAACACTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACg > 2:192451/1‑149 (MQ=255) gAACACTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACgct > 2:136875/1‑149 (MQ=255) acacTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACgctgc > 3:192532/1‑149 (MQ=255) cTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCg < 3:166341/149‑1 (MQ=255) cTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCg < 1:202902/149‑1 (MQ=255) tGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCgg > 6:385588/1‑149 (MQ=255) tGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGACTCGAACTGGGTCAGCACGCCATAGACGCTGGCCAGGCCTACATCCTCCACAGCCTCCATCAGAGCCTTGTAGACATCCTCA‑GCACTCAAGTGACGCTGCTCgt > 8:195985/1‑148 (MQ=255) cATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGt < 6:10380/148‑1 (MQ=255) cATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTa < 1:238937/149‑1 (MQ=255) ccgccgTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTc < 4:192532/149‑1 (MQ=255) cgccgTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTc > 5:93699/1‑148 (MQ=255) cgccgTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTc > 8:363734/1‑148 (MQ=255) gccgTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGa < 6:422371/149‑1 (MQ=255) gccgTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGa < 7:69277/149‑1 (MQ=255) gccgTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGa < 5:117088/149‑1 (MQ=255) tCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTagag > 2:434640/1‑141 (MQ=255) tCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTagag < 1:434640/141‑1 (MQ=255) 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ccaGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGa < 5:166873/149‑1 (MQ=255) aGACCCGCCGCCTAGAACTGGGTCAGCACGCTATAGACGGTGGCAAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCATTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACgctgctcggtagagtcaagatccttcagatgctcgactctacc < 6:343948‑M1/149‑44 (MQ=255) gAACTGGGGCAGCACGCGATAGACGGTGGCCATGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACcctgcctcgagtcacgatccttcagatgctcgactctaccgagcagcgtcacatga < 5:82064‑M1/148‑57 (MQ=255) gggTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCg > 6:297067/1‑149 (MQ=255) tCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCt > 3:426670/1‑149 (MQ=255) 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tct‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTctct > 2:269357/1‑145 (MQ=255) tct‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTctct < 1:269357/145‑1 (MQ=255) cACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACgg < 5:297067/149‑1 (MQ=255) cACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTAGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACgg > 2:202991/1‑149 (MQ=255) aCTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACggg > 8:127055/1‑149 (MQ=255) tCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTa > 4:229556/1‑149 (MQ=255) tCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTa > 3:157026/1‑149 (MQ=255) tCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTa > 6:1608/1‑149 (MQ=255) tCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCGTGACTCGAGGCAGGgtcacatgagtgcagaggatgtctacaaggcgctgatggaggctggcgaggatgtaggcatggccaccgtctatcgcgtgctgccccagttc < 5:82064‑M2/148‑93 (MQ=255) aTGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTAt > 4:135191/1‑148 (MQ=255) aTGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTAt > 1:316678/1‑148 (MQ=255) tgACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGAt < 7:383389/148‑1 (MQ=255) tgACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGAt < 8:124685/148‑1 (MQ=255) tgACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTATTAATACGGGTATGATc > 2:184970/1‑149 (MQ=255) tgACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGATTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCACCTTATCTTAATACCGGTATGAt > 8:383389/1‑148 (MQ=255) aCGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGATCgg > 5:343784/1‑149 (MQ=255) aCGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGATCgg < 1:195292/149‑1 (MQ=255) cGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGgtcacatgagtgcagaggatgtctacaaggcgctgatggaggctggcgaggatgtag > 4:235117‑M2/1‑48 (MQ=255) cGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGgtcacatgagtgcagaggatgtctacaaggcgctgatggaggctggcgaggatgtag < 3:235117‑M2/105‑58 (MQ=255) cGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGATCggg < 6:219667/149‑1 (MQ=255) cGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGATCggg < 4:81478/149‑1 (MQ=255) | CTCGAACACTGCATGACCGCCGTCGAAGTTGTGGCGAACCACCAGACCCGCCGCCTCGAACTGGGTCAGCACGCGATAGACGGTGGCCAGGCCTACATCCTCGCCAGCCTCCATCAGCGCCTTGTAGACATCCTCT‑GCACTCATGTGACGCTGCTCGGTAGAGTCGAGCATCTGAAGGATCTTGACTCGAGGCAGGGTCACCTTGAGACCGGCTTTGCGCAATTCGCTATTTTCAACCATGGTCAGCTTTCTCGCCGATGCTGCTTCGCAGCTTCTCTTAATACGGGTATGATCGGG > NC_002947/5380362‑5380658 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |