| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5594092 = | 9 (0.130) | 12 (0.210) | 8/212 | NT | 49.9% | intergenic (‑39/+106) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | 5594185 = | 17 (0.300) | intergenic (‑132/+13) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
ATCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACA > NC_002947/5593944‑5594214 | tcgatgaagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcacctta < 1:56455‑M1/1‑1 (MQ=255) tCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCAC > 1:181285‑M1/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCAC > 8:77123‑M1/1‑149 (MQ=255) gatgaagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcatccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttAcc < 6:340606‑M1/3‑1 (MQ=255) aagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCtgt > 5:330669‑M1/143‑149 (MQ=255) gatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTgg < 2:347838‑M1/9‑1 (MQ=255) tcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACACTGTgg < 2:135678‑M1/9‑1 (MQ=255) tGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTTGATGTGGATTGGATTGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCTCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACAACCCTGTGG < 1:175806‑M1/147‑1 (MQ=255) tGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGA < 7:56620‑M1/149‑1 (MQ=255) agccagtaagtgagtgagtaggctgccatgttcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaagggatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcaggaccttACCGTGTGGGAGc > 6:412929‑M1/137‑149 (MQ=255) acccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGc < 8:85873‑M1/13‑1 (MQ=255) gAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGG > 5:388821‑M1/1‑149 (MQ=255) gAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCAGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGG > 7:325024‑M1/1‑149 (MQ=255) ccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCgg < 5:106195‑M1/15‑1 (MQ=255) 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aaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgcg > 8:52213‑M1/79‑149 (MQ=255) aaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgcg > 7:131771‑M1/79‑149 (MQ=255) gATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgg < 1:332971‑M1/149‑45 (MQ=255) gATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgg < 2:142501‑M1/149‑45 (MQ=255) aggcatgcgtgagcaggccgagctgttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 4:389217‑M1/78‑149 (MQ=255) 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gctggGTTATGTCTTGGTCATGTCCGCCGGAGTGATGTTAAGGGGCATACACCACCCTGTGGGAGGGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAg < 6:388821/149‑1 (MQ=25) tGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCGCCCTGTGGGAGCGGGGTTGGCCGCGAACACCCGCAAAGGCCGTGCCATGCACCGCCGGGGTTGCTTAGCGGGGCAGCCCGCTGCCCCCGGGGAAggggggg > 7:383574/1‑144 (MQ=255) tgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCCCGAACACCCGCAAAGCCCGTGCCATGCACAGCAGTGCAAGCTTACCCGGCAACCCCGCACCCACACGGTAAGGTTCAGCGGTTTAGACTTtg > 6:99449/1‑149 (MQ=25) taGTTATTTTAAGTGCCATACCCCGCCGGGGGGTAGCGGGTTGGCCCGCTAACCCGGCCAACGCCGGTGCAATGCCCCGCTGTGCTTGCTGCGGGGCCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACa < 8:383574/146‑1 (MQ=255) | ATCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACA > NC_002947/5593944‑5594214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |