New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5594092 = | 9 (0.130) | 12 (0.210) | 8/212 | NT | 49.9% | intergenic (‑39/+106) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
? | NC_002947 | 5594185 = | 17 (0.300) | intergenic (‑132/+13) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
GCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATCGA > NC_002947/5594039‑5594332 | gctggGTTATGTCTTGGTCATGTCCGCCGGAGTGATGTTAAGGGGCATACACCACCCTGTGGGAGGGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAg < 6:388821/149‑1 (MQ=25) tGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCGCCCTGTGGGAGCGGGGTTGGCCGCGAACACCCGCAAAGGCCGTGCCATGCACCGCCGGGGTTGCTTAGCGGGGCAGCCCGCTGCCCCCGGGGAAggggggg > 7:383574/1‑144 (MQ=255) tgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCCCGAACACCCGCAAAGCCCGTGCCATGCACAGCAGTGCAAGCTTACCCGGCAACCCCGCACCCACACGGTAAGGTT‑CAGC‑‑‑GGTTTAGACTTtg > 6:99449/1‑149 (MQ=25) taGTTATTTTAAGTGCCATACCCCGCCGGGGGGTAGCGGGTTGGCCCGCTAACCCGGCCAACGCCGGTGCAATGCCCCGCTGTGCTTGCTGCGGGGCCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACa < 8:383574/146‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCGTGCCCGCGAACAACCGCCAAGCCCGGGCCAAGCACCCCAGTGCTTTCTTAGCGGGCAAGCCCCCACCCACAGGGGAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGGTTTGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCATACAGGCGGAACCGCAAGGccag > 4:13862/1‑147 (MQ=19) CTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGAGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCa < 8:322406‑M1/149‑1 (MQ=255) TTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGttt < 7:401223‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGttt > 8:401223‑M1/1‑91 (MQ=255) gcccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc > 5:315909‑M2/75‑149 (MQ=255) gcccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggt‑‑GGTGTATGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGcc > 3:342592‑M2/75‑149 (MQ=255) ccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtGAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt > 8:338443‑M2/73‑149 (MQ=255) ccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt > 6:434018‑M2/73‑149 (MQ=255) ccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACAGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt > 4:389217‑M2/73‑149 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt < 7:169323‑M1/149‑1 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt < 5:35044‑M1/149‑1 (MQ=255) cgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCtt > 8:52213‑M2/72‑149 (MQ=255) cgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCtt > 7:131771‑M2/72‑149 (MQ=255) gcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTg > 2:56455‑M2/71‑149 (MQ=255) GCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTg < 6:106195‑M1/149‑1 (MQ=255) cgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGc > 5:214150‑M2/70‑149 (MQ=255) agcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCg < 6:315909‑M2/83‑1 (MQ=255) acCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAc > 8:163450/1‑149 (MQ=255) ccGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc < 7:163450/149‑1 (MQ=255) caagcactgcggtgcatggcaccggctttgcttgcttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGATGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc > 5:340606‑M2/64‑149 (MQ=255) gcacccccGGTGCCAGGCACCGCTGGGGTGGCTGCGGGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTc < 5:99449/143‑1 (MQ=255) gCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGCCGGGGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGATGCCTGCCTTCATGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc > 1:135678/1‑149 (MQ=38) gCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGt > 5:109453/1‑148 (MQ=255) aaGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTcaca > 2:256423/1‑149 (MQ=255) gTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCATGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACCTCCACg > 4:115352/1‑149 (MQ=255) ccATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGcc < 7:322406/149‑1 (MQ=255) cATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCt > 7:85873/1‑149 (MQ=255) gcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTc < 7:52213‑M2/103‑1 (MQ=255) aCCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCCCATCCACGGCCTCGATc > 2:308836/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATc > 6:16179/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATc > 7:109328/1‑149 (MQ=255) cGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGATGACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCt > 1:347838/1‑149 (MQ=255) gatgTGGTTGCTGCGCGGCAAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTg < 3:13862/146‑1 (MQ=255) cttgcttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGc < 1:256423/148‑1 (MQ=255) cttgcttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCg > 3:352503/1‑149 (MQ=255) ttgcttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCg > 2:196832/1‑148 (MQ=255) gcttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGt < 6:35044/147‑1 (MQ=255) ttcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGAT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACt > 1:332529‑M2/29‑148 (MQ=255) tcgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCa > 4:84999‑M2/28‑149 (MQ=255) cgcgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTc < 8:169323‑M2/121‑1 (MQ=255) cgggcaagcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGc < 6:214150‑M2/125‑1 (MQ=255) gcccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCt < 8:131771‑M2/132‑1 (MQ=255) cccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTg > 3:198831‑M2/17‑149 (MQ=255) ccgctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTgg < 5:106195‑M2/134‑1 (MQ=255) gctcccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGt < 8:85873‑M2/136‑1 (MQ=255) gctcccacacggtAAGGTC‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATCCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGAACATGGCAGCCTACTCACTCACTTActggct > 6:412929‑M2/14‑147 (MQ=255) cgactgggTAAGGTG‑GTGA‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑TCAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACGGCTCGGCCTTCTCACGCATGGCTTGCTCGACCGTCAGATCCTCGTGCTGGATCTTGGCAGCGTACTCACTGACTTCCTGGGTGAt < 4:198831/143‑1 (MQ=255) ccacagtgtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGa < 2:135678‑M2/138‑1 (MQ=255) ccacagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATc < 2:347838‑M2/140‑1 (MQ=255) acagggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCtt > 5:330669‑M2/8‑149 (MQ=255) ggtAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGATGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATc < 6:340606‑M2/146‑1 (MQ=255) tAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATCGa < 1:56455‑M2/148‑1 (MQ=255) | GCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTG‑CTGC‑‑‑GGTTTAGACTTTGTGGT‑ACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATCGA > NC_002947/5594039‑5594332 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |