New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5137375 | 74 (1.030) | 5 (0.070) | 5/256 | NT | 6.6% | coding (227/894 nt) | PP_4522 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 5137408 | 70 (1.020) | coding (194/894 nt) | PP_4522 | LysR family transcriptional regulator |
AACGGCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGC > NC_002947/5137261‑5137555 | aaCGGCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTt > 2:182776‑M2/1‑148 (MQ=255) aCGGCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTtg > 2:97626‑M2/1‑147 (MQ=255) aCGGCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTtg > 2:6557‑M2/1‑147 (MQ=255) cGGCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTtgc > 2:108689‑M2/1‑146 (MQ=255) ggCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTtgct > 8:406701‑M2/1‑145 (MQ=255) cAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTtgctgg < 3:172333‑M2/149‑7 (MQ=255) aaGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGt > 4:312927/1‑149 (MQ=255) gcgcGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAg > 1:145045/1‑149 (MQ=255) gcgATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGc < 3:312927/149‑1 (MQ=255) gcgATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGc < 6:296212/149‑1 (MQ=255) gATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCt > 5:21879/1‑148 (MQ=255) gATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCt > 7:6179/1‑148 (MQ=255) tCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGa < 4:172333/148‑1 (MQ=255) tCACCGACGGGGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGTCTGaa < 7:183719/149‑1 (MQ=255) cGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGccc > 5:358788/1‑149 (MQ=255) aGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGAccc < 3:358336/149‑1 (MQ=255) tCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCg > 2:166991/1‑149 (MQ=255) gATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGt < 8:230783/149‑1 (MQ=255) 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ccccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGca > 2:432003/1‑148 (MQ=255) ccccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGca < 1:432003/148‑1 (MQ=255) cccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGcac > 8:313582/1‑148 (MQ=255) cccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGcac > 5:132853/1‑148 (MQ=255) ccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCacaa > 8:46683/1‑149 (MQ=255) cAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCacaa > 5:152404/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCacaa > 6:236214/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATAATGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTCGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCCACCCCGGTGGCacaa > 4:6020/1‑148 (MQ=255) gTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGa > 3:299458/1‑149 (MQ=255) gAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATa < 5:66119/148‑1 (MQ=255) 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tCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGcc > 2:337405/1‑147 (MQ=255) gAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAgg > 2:252079/1‑149 (MQ=255) gAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAgg > 7:398426/1‑149 (MQ=255) gAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAgg > 7:404105/1‑149 (MQ=255) gAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGACTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAg < 8:126087/148‑1 (MQ=255) aaaCCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGCCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGt > 4:302268/1‑149 (MQ=255) ccGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGa < 8:404105/149‑1 (MQ=255) ccGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGa < 8:398426/149‑1 (MQ=255) cGTCCAGCTCGTCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTCGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGAc < 3:6020/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAg < 6:358788/149‑1 (MQ=255) 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ggTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCTGGCTGAAGCCCCCCCGACCCGGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTg < 1:337405/149‑1 (MQ=255) ggTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTgg < 3:342622/149‑1 (MQ=255) ggTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTgg < 8:10112/149‑1 (MQ=255) tCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTAc < 3:245543/103‑1 (MQ=255) tCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTAc > 4:245543/1‑103 (MQ=255) ccTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCaaa < 6:132853/148‑1 (MQ=255) cTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAg < 1:111734/148‑1 (MQ=255) gATGGAACAGCTCGCCCTtgctggccgagctggacggtttcgagcagtatgccgccgccctgaagggcgaactgcgtggcaccctcaaccttggggtgatcgactccaccgtcggtgatcgcgccttgccgttggccgaagccatcggt < 5:277945‑M2/149‑132 (MQ=255) aTGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGcc < 6:152404/147‑1 (MQ=255) tGGAACAGCTCGCCCTtgctggccgagctggacggtttcgagcagtatgccgccgccctgaagggcgaactgcgtggcaccctcaaccttggggtgatcgactccaccgtcggtgatcgcgccttgccgttggccgaagccatcggtgc > 1:129277‑M2/1‑16 (MQ=255) gAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCtggt < 7:322721/149‑1 (MQ=255) gAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCtggt > 6:416534/1‑149 (MQ=255) aCAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCTTTGCCAACGcccagcgcg < 4:299458/149‑7 (MQ=255) gCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGgcgc < 6:21879/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcacc < 1:252079/148‑1 (MQ=255) cTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCCG‑CTGGCGCATGTAGGTCATGATGGCCGAGGGCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAGGCCCTGGTGGCGccccaccc > 4:93859/1‑147 (MQ=255) cTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGc > 7:101249/1‑149 (MQ=255) cTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGc > 4:191269/1‑149 (MQ=255) | AACGGCAAGGCGCGATCACCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGCCCCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAG‑CTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGC > NC_002947/5137261‑5137555 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |