| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 6055813 = | 71 (0.990) | 4 (0.060) | 4/244 | NT | 6.1% | intergenic (+34/‑61) | tonB/oxyR | TonB energy transducing system subunit TonB/oxidative and nitrosative stress transcriptional dual regulator |
| ? | NC_002947 | 6055876 = | 59 (0.910) | coding (3/927 nt) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional dual regulator | |||||
TGGCACGATTGAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTCGA > NC_002947/6055728‑6056019 | gggCACGATTGAAGTCGTGGCACCGGTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTACGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATg < 7:79194/148‑1 (MQ=255) gCACGATTGAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGAc > 1:24924/1‑149 (MQ=255) cACGATTGAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGAcc > 4:52193/1‑149 (MQ=255) cACGATTGAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGAcc > 3:240871/1‑149 (MQ=255) aCGATTGAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGAccc < 4:264224/149‑1 (MQ=255) gAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCATCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTa > 7:207904/1‑146 (MQ=255) tGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACg < 4:127522/149‑1 (MQ=255) tGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACg < 1:270175/149‑1 (MQ=255) cGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCATCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGt < 3:246879/148‑1 (MQ=255) gTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTca > 1:299463/1‑149 (MQ=255) cTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCCCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTcaca > 1:355473/1‑149 (MQ=255) aCTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGcc > 5:31974/1‑149 (MQ=255) aCTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGcc > 6:174250/1‑149 (MQ=255) cTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGccc < 2:355473/149‑1 (MQ=255) tGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGcc > 1:269805/1‑147 (MQ=255) ggACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAg > 5:229350/1‑149 (MQ=255) gACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCa < 2:299463/147‑1 (MQ=255) cgccgcTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑aa > 4:159969/1‑148 (MQ=255) cgccgcTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑aa > 1:54827/1‑148 (MQ=255) 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aaTTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCt > 5:132316/1‑149 (MQ=255) aaTTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCt > 3:82749/1‑149 (MQ=255) aaTTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCt < 2:21188/149‑1 (MQ=255) aaTTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTACAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCt > 8:11160/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGt > 3:314459/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTc < 2:54827/148‑1 (MQ=255) ggCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGGAAACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTc < 1:279291/148‑1 (MQ=255) ggCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCAc < 8:387631/149‑1 (MQ=255) aGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTACAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGa < 7:11160/149‑1 (MQ=255) aGTCTGATAACGTGCGTCTATCGAGTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGa < 8:159131/149‑1 (MQ=255) cTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑aa < 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ggACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCt > 1:300419/1‑148 (MQ=255) gacgcacgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAg < 6:154867‑M2/118‑1 (MQ=255) gacgcacgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAg > 5:154867‑M2/13‑130 (MQ=255) gacgcacgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGa < 4:136445‑M2/137‑1 (MQ=255) gacgcacgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCAAGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTg < 2:269805‑M2/136‑1 (MQ=255) gcacgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCt > 8:45900‑M2/10‑149 (MQ=255) acgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGTCTAGCTTGGCGTTCTGATCTTc < 4:26628‑M2/142‑1 (MQ=255) acgttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTc > 5:104286‑M2/8‑149 (MQ=255) gttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGAc > 4:270926‑M2/6‑126 (MQ=255) gttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGAc < 3:270926‑M2/121‑1 (MQ=255) gttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTc > 1:421863‑M2/6‑147 (MQ=255) gttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTCGa < 8:293385‑M2/144‑1 (MQ=255) gttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTAGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTCGa > 7:232815‑M2/6‑149 (MQ=255) gttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACATCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTCGa < 5:424260‑M2/144‑1 (MQ=255) ttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGa < 1:155433‑M2/80‑1 (MQ=255) ttatGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGa > 2:155433‑M2/5‑84 (MQ=255) | TGGCACGATTGAAGTCGTGGCACCGTTCGTCTACTCACTGGACCGCCGCTAAGACTTTTGCTTCTGTCACAATTCGGCAAGTCTGATAACGTGCGTCTATCGATTGCAGCCGCTATGCTGGGCCCGCAACTTCATGGACGCACGTTATGACCCTTACAGAATTACGCTACATCGTCACACTCGCCCAGG‑AACAGCACTTCGGCCATGCCGCCGAGCGCTGTCACGTGAGCCAACCCACCCTGTCGGTCGGTGTGAAGAAGCTCGAGGACGAGCTTGGCGTTCTGATCTTCGA > NC_002947/6055728‑6056019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |