New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2460351 = | 47 (0.900) | 5 (0.100) | 4/250 | NT | 10.7% | coding (453/480 nt) | PP_2153 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2460402 = | 39 (0.800) | coding (402/480 nt) | PP_2153 | hypothetical protein |
CGCCATGGGACAGGCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGCCGCGCAGCAG > NC_002947/2460205‑2460497 | cGCCATGGGACAGGCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAgctg < 1:114615/149‑1 (MQ=255) cATGGGACAGGCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGctgctg < 3:234212/149‑1 (MQ=255) cATGGGACAGGCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGctgctg > 2:258891/1‑149 (MQ=255) cgggtgaaagtgaaaatggtgctgatgccgcgcgcccacggcctgctgctgcgcggcaaggtcacccattgcgaccctcgcccggagggcggcttcgaggtcggtaccgagttcatcgacatgaccgacgcccaacgacaaCTGCTGgc < 7:95908‑M1/8‑1 (MQ=255) atgCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGGGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCgtt < 3:4425/147‑1 (MQ=255) aGGCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCgtt < 8:299252/149‑1 (MQ=255) aTTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCgttgttg < 1:311809/149‑1 (MQ=255) cTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGTCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGttgttgttg < 1:279099/148‑1 (MQ=255) gAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTg > 8:95908/1‑149 (MQ=255) aaaGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCt < 2:92262/147‑1 (MQ=255) gCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGgcgc < 2:251545/149‑1 (MQ=255) ctctTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCt > 6:5415/1‑149 (MQ=255) aGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGTGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAgta < 7:84360/149‑3 (MQ=255) tctcGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTAGCg > 6:224259/1‑149 (MQ=255) ccacggcctgctgctgcgcggcaaggtcacccattgcgaccctcgcccggagggcggcttcgaggtcggtaccgagttcatcgacatgaccgacgcccaacgacaaCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCgg < 4:143360‑M1/43‑1 (MQ=255) gggTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCgg < 7:18639/146‑1 (MQ=255) tGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCgttgttgt > 2:308185/1‑119 (MQ=255) tGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCgttgttgt < 1:308185/119‑1 (MQ=255) ttCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGt > 2:141912/1‑149 (MQ=255) ctgctgcgcggcaaggtcacccattgcgaccctcgcccggagggcggcttcgaggtcggtaccgagttcatcgacatgaccgacgcccaacgacaaCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCcagcag > 3:143360‑M1/97‑147 (MQ=255) ctgcgcggcaaggtcacccattgcgaccctcgcccgaagggcggcttcgaggtcggtaccgagttcatcgacatgaccgacgcccaacgacaaCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTg > 5:57445‑M1/94‑147 (MQ=255) ggCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTg < 5:224259/148‑1 (MQ=255) gcgcCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTggg > 6:144948/1‑149 (MQ=255) ccgcGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGa > 5:201863/1‑119 (MQ=255) ccgcGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGa < 6:201863/119‑1 (MQ=255) cgATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGa < 1:26793/116‑1 (MQ=255) cgATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGa > 2:26793/1‑116 (MQ=255) ccGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTAGTTCAGTTCCAGCTGCTGTCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCATTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGt > 8:126147/1‑149 (MQ=255) gTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTc > 6:77084/1‑148 (MQ=255) gATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGAt < 1:141912/148‑1 (MQ=255) gaccctcgcccggagggcggcttcgaggtcggtaccgagttcatcgacatgaccgacgcccaacgacaaCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCcagcag > 6:79537‑M1/70‑120 (MQ=255) gaccctcgcccggagggcggcttcgaggtcggtaccgagttcatcgacatgaccgacgcccaacgacaaCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCcagcag < 5:79537‑M1/51‑1 (MQ=255) tCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCcagca > 2:175047/1‑118 (MQ=255) tCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCcagca < 1:175047/118‑1 (MQ=255) gttcgttcCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTAcc > 3:306092/1‑148 (MQ=255) ttcgttcCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGa > 7:234447/1‑149 (MQ=255) ttcCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGGTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGGCAGCAGTTGTCGTTCGGCGTCGGTCATGTCTATGACATCGGTACCGACCTc > 8:109985/1‑149 (MQ=255) cTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCcagcag < 4:303899/101‑1 (MQ=255) ttCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAg > 7:136883/1‑149 (MQ=255) tCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGaa > 8:161603/1‑147 (MQ=255) tCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGaa < 7:157144/147‑1 (MQ=255) tCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGaa < 7:161603/147‑1 (MQ=255) tCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGaa > 8:157144/1‑147 (MQ=255) aaaTCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAgccg < 5:144948/149‑1 (MQ=255) ggAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAGCTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCg > 3:37407/1‑149 (MQ=255) gAAAAATTGGCCCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTCCCGCCCGCGAAGCCGCCCTCCgg > 2:227196/1‑149 (MQ=255) aaaaTTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCggg < 4:306092/148‑1 (MQ=255) tCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCg > 5:134581/1‑148 (MQ=255) ggaggCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAAt < 8:136883/149‑1 (MQ=255) gTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCt > 6:15458/1‑149 (MQ=255) tCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGCCCtt > 8:25702/1‑149 (MQ=255) gTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGc < 6:134581/149‑1 (MQ=255) tCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGCcg > 2:241477/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGCCGCgca < 7:126147/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGCCGCgcag > 5:303640/1‑148 (MQ=255) aGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGGCGCAATGGGTGACCTTGcc < 4:246859/140‑1 (MQ=255) gctgctGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGCCGCgcagcag > 7:16924/1‑148 (MQ=255) | CGCCATGGGACAGGCATTGCTGAAAGCTCTTCAGGGTGTTCTCGGGTGCTTCGCCCTTGGCGCCGCGATGGCCGTAGATCAGGGTCACGTTCGTTCCTTCAAATCAGGGAAAAATTGGCTCAGGAGGCGGGGTCGTTCAGTTCCAGCTGCTGGCGCCGTTGTTGTTGCTGGCGCTGCAGGATGTATCGGGCCAGCAGTTGTCGTTGGGCGTCGGTCATGTCGATGAACTCGGTACCGACCTCGAAGCCGCCCTCCGGGCGAGGGTCGCAATGGGTGACCTTGCCGCGCAGCAG > NC_002947/2460205‑2460497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |