New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2593807 = | 58 (1.110) | 4 (0.080) | 4/254 | NT | 7.2% | coding (305/411 nt) | PP_5509 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2593864 = | 47 (0.950) | coding (362/411 nt) | PP_5509 | hypothetical protein |
GCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCCGCGCCTGAAA > NC_002947/2593664‑2593952 | gcCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTc > 4:304966/1‑149 (MQ=255) agaggTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCAATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTcc > 5:247405/4‑147 (MQ=255) aGTGGTCCACGACAACTCCAACGCCATGCTCCCCGGCATGATGATGGGGCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTcc < 6:247405/147‑1 (MQ=255) gTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTcc < 3:304966/149‑1 (MQ=255) cggacgatgactccgttgtccacacgctcaatgcgcaaggacagttctttcaggcgcggaggccgttgggctggagtcgtcatggcttacctacgggagcggaagctggagaagctgctggagcgatagctgtagcTGGCTCCGCGTcc < 4:231733‑M1/13‑1 (MQ=255) cAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGc > 3:258770/1‑149 (MQ=255) gACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCt > 1:270223/1‑148 (MQ=255) tCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGc < 8:206225/140‑1 (MQ=255) tCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGc > 7:206225/1‑140 (MQ=255) tCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTgg > 5:270161/1‑148 (MQ=255) cAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGc > 4:54849/1‑147 (MQ=255) cAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGc < 3:54849/147‑1 (MQ=255) aTGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGcc > 1:138970/1‑148 (MQ=255) cACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGcc > 8:29325/1‑148 (MQ=255) cGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACg > 8:248666/1‑149 (MQ=255) cGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACg > 4:137706/1‑149 (MQ=255) cGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGGCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACg < 5:273621/149‑1 (MQ=255) gatgatgGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCAc > 4:223804/1‑149 (MQ=255) tgatgGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACTGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACcg > 5:165535/1‑149 (MQ=255) agggTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTCAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGa < 8:240960/148‑1 (MQ=255) ggTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGc > 4:241726/1‑149 (MQ=255) ggTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGc > 4:10617/1‑149 (MQ=255) ttctttcaggcgcggaggccgttgggctggagtcgtcatggcttacctacgggagcggaagctggagaagctgctggcgcgatagctgtagcTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCca > 3:231733‑M1/93‑149 (MQ=255) tCACATTTTGGGGAGTGCTTCGGCATCGGCCCGGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGTCCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCca < 1:140408/149‑1 (MQ=255) tCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGc > 5:172901/1‑147 (MQ=255) ttttGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCCCGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCcagcta > 3:89532/1‑148 (MQ=255) aggcgcggaggccgttgggctggagtcgtcatggcttacctacgggagcggaagctggagaagctgctggtgcgatagctgtagcTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCcag > 8:105886‑M1/86‑143 (MQ=255) aggcgcggaggccgttgggctggagtcgtcatggcttacctacgggagcggaagctggagaagctgctggtgcgatagctgtagcTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCcag < 7:105886‑M1/58‑1 (MQ=255) tGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCcagctacag < 2:138970/148‑1 (MQ=255) gggCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCcagctacagc < 3:10617/148‑1 (MQ=255) aGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCg > 6:99935/1‑149 (MQ=255) gTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGc < 5:99935/149‑1 (MQ=255) cGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACca < 3:223804/147‑1 (MQ=255) gCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACcagcag > 1:131095/1‑149 (MQ=255) gCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTtctc < 3:137706/149‑1 (MQ=255) ggCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCt < 8:113861/149‑1 (MQ=255) tCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGc > 8:11851/1‑149 (MQ=255) accaccATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCTCGCCCAGCCTTCGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAg < 7:35330/149‑1 (MQ=255) aacaacaTCGTGAAGAACAACAAGACCAAGAACAGAGAGACCAGGGTGGCTCCGAGTCAGGCCTATGTGGCTCAAGGCGCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCAATCTACAGCTATCGCAGCAGCAGCTTCTGCAGCTTCCGCTCCCGTAg < 2:270223/144‑1 (MQ=255) ccaccaTCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAgg > 2:184662/1‑149 (MQ=255) caccaTCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAgg > 6:254305/1‑148 (MQ=255) ctCGTGAACAACACCCCGACCAACACCCGCGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGc < 6:270161/148‑1 (MQ=255) gTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCAt < 6:172901/149‑1 (MQ=255) caacaCCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATgacga < 5:254305/149‑1 (MQ=255) caacaCCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATgacga > 1:317852/1‑149 (MQ=255) ccacGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCa < 4:258770/149‑1 (MQ=255) cacGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTc > 8:188087/1‑118 (MQ=255) cacGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTc < 7:188087/118‑1 (MQ=255) cacGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTccc > 1:43673/1‑125 (MQ=255) cacGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTccc < 2:43673/125‑1 (MQ=255) cGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGcc > 6:200707/1‑149 (MQ=255) accacCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCATATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCACCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACg < 4:89532/147‑1 (MQ=255) aaCACCCGAGCGACCACTGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACg < 6:165535/149‑1 (MQ=255) aaCACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACg < 2:317852/149‑1 (MQ=255) aaCACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACg < 7:248666/149‑1 (MQ=255) acacCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACgg > 7:83135/1‑149 (MQ=255) cacCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGc > 5:31384/1‑149 (MQ=255) gAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCcg > 5:201106/1‑149 (MQ=255) gAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCcg > 3:183222/1‑149 (MQ=255) aGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCcgc < 3:241726/149‑1 (MQ=255) gACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAACCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCCGCGcc > 6:306461/1‑149 (MQ=255) accaccGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAACCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCCGCGCCt < 5:306461/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCCGCGCCTGaaa < 7:29325/149‑1 (MQ=255) | GCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGACCAACACCCGAGCGACCACCGTGGCTCCGCGTCCGGCCTATGTGGCTCCACGCCCAGCCTACGTTGCACCGCGAGCCAGCTACAGCTATCGCACCAGCAGCTTCTCCAGCTTCCGCTCCCGTAGGTAAGCCATGACGACTCCAGCCCAACGGCCTCCGCGCCTGAAA > NC_002947/2593664‑2593952 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |