| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 3479286 | 55 (1.060) | 4 (0.080) | 4/252 | NT | 7.1% | coding (1933/2496 nt) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
| ? | NC_002947 | = 3479308 | 52 (1.050) | coding (1911/2496 nt) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein | |||||
ATGTAGTTGCGCGAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGG > NC_002947/3479138‑3479434 | aTGTAGTTGCGCGAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCAT > 1:310466‑M1/1‑149 (MQ=255) tGTAGTTGCGCGAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATg > 6:140500/1‑149 (MQ=255) tAGTTGCGCGAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGc < 5:231013/148‑1 (MQ=255) gTTGCGCGAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGctct < 3:309055/149‑1 (MQ=255) gcgAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCg > 1:192056/1‑149 (MQ=255) tGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATcgcccgccagaccgg > 5:108984‑M1/1‑133 (MQ=255) tGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTgg > 7:88558/1‑149 (MQ=255) ggACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTCGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTggc > 3:279771/1‑149 (MQ=255) gACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTggc < 2:192056/148‑1 (MQ=255) aTCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTggc‑‑gggc > 5:312678/1‑149 (MQ=255) aGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGat > 5:115890‑M2/1‑147 (MQ=255) gAAGGCGTTGGCGAGGATGCGCGGGACCTCTGGCTCACGGATCGGGGCGCTATAGCACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTCGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGatgg > 3:215506‑M2/1‑145 (MQ=255) aaGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGatggc > 6:312678‑M2/1‑144 (MQ=255) gTTGGCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGt < 1:117996/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTAc > 3:72736/1‑148 (MQ=255) gTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTAc < 5:212772/148‑1 (MQ=255) gTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTAc < 8:88558/148‑1 (MQ=255) gTCGAGGAAGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTAc < 5:191610/148‑1 (MQ=255) tCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTAc > 2:326404/1‑147 (MQ=255) gAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATcgcccgccagaccggcaagagcatggccgccgctggca < 6:108984‑M1/149‑39 (MQ=255) gAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCag > 8:180882/1‑148 (MQ=255) aGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATcgcccgccagaccggcaagagcatggccgc < 4:51164‑M1/140‑31 (MQ=255) aGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATcgcccgccagaccggcaagagcatggccgc > 3:51164‑M1/1‑110 (MQ=255) cgcgGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCg < 5:140500/148‑1 (MQ=255) cgcgGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCg < 7:180882/148‑1 (MQ=255) cATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTg < 2:310466/148‑1 (MQ=255) aTCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTgcg > 2:202015/1‑149 (MQ=255) tCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTgcgc > 1:46237/1‑149 (MQ=255) tCTGGCTCACAGATCTAATCGCTATAAAACATGATCTAACGGCTGACATACAGGTAGTCCTAGTTGCCACCGGCCTCCCTGCCAGCGGCGGCCATGATCTTGACGGTATGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGAACCAGTAGTCCGGCAGGTgcg > 8:48543/1‑148 (MQ=255) cTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGTTCTGGCGGCTGTCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCTATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTga < 7:48543/149‑1 (MQ=255) cTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt < 2:290680/147‑1 (MQ=255) cTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt > 1:290680/1‑147 (MQ=255) tCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAg > 6:51605/1‑137 (MQ=255) aCGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTgaga > 6:31994/1‑148 (MQ=255) ggATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt < 2:314493/142‑1 (MQ=255) ggATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt > 1:314493/1‑142 (MQ=255) gATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt < 5:147303/141‑1 (MQ=255) gATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt > 6:147303/1‑141 (MQ=255) cTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGatggccg < 6:240146‑M2/110‑8 (MQ=255) cTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGatggccg > 5:240146‑M2/1‑103 (MQ=255) ggTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCggg > 3:121067/1‑149 (MQ=255) gTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGt > 4:261017/1‑149 (MQ=255) cTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCgg > 5:140654/1‑148 (MQ=255) cTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGc < 1:125476/149‑1 (MQ=255) 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aTcgcccgccagaccggcaagagcatggccgccgctggcagcgaggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtgagccagatgtaccgcgcatcctcgacaacgccttcct > 5:115890‑M1/1‑2 (MQ=255) aTGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTg > 6:108107/1‑149 (MQ=255) tGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTgg < 1:202015/149‑1 (MQ=255) tGCTCTTGCCGGGCTGGC‑‑GGGCGATGGCGGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTgg < 2:257123/149‑1 (MQ=255) | ATGTAGTTGCGCGAACTGGACATCAGGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGC‑‑GGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGG > NC_002947/3479138‑3479434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |