New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4999641 = | 36 (0.690) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 6.9% | coding (494/1383 nt) | PP_4407 | gamma‑aminobutyrate transporter |
? | NC_002947 | 4999711 = | 47 (0.950) | coding (564/1383 nt) | PP_4407 | gamma‑aminobutyrate transporter |
TTCCTGCCCTGGCTACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGATTTTCTCCCTGGGCGGCA > NC_002947/4999493‑4999784 | ttCCTGCCCTGGCTACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATgctgct > 3:115003/1‑149 (MQ=255) gctcttgatcgcgcggatcacgttctgtcgggggttctctgattcacccgcggccacgagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTgg < 1:89092‑M1/3‑1 (MQ=255) cgctcttgatcgcgcggatcacgttctgtcgggggttctctgattcacccgcggccacagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTgg < 3:176844‑M1/3‑1 (MQ=255) ccTGCCCTGGCTACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATgctgct < 4:115003/147‑1 (MQ=255) gctcttgatcgcgcggatcacgttctgtcgggggttctctgattcacccgcggccacagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgacggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTggg < 2:213645‑M1/4‑1 (MQ=255) tGCCCTGGCTACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGATGGCCGCGTTGAAGGTCGCCACCATCGTTATCTTCATGCTGCTGGGc > 2:178913/1‑149 (MQ=255) ctcttgatcgcgcggatcacgttctgtcgggggttctctgattcacccgcggccacagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTGGGc > 2:24989‑M1/145‑149 (MQ=255) tcttgatcgcgcggatcacgttctgtcgggggttctctgattcacccgcggccacagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTGGGCg < 3:89206‑M1/6‑1 (MQ=255) cccTGGCTACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGAAGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGt < 6:264590/149‑1 (MQ=255) ttgatcgcgcggatcacgttctgtcgggggttctctgattcacccgcggccacagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTGGGCGtc < 4:307836‑M1/8‑1 (MQ=255) tACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATc > 3:60912/1‑149 (MQ=255) aTCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCt > 5:30081/1‑149 (MQ=255) ggCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCt < 8:15115/144‑1 (MQ=255) gCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCt > 6:35421/1‑149 (MQ=255) gcgcCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGcac < 6:30081/149‑1 (MQ=255) gcCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGTCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGGCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTCGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCt < 7:166533/143‑1 (MQ=255) gcCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCATGCTCGGcat > 8:166533/1‑141 (MQ=255) ccTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGt < 8:106765/149‑1 (MQ=255) tGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTccc < 5:117796/149‑1 (MQ=255) tGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGcc > 1:127047/1‑149 (MQ=255) acTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGc‑c > 7:292912/1‑149 (MQ=255) tCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑Ct > 8:190162/1‑148 (MQ=255) tGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGAt > 5:235831/1‑148 (MQ=255) ccacagcggcaatttcgctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATc < 4:112731‑M1/56‑1 (MQ=255) gCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCaa > 7:212821/1‑149 (MQ=255) cGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCg > 5:151138/1‑149 (MQ=255) cTCGGTGTGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCAt < 3:35790/148‑1 (MQ=255) cTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCa < 8:212821/147‑1 (MQ=255) tCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCTACCTCACCGCCCATGa > 7:287084/1‑149 (MQ=255) gctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGa > 3:307836‑M1/77‑149 (MQ=255) ctgccgcccagggagaaaatcaccacgataacgccggccatcaccggtgacaggccgttgggcatgaagccgtcaTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGAc > 3:112731‑M1/76‑149 (MQ=255) tGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGc < 5:35421/149‑1 (MQ=255) gttcgttTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCtt > 1:127129/1‑148 (MQ=255) cgttTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCAt < 6:235831/148‑1 (MQ=255) tttGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGcc > 2:148159/1‑149 (MQ=255) ccGAAGTAGAGTATTGGCTGGTCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAAc > 8:294113/1‑149 (MQ=255) aaGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGc < 2:127129/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCgg < 2:285292/149‑1 (MQ=255) cgATGAAGGGCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGc < 4:60912/149‑1 (MQ=255) aTGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGt < 1:148159/149‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGt > 7:34705/1‑148 (MQ=255) gCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCgtggt < 7:294113/149‑1 (MQ=255) caTCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCCTGGTGAgtt > 7:244756/1‑149 (MQ=255) aTCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGAttt > 2:89092/1‑148 (MQ=255) ttATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGATTTTCTcc > 2:125815/1‑149 (MQ=255) aTCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGATTTTCTccc < 3:135110/148‑1 (MQ=255) ttCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGCAGGGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGGTATCGTGGTGATTTTCTCCCTgg > 1:93065/1‑149 (MQ=255) cATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGATTTTCTCCCTggg < 7:190162/147‑1 (MQ=255) ctgctgGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGATTTTCTCCCTGGGCGGCa < 1:178913/148‑1 (MQ=255) | TTCCTGCCCTGGCTACCGATCTGGGCAGGCGCCTTCCTGATGCTGGTGACACTCATGGCCAGCAACGCCTACTCGGTGCGTTCGTTTGCCGAAGTAGAGTATTGGCTGGCCGCGATGAAGGTCGCCACCATCCTTATCTTCATGCTGCTGGGCGTCTCGATCCTGCTCGGCCTGCACAGTGATATTCCCGCCCCAGGC‑CTGATCAACCTCACCGCCCATGACGGCTTCATGCCCAACGGCCTGTCACCGGTGATGGCCGGCGTTATCGTGGTGATTTTCTCCCTGGGCGGCA > NC_002947/4999493‑4999784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |