New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5755682 = | 43 (0.830) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 8.1% | coding (796/1437 nt) | glnG | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG |
? | NC_002947 | 5755727 = | 27 (0.540) | coding (841/1437 nt) | glnG | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG |
GCCTTCACAGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGAACGTGATCCGTATCCATATTCCGCGCCTGG > NC_002947/5755535‑5755823 | gcCTTCACAGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTggg < 5:144774/149‑1 (MQ=255) gcCTTCACAGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACCAAATCG‑GCGACAAGCCTGCCGACACCCAGACCAGCCTGCTGCCTGAACTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTggg > 6:245122/1‑149 (MQ=255) ttCACAGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑CGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTCCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGggcgg > 8:222920/1‑149 (MQ=255) cacaGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGggcggc > 7:244414/1‑148 (MQ=255) cacaGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGggcggc > 1:24809/1‑148 (MQ=255) actggTGCTGCAAACTTGGGTCGCGGCGGTTTCTTGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGAGATGCCTGCCGAGACACAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATTGCTAGTTCTACGGCGTGGGCGGCCa < 8:94987/146‑1 (MQ=255) acaGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGTGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCa > 7:258146/1‑149 (MQ=255) acaGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTggg > 1:112073/1‑143 (MQ=255) acaGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTggg < 2:112073/143‑1 (MQ=255) tgctgcCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGc > 1:95685/1‑149 (MQ=255) gcCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTATGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGt > 6:180676/1‑149 (MQ=255) ccAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGt > 8:16816/1‑148 (MQ=255) cAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCa < 2:24809/149‑1 (MQ=255) cAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCa < 8:244414/149‑1 (MQ=255) aaCTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCaa < 4:17531/149‑1 (MQ=255) aaCTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCaa < 4:180524/149‑1 (MQ=255) cTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAgg > 7:27483/1‑149 (MQ=255) ttGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGt > 4:224273/1‑149 (MQ=255) gTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGAc < 6:174515/149‑1 (MQ=255) cgGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTgc < 7:16816/149‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCGAGCCGGCCTAGGGTGCCAGGCTGTTTCTCTACTAATTCGCTACATATGCCTGCCGACACCCTGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTgc < 1:105145/149‑1 (MQ=255) ccGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGca > 5:150284/1‑149 (MQ=255) gAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑cgc > 2:114214/1‑149 (MQ=255) aGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCACACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑cgcc > 8:229671/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑cgccgc < 6:150284/149‑1 (MQ=255) ggtcggccaggcgcggaatatggatacggatcacgttcaggcggtggaacaagtcctcacggaacttgccggcctgcaccagtgactccaggttctggtgggtGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGcca > 7:156324‑M1/104‑149 (MQ=255) aTGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTATGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGccacccac < 5:180676/149‑1 (MQ=255) cGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTg < 5:245122/149‑1 (MQ=255) gCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCTACCAGAACCTgg < 8:258146/149‑1 (MQ=255) cTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGa < 6:292116/149‑1 (MQ=255) cTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGa < 8:27483/149‑1 (MQ=255) cTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGa < 7:229671/149‑1 (MQ=255) tggatacggatcacgttcaggcggtggaacaagtcctcacggaacttgccggcctgcaccagtgactccaggttctggtgggtGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑cgccgc < 4:33965‑M1/44‑1 (MQ=255) tggatacggatcacgttcaggcggtggaacaagtcctcacggaacttgccggcctgcaccagtgactccaggttctggtgggtGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑cgccgc > 3:33965‑M1/84‑127 (MQ=255) gacgaAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTg < 1:103311/138‑1 (MQ=255) gacgaAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTg > 2:103311/1‑138 (MQ=255) gacgaAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACt < 8:7425/146‑1 (MQ=255) gaAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCa < 3:224273/149‑1 (MQ=255) gggACTTGCCTGCCGACTCCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGGTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGACGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGc < 8:111366/149‑1 (MQ=255) cATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGt < 2:4178/149‑1 (MQ=255) ccAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGt < 5:129128/149‑1 (MQ=255) ccAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGt > 1:55765/1‑149 (MQ=255) ccAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGt > 5:110448/1‑149 (MQ=255) aGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCTGTCAAGGTCGAGGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTTGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTc < 7:73395/149‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCa < 7:222920/149‑1 (MQ=255) ctgcGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGaa < 2:95685/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGAACGTGATCCGTa > 8:97549/1‑149 (MQ=255) gAGTTCTACCGCGTGGCCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGAGGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGACCCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTACCACCGCCTGAACTGGATCCGTATCCATATTcc > 4:315477/1‑149 (MQ=255) tACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCATGCGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGAACGTGATCCGTATCCATATTCCGCGcc > 1:71709/1‑149 (MQ=255) ccGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGAACGTGATCCGTATCCATATTCCGCGCCt < 6:110448/147‑1 (MQ=255) ccGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGAACGTGATCCGTATCCATATTCCGCGCCTgg > 2:222639/1‑149 (MQ=255) | GCCTTCACAGGTGCTGCCAACTTGCGTCGCGGCCGTTTCGAGCAGGCCGATGGTGGCACGCTGTTTCTCGACGAAATCG‑GGGACATGCCTGCCGACACCCAGACCCGCCTGCTGCGTGTGCTGGCCGATGGCGAGTTCTACCGCGTGGGCGGCCATGTGCCGGTCAAGGTCGACGTGCGCATCAT‑CGCCGCCACCCACCAGAACCTGGAGTCACTGGTGCAGGCCGGCAAGTTCCGTGAGGACTTGTTCCACCGCCTGAACGTGATCCGTATCCATATTCCGCGCCTGG > NC_002947/5755535‑5755823 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |