| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5780951 | 68 (1.310) | 4 (0.080) | 4/252 | NT | 5.5% | coding (1255/1794 nt) | cvrA | K(+)/H(+) antiporter NhaP |
| ? | NC_002947 | = 5780984 | 72 (1.460) | coding (1288/1794 nt) | cvrA | K(+)/H(+) antiporter NhaP | |||||
CGGGCCTGCCAGACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACT > NC_002947/5780811‑5781099 | cGGGCCTGCCAGACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGcc < 7:172880/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGa < 2:251281/149‑1 (MQ=255) tGCCAGACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCACCAGACCCGGCGCCGATCTCCCactcgctggtgatg > 4:211172‑M1/1‑135 (MQ=255) aGACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCTTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGc < 4:106290/149‑1 (MQ=255) gACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGca < 8:201620/149‑1 (MQ=255) aCGCCAAGCTGTGCTTCAACCTGGCGTTCATGATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGTTGcac < 5:307136/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCa > 8:108674/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCa < 7:297748/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCa > 6:125324/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTGGAGGTGCACCTcc > 8:59172/1‑148 (MQ=255) aGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCAcc < 7:108674/149‑1 (MQ=255) aGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCAcc < 5:125324/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCCTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCAc > 1:181498/1‑147 (MQ=255) ttcttcAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCacc < 2:193706/147‑3 (MQ=255) ttcttcAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGc < 2:181498/147‑1 (MQ=255) cttcAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGGGGCCAAGCTGCTGAAAGGGACGGGACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGt < 6:81811/149‑1 (MQ=255) ttCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTg < 3:282043‑M2/149‑2 (MQ=255) cAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCACCAGACCCGGCGCCGATCTCCCactcgctggtgatgtgcacctcaagggcggagcgg < 3:211172‑M1/148‑36 (MQ=255) ggCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCa > 5:151234/1‑134 (MQ=255) ggCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCa < 6:151234/134‑1 (MQ=255) ttcttcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCactcgctggtgatgtgcacctcaagggcggagcggga > 7:86950‑M1/1‑103 (MQ=255) ttcttcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCactcgctggtgatgtgcacctcaagggcggagcggga < 8:86950‑M1/140‑38 (MQ=255) cttcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGGGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTc > 5:74764/1‑148 (MQ=255) tcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTAc > 3:147085/1‑149 (MQ=255) tcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTAc > 3:280909/1‑149 (MQ=255) tCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGc < 8:298772/149‑1 (MQ=255) tGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGgc > 7:127838/1‑149 (MQ=255) tgtCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGGGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCa < 8:212430/149‑1 (MQ=255) tCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAg > 1:198853/1‑148 (MQ=255) aCTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACACGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGaa > 7:209717/1‑148 (MQ=255) ctgGTGCATGTCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACTGTACCGCCAGACCCGGCGCAGATCTCCCGCTCCGCCCGTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGaaaaa < 6:305248/147‑1 (MQ=255) tgGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATgg > 3:211186/1‑149 (MQ=255) ggTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGt > 5:322153/1‑149 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATgg < 3:283479/147‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATgg < 3:288191/147‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGt < 4:282043/148‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTg > 6:229916/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTg > 6:309940/1‑148 (MQ=255) tGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTg > 3:123199/1‑148 (MQ=255) cAGGCCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCAt > 6:225277/1‑149 (MQ=255) 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ccAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTgcg < 5:26833/139‑1 (MQ=255) cAAGCTGCTGAAAGTGACGGTTCCGCCAGTCCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAAt < 5:139315/116‑1 (MQ=255) cAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAAt > 6:139315/1‑116 (MQ=255) gctgctGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGc < 4:147085/149‑1 (MQ=255) ctgAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGccc < 2:198853/147‑1 (MQ=255) gAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGaaa < 3:276139/139‑1 (MQ=255) gAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGaaa > 4:276139/1‑139 (MQ=255) aaaGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAg < 1:124016/148‑1 (MQ=255) aaGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGc < 5:229916/149‑1 (MQ=255) gTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCAc > 3:116230/1‑149 (MQ=255) tGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCAcg > 3:274015/1‑149 (MQ=255) 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4:2315/132‑1 (MQ=255) cccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCgcgc > 3:2315/1‑132 (MQ=255) cccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCaa > 4:189368/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTgggagatcggcgccgggtctggtggtaccgtcactttcagcagcttggccacccacggcagactggtgccctgcaccagcagtgacaccagcacgatgaagaacgccaggttg < 3:211172‑M2/148‑114 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGa < 1:268041/144‑1 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAAc > 5:302872/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAAc < 3:172351/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAAc > 2:250235/1‑149 (MQ=255) cactcgctggtgatgtgcacctcaagggcggagcgggagatcggcgccgggtctggcggtaccgtcactttcagcagcttggccacccacggcagactggtgccctgcaccagcagtgacaccagcacgatgaagaacgccaggttgaa < 3:282043‑M1/149‑149 (MQ=255) | CGGGCCTGCCAGACGCCCAGCTGTTCTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACT > NC_002947/5780811‑5781099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |