| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5780951 | 68 (1.310) | 4 (0.080) | 4/252 | NT | 5.5% | coding (1255/1794 nt) | cvrA | K(+)/H(+) antiporter NhaP |
| ? | NC_002947 | = 5780984 | 72 (1.460) | coding (1288/1794 nt) | cvrA | K(+)/H(+) antiporter NhaP | |||||
CTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCACCGTGCTGGAGG > NC_002947/5780836‑5781131 | cttcAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGGGGCCAAGCTGCTGAAAGGGACGGGACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGt < 6:81811/149‑1 (MQ=255) ttCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTg < 3:282043‑M2/149‑2 (MQ=255) cttcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGGGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTc > 5:74764/1‑148 (MQ=255) tcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTAc > 3:280909/1‑149 (MQ=255) tcATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTAc > 3:147085/1‑149 (MQ=255) tCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGc < 8:298772/149‑1 (MQ=255) tGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGgc > 7:127838/1‑149 (MQ=255) tgtCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGGGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCa < 8:212430/149‑1 (MQ=255) tCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAg > 1:198853/1‑148 (MQ=255) aCTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACACGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGaa > 7:209717/1‑148 (MQ=255) ctgGTGCATGTCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACTGTACCGCCAGACCCGGCGCAGATCTCCCGCTCCGCCCGTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGaaaaa < 6:305248/147‑1 (MQ=255) tgGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATgg > 3:211186/1‑149 (MQ=255) ggTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGt > 5:322153/1‑149 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATgg < 3:288191/147‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATgg < 3:283479/147‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGt < 4:282043/148‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTg > 6:229916/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTg > 3:123199/1‑148 (MQ=255) 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tggCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACt > 2:41527/1‑148 (MQ=255) ccAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTgcg < 5:26833/139‑1 (MQ=255) ccAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTgcg > 6:26833/1‑139 (MQ=255) cAAGCTGCTGAAAGTGACGGTTCCGCCAGTCCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAAt < 5:139315/116‑1 (MQ=255) cAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAAt > 6:139315/1‑116 (MQ=255) gctgctGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGc < 4:147085/149‑1 (MQ=255) ctgAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGccc < 2:198853/147‑1 (MQ=255) gAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGaaa < 3:276139/139‑1 (MQ=255) gAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGaaa > 4:276139/1‑139 (MQ=255) aaaGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAg < 1:124016/148‑1 (MQ=255) aaGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGc < 5:229916/149‑1 (MQ=255) 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tcCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTgggagatcggcgccgggtctggcggtaccgtcactttcagcagcttggccacccacggcagactggtgccctgcaccagcagtgacaccagcacgatgaagaa < 8:86950‑M2/140‑104 (MQ=255) tcCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTgggagatcggcgccgggtctggcggtaccgtcactttcagcagcttggccacccacggcagactggtgccctgcaccagcagtgacaccagcacgatgaagaa > 7:86950‑M2/1‑37 (MQ=255) cccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCgcgc < 4:2315/132‑1 (MQ=255) cccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCgcgc > 3:2315/1‑132 (MQ=255) cccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCaa > 4:189368/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTgggagatcggcgccgggtctggtggtaccgtcactttcagcagcttggccacccacggcagactggtgccctgcaccagcagtgacaccagcacgatgaagaacgccaggttg < 3:211172‑M2/148‑114 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGa < 1:268041/144‑1 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAAc > 5:302872/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAAc > 2:250235/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAAc < 3:172351/149‑1 (MQ=255) gCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAActg < 6:322153/149‑1 (MQ=255) 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tCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCAcc < 5:13876/149‑1 (MQ=255) tCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCAAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCAcc > 2:146142/1‑149 (MQ=255) gAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCACCGTGCTGGa < 1:258881/149‑1 (MQ=255) aGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCACCGTGCTGGAg < 1:41527/149‑1 (MQ=255) aGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCACCGTGCTGGAg > 4:163437/1‑149 (MQ=255) gTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCACCGTGCTGGAgg > 8:34405/1‑149 (MQ=255) | CTTCAACCTGGCGTTCTTCATCGTGCTGGTGTCACTGCTGGTGCAGGGCACCAGTCTGCCGTGGGTGGCCAAGCTGCTGAAAGTGACGGTACCGCCAGACCCGGCGCCGATCTCCCGCTCCGCCCTTGAGGTGCACATCACCAGCGAGTGGGAGATGTTCGTCTACCGCCTGGGCGCAGAAAAATGGTGCATCGGTGCCGCCCTGCGCGAACTGAAAATGCCCGAAGGCACGCGGATTGCCGCGCTGTTCCGTGGTGAGCAACTGCTGCACCCGTCGGGCAGCACCGTGCTGGAGG > NC_002947/5780836‑5781131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |