New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4266523 = | 29 (0.560) | 8 (0.160) | 6/252 | NT | 23.0% | intergenic (‑65/+81) | PP_3738/galP‑IV | transcriptional regulator VanR/porin‑like protein |
? | NC_002947 | 4266610 = | 26 (0.530) | coding (1248/1254 nt) | galP‑IV | porin‑like protein |
GACTTCCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCTCCC > NC_002947/4266465‑4266752 | gcgcagcttcaacagtgatctcgaccagacgcgcctgatcgtcagctatccgctgaccTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTc > 8:132668‑M1/59‑149 (MQ=255) aaaGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGAt < 7:291976/149‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGGTGCAGGCGTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCCGCTGCGCCGTTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATc < 1:168602/149‑1 (MQ=38) gggCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGAt > 7:96929/1‑147 (MQ=255) aGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCt > 6:105632/1‑149 (MQ=255) gcgcAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTg < 2:197160/149‑1 (MQ=255) cgcAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTgg > 4:268287/1‑149 (MQ=255) cgcAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTg < 8:96929/148‑1 (MQ=255) tgcAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAg > 5:251980/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTgcg > 4:141577/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTgc < 1:315696/148‑1 (MQ=255) gaccttgtaggggcgggttcacccgcgaacaccggcgcagccggtgccatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgctcctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTgcgc > 8:132668‑M2/92‑149 (MQ=255) TTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGt > 5:105632‑M1/1‑149 (MQ=255) gtaggggcgggttcacccgcgaacaccggcgcagccggtgccatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgctcctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGtt < 7:132668‑M2/63‑1 (MQ=255) GAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCg < 7:190696‑M1/149‑1 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTcgcg < 6:251980/149‑1 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTcgcg > 5:79615/1‑149 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCgttgt > 7:76912/1‑149 (MQ=255) cacccgcgaacaccggcgcagccggtgccatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgctcctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCgttgtt > 3:42419‑M2/73‑147 (MQ=255) ccgcgaacaccggcgcagcgggtgcgatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgctcctagtaGGTCCGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCAGTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCgttg < 5:223808‑M2/73‑1 (MQ=255) ccgcgaacaccggcgcagccggtgccatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgctcctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGcc > 1:166239‑M2/70‑149 (MQ=255) ccgcgaacaccggcgcagccggtgccatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgctcctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTCCGCCGGTGGTGCGCgttg > 6:223808‑M2/70‑142 (MQ=255) ccgcgaacaccggcgcagccggtgccatgttccgcgttgcctgcttcgcgggtgaacccgcccctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGcc > 5:248097‑M2/70‑149 (MQ=255) ccGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTcgc < 5:39384/138‑1 (MQ=255) ccGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTcgc > 6:39384/1‑138 (MQ=255) ccGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATCGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCTCGGGTGAACCCGCCACTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATAATGCGCGTCAGCTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTAGCGTTGTTCATcc > 4:267531/1‑149 (MQ=255) aGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGt < 3:268287/149‑1 (MQ=255) gcgGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGttctt < 7:63647/149‑1 (MQ=255) gAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCa > 3:145279/1‑148 (MQ=255) cATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGc > 6:54989/1‑149 (MQ=255) cttCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAg < 6:248097/146‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTg > 6:55594/1‑111 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTg < 5:55594/111‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCAc > 2:109820/1‑149 (MQ=255) gggtgaacccgctcctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTc < 4:42419‑M2/129‑1 (MQ=255) gAACCCCCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGAGTCTGGTCGAGATCACTGTTTAAGCTGCGCAGGGTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTGGAGGTTCGTCAAAGCCCCTCTATGGAAGGTGTAGTTCACGTCAGCa > 8:105559/1‑149 (MQ=255) aCCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCAt < 6:79615/148‑1 (MQ=255) ccGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGa > 3:144757/1‑101 (MQ=255) ccGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGa < 4:144757/101‑1 (MQ=255) ctacaaGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCTccc < 8:76912‑M2/143‑1 (MQ=255) | GACTTCCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCTCCC > NC_002947/4266465‑4266752 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |