| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 6175589 | 70 (1.340) | 5 (0.100) | 5/258 | NT | 6.8% | coding (1008/1377 nt) | atpD | ATP synthase subunit beta |
| ? | NC_002947 | = 6175633 | 69 (1.370) | coding (964/1377 nt) | atpD | ATP synthase subunit beta | |||||
TCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCAGAACGCCC > NC_002947/6175485‑6175775 | tCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCTCGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACg < 5:278141/149‑1 (MQ=255) tctgcAGCGCTATAAAGAGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACgg > 2:220806/5‑149 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGg > 3:201215‑M2/1‑147 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGg < 7:35181‑M2/148‑2 (MQ=255) ttCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGgga < 1:110677‑M2/149‑4 (MQ=255) cAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGggac > 4:106110‑M2/1‑144 (MQ=255) cAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGggac > 8:35181‑M2/1‑144 (MQ=255) cAGCGCTATAAAGAGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACa < 1:220806/149‑1 (MQ=255) ctctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGaa < 7:241043/149‑1 (MQ=255) ctctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGaa > 6:302840/1‑149 (MQ=255) ctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGGac > 1:254679/1‑148 (MQ=255) ctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAac > 1:85238/1‑148 (MQ=255) tataGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAacgacg > 2:115891/1‑149 (MQ=255) tataGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAacgacg > 2:120433/1‑149 (MQ=255) taGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGGACGACgg < 2:254679/148‑1 (MQ=255) gctcTGCAGAACATACTGACCGCCACGTGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGCCCTGCTGGCGCGATGTCGAGGCCAGGGGGTCGACCGCGGGGTAGATCCCCAGGTAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACgggg < 6:91435/145‑3 (MQ=255) cAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTc < 5:302840/147‑1 (MQ=255) cAGAACATACTGAACGCCAAGAGCGGTCTCGTAGTTCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGAGCGAAGTAGAGTCCAGTGGTTCGACCTCTGGGTAGATAACCAGGGAGGCGATGTCACGGTACAGAACGACGGGTGCGtac > 1:258731/1‑146 (MQ=255) aataaCATACTGAAATCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCAGATCCCGTTCGGGTCACTCAGGCGCGAAGTAGAGTCAACTGGTTCGACCGAAGGGTACATCCACAGGTACTAGATCTCACCGTCCAGAACGACGGTGCCGTcc > 8:158833/4‑148 (MQ=255) 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3:49343/142‑1 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGt > 4:49343/1‑142 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCg > 4:54190/1‑147 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGAAACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTACAAGTGGGCg > 6:29912/1‑147 (MQ=255) aaCGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAg < 8:217179/148‑1 (MQ=255) aaCGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAg < 1:278785/148‑1 (MQ=255) aCGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTAGTTGCCGATCACGTTCGGGTACAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCCATGTCACGGCACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTg > 6:265195/1‑140 (MQ=255) aCGCCACGAGCGGTATCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGATGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGTGTAGATACCCAGGGAGTCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTg < 5:265195/140‑1 (MQ=255) cACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTc > 4:39796/1‑149 (MQ=255) cGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGc < 2:110677/149‑1 (MQ=255) gTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGt < 6:174414/116‑1 (MQ=255) gTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGt > 5:174414/1‑116 (MQ=255) 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tAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGAt > 3:66975/1‑149 (MQ=255) aGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATg > 4:120287/1‑149 (MQ=255) aTACCCAGGGAGTCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTTGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCGTTTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATgcg < 5:29912/149‑1 (MQ=255) gggAGGCGATGTCACGggactcgacttcgcgccagctggacccgaacgtgatcggcaacgagcactacgagaccgctcgtggcgttcagtatgttctgcagcgctataaagagctgaaggacatcattgcgatcctgggtatggacgaa > 5:271591‑M2/1‑16 (MQ=255) ggAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCa < 8:262903/149‑1 (MQ=255) ggAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCa < 2:85238/149‑1 (MQ=255) ggCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCAGaa < 5:94046/149‑1 (MQ=255) ggCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCAGaa < 3:120287/149‑1 (MQ=255) gATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAccttc < 6:194469/117‑1 (MQ=255) gATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAccttc > 5:194469/1‑117 (MQ=255) tGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCAGAACGccc < 1:91004/149‑1 (MQ=255) | TCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCGCTCTTGCAGAACGCCC > NC_002947/6175485‑6175775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |