| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1358040 | 68 (1.390) | 4 (0.090) | 4/248 | NT | 5.7% | coding (1221/1608 nt) | PP_1182 | sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | = 1358084 | 67 (1.450) | coding (1265/1608 nt) | PP_1182 | sensor histidine kinase | |||||
ACCTCGACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1357886‑1358040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgcggcTCGGCCTCGACCCAGGCGCCTTCGGCATCCGCGCCCTGGCAGTCGCCGCGCACAAC < NC_002947/1358084‑1358029 ACCTCGACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTG < 2:2300/149‑1 CTCGACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCG > 3:251900/1‑149 CTCGACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCG > 4:282556/1‑149 GACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCTGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGTAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGG < 5:218486/149‑1 ACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGC > 1:148180/1‑149 GCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGCTCGG > 4:18032/1‑149 GGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGCTCGGCCTCGACCCAGGCGCCTTCGGCATCCGCGCCCTGGCAGTC > 2:216057/1‑149 ACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGCTCGGCCTCGACCCAGGCGCCTTCGGCATCCGCGCCCTGGCAGTCGCCGC < 3:18032/149‑1 GCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGCTCGGCCTGGACCCAGGCGCCTTCGGCATCCGCGCCCTGGCAGTCGCCGCGCAC < 1:216057/149‑1 GAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGAGCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGCTCGGCCTCGACCCAGGCGCCTTCGGCATCCGCGCCCTGGCAGTCGCCGCGCACAAC < 3:163632/147‑1 ACCTCGACAAGCTGGTCGACGAGATGCTGACCTACGCCCGCCTGGAGCAGGGCGCACCGGCCTTGAAGTTCCAGCGGGTCGATCTGGATGCCTTGCTCGATCGGGTGATCGAAGAGCTGGCACCTTTGCGTGCCGAGGTGCGGGTTGTGCGCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1357886‑1358040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgcggcTCGGCCTCGACCCAGGCGCCTTCGGCATCCGCGCCCTGGCAGTCGCCGCGCACAAC < NC_002947/1358084‑1358029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |