New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 335567 = | 28 (0.570) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 8.7% | intergenic (‑172/+32) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 335591 = | 36 (0.770) | intergenic (‑196/+8) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
GTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACG > NC_002947/335420‑335713 | ccagagcgacccgaaaacggtatccgtgagccacttccccgacaacagcgttacttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttAc < 8:96009‑M1/2‑1 (MQ=255) ccagagcgacccgaaaacggtatccgtgagccacttccccgacaacagcgttacttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttAc > 5:287224‑M1/148‑149 (MQ=255) accttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAAccc > 7:293585/4‑149 (MQ=255) tGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTcc > 7:238261/1‑148 (MQ=255) ctgaaaacggtatccgtgagccacttccccgacaacagcgttacttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttACCCGCTCCTa < 7:177850‑M1/11‑1 (MQ=255) cccgacaacagcgttacttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttAccc > 8:127444‑M1/111‑114 (MQ=255) cccgacaacagcgttacttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttAccc < 7:127444‑M1/4‑1 (MQ=255) gggCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCtgtg > 7:262209/1‑149 (MQ=255) cttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttACCCGc > 6:249356‑M1/95‑100 (MQ=255) cttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttACCCGc < 5:249356‑M1/6‑1 (MQ=255) tttttAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGCGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTTTGTAAGGGAATTCTGAACGAt > 2:226662/1‑149 (MQ=255) aTGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGt > 5:151851/1‑148 (MQ=255) gatgatACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑Gttt > 6:162658/1‑149 (MQ=255) acacCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGc > 1:13078/1‑149 (MQ=255) acacCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGc > 5:15341/1‑149 (MQ=255) cGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCg < 5:162658/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGATTCGGAAg > 1:270109/1‑148 (MQ=255) ctGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTTAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCt < 1:205475/148‑1 (MQ=255) cATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACGATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTAcgcgc > 2:114700/1‑149 (MQ=255) cATTAGCCTTGTGTTGGCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTTTCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATACTTCCGAAGCATccaaaccc < 2:298414/148‑7 (MQ=38) gCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGcgccgc > 2:218072/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCgccgcc < 2:13078/149‑1 (MQ=255) ttGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGccgccg > 5:274140/1‑148 (MQ=255) ttGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGccgccg > 1:96905/1‑148 (MQ=255) gtgtTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGaa < 6:274140/148‑1 (MQ=255) tgttgtCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAg > 2:39689/1‑148 (MQ=255) tgttgtCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCATACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAACAAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGaa < 1:226662/148‑1 (MQ=255) tCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGGTGTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACg < 1:218072/149‑1 (MQ=255) tCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACg < 5:27591/148‑1 (MQ=255) tCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGc > 8:166620/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCg > 8:191054/1‑149 (MQ=255) cacagataacccggcttACCCGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGaa > 1:124019‑M1/18‑112 (MQ=255) cacagataacccggcttACCCGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGaa < 2:124019‑M1/95‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg > 7:26369/1‑149 (MQ=255) acagataacccggcttACCCGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg < 8:177850‑M1/133‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGTGTGACCCCGCTCCTACACGGGGGCGGTTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCTTGGGGTCAA‑AAGATTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCggg < 8:293585/149‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGa > 7:72824/1‑149 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGGCgggg > 2:98935/1‑148 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTg > 3:187820/1‑149 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg > 1:290172/1‑136 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg < 2:290172/136‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACg < 4:187820/148‑1 (MQ=255) | GTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACG > NC_002947/335420‑335713 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |