New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 335567 = | 28 (0.570) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 8.7% | intergenic (‑172/+32) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 335591 = | 36 (0.770) | intergenic (‑196/+8) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
CGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGG > NC_002947/335458‑335737 | ccgacaacagcgttacttcggcggcgcgcgtaggatacttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttacccgctcctacacgggggcgggtAAGCCGGGTTATCtgt < 8:177850‑M2/16‑1 (MQ=255) gggCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCtgtg > 7:262209/1‑149 (MQ=255) tttttAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGCGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTTTGTAAGGGAATTCTGAACGAt > 2:226662/1‑149 (MQ=255) aTGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGt > 5:151851/1‑148 (MQ=255) ttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttacccgctcctacacgggggcgggtAAGCCGGGTTATCtgtg > 1:124019‑M2/96‑112 (MQ=255) ttccgaagcatccaaaccctgaagcttttgaccccatggttcagaattcccttacacagataacccggcttacccgctcctacacgggggcgggtAAGCCGGGTTATCtgtg < 2:124019‑M2/17‑1 (MQ=255) gatgatACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑Gttt > 6:162658/1‑149 (MQ=255) acacCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGc > 5:15341/1‑149 (MQ=255) acacCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGc > 1:13078/1‑149 (MQ=255) cGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCg < 5:162658/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGATTCGGAAg > 1:270109/1‑148 (MQ=255) ctGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTTAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCt < 1:205475/148‑1 (MQ=255) cATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACGATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTAcgcgc > 2:114700/1‑149 (MQ=255) cATTAGCCTTGTGTTGGCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTTTCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATACTTCCGAAGCATccaaaccc < 2:298414/148‑7 (MQ=38) gCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGcgccgc > 2:218072/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCgccgcc < 2:13078/149‑1 (MQ=255) ttGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGccgccg > 1:96905/1‑148 (MQ=255) ttGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGccgccg > 5:274140/1‑148 (MQ=255) gtgtTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGaa < 6:274140/148‑1 (MQ=255) tgttgtCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAg > 2:39689/1‑148 (MQ=255) tgttgtCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCATACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAACAAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGaa < 1:226662/148‑1 (MQ=255) tCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGGTGTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACg < 1:218072/149‑1 (MQ=255) tCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACg < 5:27591/148‑1 (MQ=255) tCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGc > 8:166620/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCg > 8:191054/1‑149 (MQ=255) cacagataacccggcttACCCGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGaa > 1:124019‑M1/18‑112 (MQ=255) cacagataacccggcttACCCGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGaa < 2:124019‑M1/95‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg > 7:26369/1‑149 (MQ=255) acagataacccggcttACCCGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg < 8:177850‑M1/133‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGTGTGACCCCGCTCCTACACGGGGGCGGTTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCTTGGGGTCAA‑AAGATTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCggg < 8:293585/149‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGa > 7:72824/1‑149 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGGCgggg > 2:98935/1‑148 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTg > 3:187820/1‑149 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg < 2:290172/136‑1 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCgg > 1:290172/1‑136 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACg < 4:187820/148‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATa < 4:254637‑M1/149‑1 (MQ=255) cTACACGGGGGCGGGTAACCCGGGTTATCTGTGTAAGTGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGaa < 7:37328/109‑1 (MQ=255) tACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGtttt > 3:99091/1‑149 (MQ=255) tACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGtttt > 7:96009/1‑149 (MQ=255) cacGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCg > 2:90452/1‑149 (MQ=255) cacGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCGTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCg < 6:151851/149‑1 (MQ=255) acGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCgg < 2:96905/149‑1 (MQ=255) taggagcgggtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTttcag < 7:177850‑M2/137‑3 (MQ=255) gggCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCg > 5:139499/1‑149 (MQ=255) gcgggtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAg > 6:249356‑M2/7‑100 (MQ=255) gcgggtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAg < 5:249356‑M2/94‑1 (MQ=255) gggtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCggg > 8:127444‑M2/5‑114 (MQ=255) gggtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCggg < 7:127444‑M2/110‑1 (MQ=255) gtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTgg > 5:287224‑M2/3‑149 (MQ=255) gtAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTgg < 8:96009‑M2/147‑1 (MQ=255) | CGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGGGGCGGGTAAGCCGGGTTATCTGTGTAAGGGAATTCTGAACCATGGGGTCAA‑AAGCTTCAGG‑GTTTGGATGCTTCGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGG > NC_002947/335458‑335737 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |