| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 634613 | 75 (1.530) | 4 (0.090) | 4/246 | NT | 5.2% | coding (919/2016 nt) | PP_0546 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 634660 | 76 (1.660) | coding (966/2016 nt) | PP_0546 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator | |||||
TACGGTACGGGGTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGATGTGCCATTGCT > NC_002947/634465‑634761 | tacggtacggGGTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGG < 4:20396‑M1/149‑1 (MQ=255) acggtacggGGTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCgggg > 5:228544/1‑149 (MQ=255) gtacggGGTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCggggg > 7:17543/1‑147 (MQ=255) gtacggGGTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCggggg > 3:106199/1‑147 (MQ=255) ggggTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGcc < 5:274715/149‑1 (MQ=255) ggggTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGcc < 2:91368/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGcc < 7:126282/149‑1 (MQ=255) tGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCg > 1:157658/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCgg > 8:248796/1‑149 (MQ=255) cTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGgt < 4:106199/149‑1 (MQ=255) ggCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGtgt‑g > 1:220751/1‑149 (MQ=255) cAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGt < 3:276149/149‑1 (MQ=255) aaCCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTc > 1:279478/1‑148 (MQ=255) aaCCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTc < 2:279478/148‑1 (MQ=255) aCCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑gg < 1:35856/145‑1 (MQ=255) aCCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑gg > 2:35856/1‑145 (MQ=255) aCCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCgg > 3:216083/1‑149 (MQ=255) ttGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTgcc < 7:248796/149‑1 (MQ=255) ggAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTgccg < 1:141764/148‑1 (MQ=255) ggAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTgccg < 4:144494/148‑1 (MQ=255) gAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTgccggc > 6:118537/1‑149 (MQ=255) cTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGgccgcc > 3:128696/1‑148 (MQ=255) cTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGgccgcc > 1:254312/1‑148 (MQ=255) tCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGc < 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gCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCa > 4:3751/1‑139 (MQ=255) gCACCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCa < 3:3751/139‑1 (MQ=255) gCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGcccg < 7:115220‑M2/147‑5 (MQ=255) ccATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTgccg > 3:248305/1‑127 (MQ=255) ccATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTgccg < 4:248305/127‑1 (MQ=255) ccATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGcccgcag > 8:17543‑M2/1‑142 (MQ=255) 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aCGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTg < 6:188865/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGc > 8:9649/1‑149 (MQ=255) gTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCgg < 2:254312/149‑1 (MQ=255) cAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGTGGGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGgtgt > 1:63049/1‑149 (MQ=255) cAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGtt < 1:214807/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTccgcc < 4:164464/123‑1 (MQ=255) ccAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTccgcc > 3:164464/1‑123 (MQ=255) aGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGAtgt < 3:233663/149‑1 (MQ=255) gCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGcccgcaggctggcgaacacctggcgaccgtccagggtgcgcagcggccagacagcactgccgccgggcgtggcacggctgaacatttcgtcat < 8:121099‑M2/149‑94 (MQ=255) gCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGcccgcaggctggcgaacacctggcgaccgtccagggtgcgcagcggccagacagcactgccgccgggcgtggcacggctgaacatttcgtcat > 7:121099‑M2/1‑56 (MQ=255) gCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGAtgtg > 5:68289/1‑149 (MQ=255) ccTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGcccgcaggctggcgaacacctggcgaccgtccagggtgcgcagcggccagacagcactgccgccgggcgtggcacggctgaa < 8:133753‑M2/137‑83 (MQ=255) ccTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGcccgcaggctggcgaacacctggcgaccgtccagggtgcgcagcggccagacagcactgccgccgggcgtggcacggctgaa > 7:133753‑M2/1‑55 (MQ=255) cTGCGGGccgcggctgggcggccggcaccgaccacaccggcgcccgggcctgcccccgcaggctggcgaacacctggcgaccgtccagggtgcgcagcggccagacagcactgccgccgggcgtggcacggctgaacatttcgtcatgg > 8:17543‑M1/1‑7 (MQ=255) cTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCTCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGATGTGc > 7:208719/1‑148 (MQ=255) cGGGccgcggctgggcggccggcaccgaccacaccggcgcccgggcctgcccccgcaggctggcgaacacctggcgaccgtccagggtgcgcagcggccagacagcactgccgccgggcgtggcacggctgaacatttcgtcatggc < 7:115220‑M1/147‑144 (MQ=255) cGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGATGTGCCAt < 6:294195/148‑1 (MQ=255) gggCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGATGTGCCATtgct > 2:32284/1‑149 (MQ=255) | TACGGTACGGGGTGGCGTGCTGGGCAAACCGTTGGAGTGCTTTTTCGCGTGCAGCCATGACGAAATGTTCAGCCGTGCCACGCCCGGCGGCAGTGCTGTCTGGCCGCTGCGCACCCTGGACGGTCGCCAGGTGTTCGCCAGCCTGCGGGGGCAGGCCCGGGCGCCGGTGT‑GGTCGGTGCCGGCCGCCCAGCCGCGGCCCGCAGGTGAAGTGGAGCCGCTGGTCTGTCTGCTTGACCCTGCGTTGCAAAATGATTTCCGCCGCAGCGTGCGGGTGTTCGAGCGCGATGTGCCATTGCT > NC_002947/634465‑634761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |