| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1386117 = | 53 (1.080) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 6.0% | coding (340/1266 nt) | oprD | basic amino acid specific porin OprD |
| ? | NC_002947 | 1386160 = | 44 (0.940) | coding (297/1266 nt) | oprD | basic amino acid specific porin OprD | |||||
GGGCGATTTCTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCCGACGAAGCCCAG > NC_002947/1385979‑1386261 | gggCGATTTCTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACgg < 6:176629/140‑1 (MQ=255)gggCGATTTCTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACgg > 5:176629/1‑140 (MQ=255) gATTTCTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCgg > 2:183627/1‑149 (MQ=255) gATTTCTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCgg < 4:79278/149‑1 (MQ=255) ctcgcagcaGACGGCTGTCATCGGCGCCGAAGACCGGCACCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTACTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCg < 4:77522/144‑1 (MQ=255) cTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCgg < 8:49331/148‑1 (MQ=255) cTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCgg < 3:96701/148‑1 (MQ=255) tcgcagcaGACGGCTGTCATCTGTGCCGAAGACCGGAAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAACACTGTGTCGGAGATGAGGAATTTGACCGCCCAGCCGACCTTGGAGTAGTCATACTGCGAACGGACGT‑CGGAACCGGTCggg > 8:223524/3‑148 (MQ=255) gcagcaGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGaa < 2:300805/148‑1 (MQ=255) cagcagACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGACGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGaa > 7:89734/1‑147 (MQ=255) cGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGt < 5:41086/149‑1 (MQ=255) gCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTAc < 1:19526/149‑1 (MQ=255) tGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCg > 5:144925/1‑149 (MQ=255) tGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCAGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCg > 1:159060/1‑149 (MQ=255) tCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCgg < 7:3086/148‑1 (MQ=255) tCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCgg > 8:3086/1‑148 (MQ=255) tCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCg < 1:183627/147‑1 (MQ=255) aTCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGGCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCAc < 1:22171/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACgg > 3:189367/1‑149 (MQ=255) ggTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCAGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGc < 2:159060/149‑1 (MQ=255) gTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGcc > 4:196020/1‑149 (MQ=255) gTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGcc > 8:235190/1‑149 (MQ=255) ctgggcttcttcggcaccatccagtccggcttcacccaatgcaccgtgggggtgggtgtcgacgccatcggcatgcgcggcctgaaactggacagcggcaagGGCCGT‑CGGATCCGGTCGTGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTg > 8:214711‑M1/103‑149 (MQ=255) gAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGc < 6:204621/149‑1 (MQ=255) aGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCg < 4:293278/149‑1 (MQ=255) aCCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCt < 4:189367/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACTGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGatc > 3:60655/1‑103 (MQ=255) gCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTc > 2:203430/1‑148 (MQ=255) gCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTc < 1:203430/148‑1 (MQ=255) ggTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGttt > 2:99435/1‑147 (MQ=255) cttcgagtccggcttcacccaaggcaccgtgggtgtgggtgtcgacgccatcggcatgctcggcctgaaactggacagcggcaagGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGccc > 7:160582‑M1/86‑129 (MQ=255) cttcgagtccggcttcacccaaggcaccgtgggtgtgggtgtcgacgccatcggcatgctcggcctgaaactggacagcggcaagGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGccc < 8:160582‑M1/44‑1 (MQ=255) tGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAgg < 1:116206/149‑1 (MQ=255) aaCTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGA‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCCGTCCAGTTTCAGGcc > 6:115899/1‑149 (MQ=255) cTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGa < 7:203026/149‑1 (MQ=255) ggTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAg > 2:152441/1‑148 (MQ=255) gTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCa > 3:218918/1‑149 (MQ=255) aCCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGACGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGGCCAGAGACAGGCCGAGCATGc > 4:12798/1‑149 (MQ=255) ccACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTcc > 1:110878/1‑128 (MQ=255) ccACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTcc < 2:110878/128‑1 (MQ=255) aGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTc < 7:223524/149‑1 (MQ=255) aGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGGCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGTCGAGCATGCCGATGGCGt < 1:272088/148‑1 (MQ=255) ggTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGacac < 6:144925/149‑1 (MQ=255) gtgtAGGAGATGCTGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGGGGT‑GGGAACCGGTCGGGAACAGGCGGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCTGTTTCTGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGacacc < 8:89734/149‑1 (MQ=255) ggAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGc < 2:169777/120‑1 (MQ=255) ggAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGc > 1:169777/1‑120 (MQ=255) ggAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTg > 6:77941/1‑149 (MQ=255) aaTTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGcc < 1:152441/149‑1 (MQ=255) tGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTgg > 3:69925/1‑149 (MQ=255) gACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTgg < 4:218918/148‑1 (MQ=255) cTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGTGCGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTc > 1:23133/1‑148 (MQ=255) agtagtCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTg < 7:13919/149‑1 (MQ=255) gtCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGt > 3:297213/1‑126 (MQ=255) gtCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGt < 4:297213/126‑1 (MQ=255) gtCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTCGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCcga < 7:235190/149‑1 (MQ=255) tCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCcgac > 6:136324/1‑149 (MQ=255) cTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCCGACGAAg < 5:77941/148‑1 (MQ=255) cTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCCGACGAAGc < 3:196020/149‑1 (MQ=255) cGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAg < 1:122309/121‑1 (MQ=255) gAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCCGACGAAGCCCAg > 2:155350/1‑149 (MQ=255) | GGGCGATTTCTGGCAGCAGACGGCTGTCATCGGTGGCGAAGACCGGCAGCGCGGTGAACTGGTCACCCACTTTCAGCACGGTGTCGGAGATGCGGAATTTGACCGCGCCGCCGCCCTTGGAGTAGTCATCCTGCGAACGGCCGT‑CGGAACCGGTCGGGAACAGGCCGGTACCGGCACGGCCCTTGCCGCTGTCCAGTTTCAGGCCGAGCATGCCGATGGCGTCGACACCCACACCCACGGTGCCTTGGGTGAAGCCGGACTCGAAGGTGCCGACGAAGCCCAG > NC_002947/1385979‑1386261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |