New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1824801 = | 34 (0.690) | 4 (0.090) | 4/246 | NT | 11.0% | coding (453/2574 nt) | mutS | DNA mismatch repair protein MutS |
? | NC_002947 | 1824867 = | 33 (0.720) | coding (387/2574 nt) | mutS | DNA mismatch repair protein MutS |
GTCCCAGGGGGCGCGGCGGCGGGCGCCTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGTGATGATGCGCACCACCTGGCG > NC_002947/1824654‑1824941 | gtcaagctcggcgagtcggtggtgatctgtgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctga > 4:299863‑M1/148‑148 (MQ=255) gtcaagctcggcgagtcggtggtgatctgtgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgAt > 3:36642‑M1/148‑149 (MQ=255) tCCCAGGGGGCGCGGCGGCGGGCGCCTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAAtt < 5:211487/149‑1 (MQ=255) gcaagctcggcgagtcggtggtgatctgtgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgAtt > 4:63028‑M1/147‑149 (MQ=255) aagctcggcgagtcggtggtgatctgtgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTg < 3:36929‑M1/4‑1 (MQ=255) aagctcggcgagtcggtggtgatctgtgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTg > 4:36929‑M1/145‑148 (MQ=255) gctcggcgagtcggtggtgatctgtgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTGCCg < 7:30731‑M1/7‑1 (MQ=255) ggCGCGGCGGCGGGCGCCTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTCATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTgg > 8:111251/1‑149 (MQ=255) cggcggcggGCGCCTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGAt < 6:258964/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTAc > 5:303548/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGa < 6:52569/135‑1 (MQ=255) cTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGa > 5:52569/1‑135 (MQ=255) tgagcagatcggcgaccccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgAt > 6:126109‑M1/119‑120 (MQ=255) gcaggcagGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACa > 6:189923/1‑145 (MQ=255) gcaggcagGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACa < 5:189923/145‑1 (MQ=255) cccgccaccagcaagggcccggtggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGt < 8:274022‑M1/47‑1 (MQ=255) tggagcgccaggtggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAg > 7:274022‑M1/81‑149 (MQ=255) gggATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAg > 4:138660/1‑149 (MQ=255) gggATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGACGCTGGTGATGTCCAGTACAGCCAGGCCGAACATGCGCTCGTCACCGAGAAGGGCGGCAATCAg > 3:185836/1‑149 (MQ=255) cAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGt > 8:30731/1‑149 (MQ=255) cAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTcgc > 4:226249/1‑149 (MQ=255) tggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCa < 6:90005‑M1/68‑1 (MQ=255) tggtgcgcatcatcaccccgggtacggtcagtgacgaggcactgctcgacgagcgccgcgacaacctgATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCa > 5:90005‑M1/69‑136 (MQ=255) cGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGaa < 3:78987/103‑1 (MQ=255) cGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGaa > 4:78987/1‑103 (MQ=255) cGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCtcgt < 3:138660/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGc < 2:253049/148‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGAGTTCCGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGc < 6:214343/148‑1 (MQ=255) gcgcTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGc > 5:12385/1‑145 (MQ=255) gcgcTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGc < 6:12385/145‑1 (MQ=255) gcTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCTAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAGATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAg < 3:94699/121‑1 (MQ=255) gcTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCAAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAGATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAg > 4:94699/1‑121 (MQ=255) gAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGt < 6:303548/149‑1 (MQ=255) ttCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCAc < 3:226249/149‑1 (MQ=255) gTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCg > 1:61396/1‑149 (MQ=255) cccAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGGCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGt < 7:111251/148‑1 (MQ=255) aGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGtgat > 7:27440/1‑148 (MQ=255) cTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACt > 4:181198/1‑126 (MQ=255) cTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACt < 3:181198/126‑1 (MQ=255) ccTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCtcgtc > 6:40322/1‑100 (MQ=255) ccTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCtcgtc < 5:40322/100‑1 (MQ=255) cTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACt < 7:264430/117‑1 (MQ=255) cTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACt > 8:264430/1‑117 (MQ=255) cTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGTGATGATGCGCACCACCt > 2:191828/1‑149 (MQ=255) cTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGTGATGATGCGCACCACCt > 2:289438/1‑149 (MQ=255) aCGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGTGATGATGCGCACCACCTGgcg > 8:34767/1‑149 (MQ=255) | GTCCCAGGGGGCGCGGCGGCGGGCGCCTGGGCGTTTCTCCGCAGGCAGGTCCCGTGGCCAGTCGTCGGGGATCAACAGCTCGACCGGGTTCAGGCGCTCGAGTTCGGCCAGCAGGTTTTCCCAGCCCTTGATCTCCTGCACGCTGAAATTGCCGCTGGTGATGTCCAGTACCGCCAGGCCGAACAGGCGCTCGTCACCGAGCAGGGCGGCAATCAGGTTGTCGCGGCGCTCGTCGAGCAGTGCCTCGTCACTGACCGTACCCGGGGTGATGATGCGCACCACCTGGCG > NC_002947/1824654‑1824941 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |