New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2654023 = | 48 (0.980) | 4 (0.090) | 4/246 | NT | 8.5% | coding (338/498 nt) | PP_2326 | universal stress protein |
? | NC_002947 | 2654096 = | 41 (0.890) | coding (411/498 nt) | PP_2326 | universal stress protein |
AGCCAGGGGGTGAACACGGTGATGGCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTGGGGCG > NC_002947/2653875‑2654170 | aGCCAGGGGGTGAACACGGTGATGGCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGc < 3:71496/149‑1 (MQ=255) ggggTGAACACGGTGATGGGGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAAGTTTCGCGAGGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCGGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGc < 8:240134/148‑1 (MQ=255) gaaataaatctagaactattttgttacatgcccgcggaaatggagtgcacctatcttcacgttttcctacgccccagatgctgcgccaagggcaccatgtacaccggcaccggcgacagctgcagcagccgcaccgccgtgcgcCCCAg < 1:91158‑M1/5‑1 (MQ=255) aataaatctagaactattttgttacatgcccgcggaaatggactgcacctatcttcacgttttcctacgccccagatgctgcgccaagggcaccatgtacaccggcaccggcgacagctgcagcagccgcaccgccgtgcgcCCCAGCg > 8:5957‑M1/143‑149 (MQ=255) gTGAACACGGTGATGGCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGc > 1:195031/1‑148 (MQ=255) ggTGATGGCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCg > 3:5642/1‑149 (MQ=255) aTGGCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGAcc < 8:110514/148‑1 (MQ=255) gCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGtt < 2:31400/149‑1 (MQ=255) aCATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGata < 4:60510/149‑1 (MQ=255) tAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTCATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCCACCTCTTCATAttt > 2:153188/1‑149 (MQ=255) agagCTGCGTGTTCTGGATAACTTTCGCGTCGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCTAGGCCGTGCGTGTGCGGCTGGG‑CG‑ACGCGGCGCTGGTGATTCTCGACCAGGGCCAGCGGCTTAGCGTCGAGCTGTTTATAttt < 6:83552/148‑1 (MQ=255) gagCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTg < 5:250896/148‑1 (MQ=255) agcagcGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTgg > 7:77331/1‑148 (MQ=255) gcagcGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTgg > 4:278308/1‑147 (MQ=255) tgtACTGGAAAACTTTCGCAACGAGTTGGGCGAAGAGTCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCTGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCTGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTCGCcaca < 6:238158/149‑1 (MQ=255) cTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAgtgc > 6:162085/1‑149 (MQ=255) tGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCca < 8:228588/142‑1 (MQ=255) tGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCca > 7:228588/1‑142 (MQ=255) aaaCTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAgtgccggt < 1:153188/148‑1 (MQ=255) tCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGAAGGGTAGAACCCGGCGCAGTTGATAATCGACCAGGCCCAGCGGATAACCGTCGACCTGTTGATTTTTGTAAGCCACAGtgccggtcccgg > 1:246230/1‑149 (MQ=255) cgacgaGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTg > 1:6660/1‑148 (MQ=255) gacgaGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGa < 8:77331/149‑1 (MQ=255) aGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTa > 7:164554/1‑149 (MQ=255) aGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTa > 7:160105/1‑149 (MQ=255) gTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTAc < 7:174346/149‑1 (MQ=255) gTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTCCCGGGGTGGATGTAc > 7:50419/1‑149 (MQ=255) gggCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTgg > 2:299382/1‑140 (MQ=255) gggCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTgg < 1:299382/140‑1 (MQ=255) ggCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCcac > 2:63772/1‑112 (MQ=255) gCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGccc > 4:222256/1‑73 (MQ=255) tGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCAcgg > 5:251515/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑GG‑ACCCGGCGCAGGTGAGTCTCGACCAGGCCCAGCTGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCAcggcg < 4:15116/149‑1 (MQ=255) gCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGc < 2:195031/148‑1 (MQ=255) gcatggCCGGGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGGGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTTAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCAGAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGctgctg < 8:50419/145‑1 (MQ=255) agggcaccatgtacaccggcaccggcgacagctgcagcagccgcaccgccgtgcgcCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTgggg < 2:232509‑M1/74‑1 (MQ=255) agggcaccatgtacaccggcaccggcgacagctgcagcagccgcaccgccctgcgcCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTgggg > 1:232509‑M1/57‑130 (MQ=255) aaGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGAATCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGctgctg > 3:34759/1‑147 (MQ=255) aGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAg < 8:164554/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAg < 8:160105/149‑1 (MQ=255) gCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCt < 5:162085/149‑1 (MQ=255) ccatgtacaccggcaccggcgacagctgcagcagccgcaccgccgtgcgcCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTggg > 5:256508‑M1/51‑123 (MQ=255) ccatgtacaccggcaccggcgacagctgcagcagccgcaccgccgtgcgcCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTggg < 6:256508‑M1/73‑1 (MQ=255) tgtgCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccgg > 1:62966/1‑149 (MQ=255) cGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccggtgcc < 5:31330/149‑1 (MQ=255) ggCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccggtgccg < 2:246230/149‑1 (MQ=255) gCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccggtgccgg < 3:278308/149‑1 (MQ=255) ctggg‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACGAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccggtgccggt < 4:34759/147‑1 (MQ=255) cAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccggtgccggt < 2:6660/149‑1 (MQ=255) cAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCgccggtgccggt < 4:5642/149‑1 (MQ=255) g‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTa > 7:226209/1‑148 (MQ=255) gaaGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGATAAGCGTCGAACTGTTGATAATTGGTAGCCACAGTGCCCGTGCCCGCGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGAAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGCTAccca > 4:275969/3‑148 (MQ=255) tctcGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTg < 7:245232/112‑1 (MQ=255) tctcGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTg > 8:245232/1‑112 (MQ=255) tctcGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCgcag > 4:26654/1‑148 (MQ=255) aCCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTg > 7:107256/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTg > 2:91158/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTgg < 7:29568/149‑1 (MQ=255) cAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTggg < 2:62966/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTGGGGc > 3:17320/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTGGGGCg > 2:42960/1‑149 (MQ=255) | AGCCAGGGGGTGAACACGGTGATGGCGAACATAGAGCAGCGTGTACTGGAAAACTTTCGCGACGAGTTGGGCGAAGAGGCTGACCTGGCGGTGATCAAGGCCGTGCGTGTGCGGCAGGG‑CG‑ACCCGGCGCAGGTGATTCTCGACCAGGCCCAGCGGCTAAGCGTCGACCTGTTGATATTTGGTAGCCACAGTGCCGGTGCCGGGGTGGATGTACCGCTGGGGCGCACGGCGGTGCGGCTGCTGCAGCTGTCGCCGGTGCCGGTGTACATGGTGCCCTTGGCGCAGCATCTGGGGCG > NC_002947/2653875‑2654170 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |