New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2849762 = | 47 (0.960) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.5% | coding (334/927 nt) | PP_2502 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2849836 = | 42 (0.910) | coding (260/927 nt) | PP_2502 | LysR family transcriptional regulator |
ATCAGGGTCGAATCCGGCTGTGCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGA > NC_002947/2849617‑2849907 | tcagtcgctcgatcagccgcctggaagagcgcttgggctccagactgttcgtccgtaccacccgcagcatccgtctgaccgagggcgggcgaggctactacgaacagtgtcgtcaggcgctgacccagctggtggaggccgaacgggtg > 1:64976‑M1/146‑149 (MQ=255) gggTCGAATCCGGCTGTGCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGc < 5:296574/149‑1 (MQ=255) tCGAATCCGGCTGTGCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCg > 3:110823/1‑149 (MQ=255) gAATCCGGCTGTGCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTa < 5:61608/149‑1 (MQ=255) cTGTGCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTgg < 4:110823/149‑1 (MQ=255) tgCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTggg < 1:114115/147‑1 (MQ=255) gcacgcGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCt < 8:69292/148‑1 (MQ=255) gcacgcGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCt > 7:69292/1‑148 (MQ=255) acgcGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGAt > 2:147899/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATgcg < 5:202132/142‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATgcg > 6:202132/1‑142 (MQ=255) ccAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGtgtg > 8:290542/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGtgtg > 7:195809/1‑149 (MQ=255) gTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGc > 6:62411/1‑127 (MQ=255) gTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGc < 5:62411/127‑1 (MQ=255) gTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAg < 3:288464/115‑1 (MQ=255) gTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAg > 4:288464/1‑115 (MQ=255) gTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGaa < 2:213311/148‑1 (MQ=255) tccgtaccacccgcagcatccgtctgaccgagggcgggcgaggctactacgaacagtgtcgtcaggcgctgacccagctggtggaggccgaacgGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCctg < 6:173373‑M1/55‑1 (MQ=255) gACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGCCCTGCACCTACGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTCGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCctgctgct > 1:66554/1‑149 (MQ=255) atccgtctgaccgagggcgggcgaggctactacgaacagtgtcgtcaggcgctgacccagctggtggaggccgaacgGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTcacca > 5:173373‑M1/78‑149 (MQ=255) cgtctgaccgagggcgggcgaggctactacgaacagtgtcgtcaggcgctgacccagctggtggaggccgaacgGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCaccacc > 6:44308‑M1/75‑148 (MQ=255) ggTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAgt > 7:228382/1‑110 (MQ=255) ggTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAgt < 8:228382/110‑1 (MQ=255) cccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGTGGAGCGCCGTAGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCAGTATGTCGTGTGCAGGCTGATGCTCAGTGTGCCCGAATGCTACTGCTGATGCCCGGTCACCACCCGTTCGGc < 4:280174/149‑1 (MQ=255) cccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGc < 8:195809/149‑1 (MQ=255) cccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGc < 7:290542/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGcc > 7:83063/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGcc > 4:78582/1‑149 (MQ=255) aGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTc > 7:145794/1‑149 (MQ=255) gATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTTGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTccac > 6:294975/1‑147 (MQ=255) tGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGc > 8:157311/1‑149 (MQ=255) cGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 8:145794/149‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTTGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 5:294975/148‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 5:271963/148‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 2:283056/148‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 1:147899/148‑1 (MQ=255) cTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTc < 1:117094/102‑1 (MQ=255) cTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTc > 2:117094/1‑102 (MQ=255) aCCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAgcgc < 8:83063/149‑1 (MQ=255) cTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCt > 5:72880/1‑149 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCctgct < 6:8587/96‑1 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCctgct > 5:8587/1‑96 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTgacga < 5:212389/149‑1 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCGAAACTCGCGCAGCAGCGGCAGGATTCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTTCCCGCTCACCACCCCTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCTCCTtact > 4:231711/1‑147 (MQ=255) cGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCg > 5:175351/1‑147 (MQ=255) aCTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGtagtag > 8:133020/1‑149 (MQ=255) agcagcGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTcgccc < 7:133020/149‑1 (MQ=255) gcagcGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCGCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGACTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTcgcccg > 4:167269/1‑149 (MQ=255) agcGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTcgcccgcc > 4:269167/1‑149 (MQ=255) cGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCt < 6:72880/149‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGa < 3:78582/149‑1 (MQ=255) | ATCAGGGTCGAATCCGGCTGTGCACGCACGCGGATGGCCAGGTCGTAGCCCTCGCCGACAAAGTCGATGTTGCGGTTGCCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGA > NC_002947/2849617‑2849907 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |