New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2849762 = | 47 (0.960) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.5% | coding (334/927 nt) | PP_2502 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2849836 = | 42 (0.910) | coding (260/927 nt) | PP_2502 | LysR family transcriptional regulator |
CCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGCTCTTCCAGGCGGCTGATCGAGCGACTGA > NC_002947/2849695‑2849980 | cccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGTGGAGCGCCGTAGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCAGTATGTCGTGTGCAGGCTGATGCTCAGTGTGCCCGAATGCTACTGCTGATGCCCGGTCACCACCCGTTCGGc < 4:280174/149‑1 (MQ=255) cccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGc < 8:195809/149‑1 (MQ=255) cccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGc < 7:290542/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGcc > 7:83063/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGcc > 4:78582/1‑149 (MQ=255) aGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTc > 7:145794/1‑149 (MQ=255) gATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTTGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTccac > 6:294975/1‑147 (MQ=255) tGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGc > 8:157311/1‑149 (MQ=255) cGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 8:145794/149‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTTGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 5:294975/148‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 1:147899/148‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 5:271963/148‑1 (MQ=255) gACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTgg < 2:283056/148‑1 (MQ=255) aCCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAgcgc < 8:83063/149‑1 (MQ=255) cTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCt > 5:72880/1‑149 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTgacga < 5:212389/149‑1 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCGAAACTCGCGCAGCAGCGGCAGGATTCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTTCCCGCTCACCACCCCTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCTCCTtact > 4:231711/1‑147 (MQ=255) cGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCg > 5:175351/1‑147 (MQ=255) aCTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGtagtag > 8:133020/1‑149 (MQ=255) agcagcGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTcgccc < 7:133020/149‑1 (MQ=255) gcagcGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCGCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGACTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTcgcccg > 4:167269/1‑149 (MQ=255) agcGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTcgcccgcc > 4:269167/1‑149 (MQ=255) cGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCt < 6:72880/149‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGa < 3:78582/149‑1 (MQ=255) ggtggtgaccgggcagcagcaggagccttcgggcacactgcgcatcagcctgcccacgacctacgggcaccaccCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACg > 6:44308‑M2/75‑148 (MQ=255) GTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGa < 5:193447‑M1/149‑1 (MQ=255) tggtgaccgggcagcagcaggagccttcgggcacactgcgcatcagcctgcccacgacctacgggcaccaccCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGAt > 5:173373‑M2/73‑149 (MQ=255) cccGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTTCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCAGTCAGACGGAtgctgc > 1:196612/1‑149 (MQ=255) gTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCggg > 4:260324/1‑149 (MQ=255) gTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCggg > 7:143889/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCAGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGggtgg > 4:158565/1‑149 (MQ=255) gTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTAc < 7:157311/148‑1 (MQ=255) caggagccttcgggcacactgcgcatcagcctgcccacgacctacgggcaccaccCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGa < 6:173373‑M2/94‑1 (MQ=255) gATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTc > 1:284839/1‑149 (MQ=255) aTGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTc < 3:260324/148‑1 (MQ=255) aTGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCt < 6:175351/149‑1 (MQ=255) cgcAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTgg < 3:269167/148‑1 (MQ=255) cgcAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTg > 6:175683/1‑147 (MQ=255) cgcAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGa < 3:231711/149‑1 (MQ=255) cccttaGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGGCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGaa < 3:76662/126‑1 (MQ=255) cGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTTAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGct > 1:138224/1‑149 (MQ=255) ggCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGCTCTTc < 3:167269/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGCTCTTCCAg > 6:30674/1‑149 (MQ=255) ctgctgctgCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGa < 7:80066/129‑1 (MQ=255) ctgctgctgCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGa > 8:80066/1‑129 (MQ=255) ctgctgcCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGCTCTTCCAggcgg < 5:30674/148‑1 (MQ=255) gTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGa > 6:133547/1‑116 (MQ=255) caccCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGCTCTTCCAGGCGGCTGATCGAGCGACTGa > 1:64976‑M2/5‑149 (MQ=255) | CCCAGGTGGATGTCGACCTGCACCTTCGGGTAGCGCCGTCGAAACTCGGGCAGCAGCGGCAGGATGCGGTGGTGCCCGTAGGTCGTGGGCAGGCTGATGCGCAGTGTGCCCGAAGGCTCCTGCTGCTGCCCGGTCACCACCCGTTCGGCCTCCACCAGCTGGGTCAGCGCCTGACGACACTGTTCGTAGTAGCCTCGCCCGCCCTCGGTCAGACGGATGCTGCGGGTGGTACGGACGAACAGTCTGGAGCCCAAGCGCTCTTCCAGGCGGCTGATCGAGCGACTGA > NC_002947/2849695‑2849980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |