New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4055975 = | 37 (0.760) | 4 (0.090) | 3/248 | NT | 9.4% | coding (1687/2406 nt) | PP_3575 | ferric siderophore receptor |
? | NC_002947 | 4056014 = | 42 (0.910) | coding (1648/2406 nt) | PP_3575 | ferric siderophore receptor |
CTCGATCTGGCGGCTGGTGAACGGCGGGAAGATCTGGTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCG > NC_002947/4055832‑4056120 | cTCGATCTGGCTGCTGGTGAACGGCGGGAAGATCTGGTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCg < 5:101434/149‑1 (MQ=255) gcggcTGGTGAACGGCGGGAAGATCTTGTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCtttt < 7:22745/149‑1 (MQ=255) ggTGAACGGCGGGAAGATCTGGTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCGGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGt > 5:117803/1‑149 (MQ=255) gTGAACGGCGGGAATCTCTGGTATTCGTTGATCGATGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATTTAATTTTCCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGt < 1:245846/149‑1 (MQ=255) gTGAACGGCGGGAAGATCTGGTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCCTTTCTTCGTc < 3:68325/149‑1 (MQ=255) cggcgtggccctggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTg > 7:59577‑M1/108‑148 (MQ=255) ggcgtggccctggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGAt > 3:161234‑M1/107‑149 (MQ=255) gTTGATCGAGGTCGATGGTGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt < 4:32266/149‑1 (MQ=255) gTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt > 5:60471/1‑149 (MQ=255) aTCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGc < 6:60471/148‑1 (MQ=255) tggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGAt > 5:177233‑M1/97‑139 (MQ=255) tggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGAt < 6:177233‑M1/43‑1 (MQ=255) gATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCAt > 2:44230/1‑112 (MQ=255) gATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCAt < 1:44230/112‑1 (MQ=255) gCCTTGGCTCGGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCg < 6:117803/147‑1 (MQ=255) cTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGc > 6:127429/1‑149 (MQ=255) ccATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACACGTTGCCAgcgcgccgcca > 2:246295/1‑142 (MQ=255) cATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGTTGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCaga < 1:231233/148‑1 (MQ=255) cATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCaga < 4:204571/148‑1 (MQ=255) a‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCaa > 2:160640/1‑147 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATGGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGc > 1:96435/1‑149 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATcc < 5:259871/106‑1 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATcc > 6:259871/1‑106 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTc < 4:152529/139‑1 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTc > 3:152529/1‑139 (MQ=255) cAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCgg < 5:127429/148‑1 (MQ=255) aCGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAAcagca > 5:180585/1‑141 (MQ=255) aCGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAAcagca < 6:180585/141‑1 (MQ=255) gagaGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGgtcgt > 8:260969/1‑148 (MQ=255) agCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCaa > 7:9478/1‑148 (MQ=255) cTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt > 2:273739/1‑80 (MQ=255) cTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt < 1:273739/80‑1 (MQ=255) gTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGc > 8:195767/1‑149 (MQ=255) gTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGTGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAg > 6:256738/1‑149 (MQ=255) ttGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTc > 7:188268/1‑72 (MQ=255) ttGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTc < 8:188268/72‑1 (MQ=255) gAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATc < 2:96435/147‑1 (MQ=255) gTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAgg < 1:160640/149‑1 (MQ=255) ccccAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAACAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACg > 6:254779/1‑149 (MQ=255) ccccAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGTGTATCGGCCAGGGCCACg > 2:71936/1‑149 (MQ=255) ccccAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACg > 6:244287/1‑149 (MQ=255) cccAGAAGGTGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCTGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGc < 5:256738/149‑1 (MQ=255) cAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCg < 7:195767/149‑1 (MQ=255) | CTCGATCTGGCGGCTGGTGAACGGCGGGAAGATCTGGTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAA‑TTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCAACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCG > NC_002947/4055832‑4056120 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |