New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4055975 = | 37 (0.760) | 4 (0.090) | 3/248 | NT | 9.4% | coding (1687/2406 nt) | PP_3575 | ferric siderophore receptor |
? | NC_002947 | 4056014 = | 42 (0.910) | coding (1648/2406 nt) | PP_3575 | ferric siderophore receptor |
GTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTCCGTGTAGAC > NC_002947/4055868‑4056143 | cggcgtggccctggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTg > 7:59577‑M1/108‑148 (MQ=255) ggcgtggccctggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGAt > 3:161234‑M1/107‑149 (MQ=255) gTTGATCGAGGTCGATGGTGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt < 4:32266/149‑1 (MQ=255) gTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt > 5:60471/1‑149 (MQ=255) aTCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGc < 6:60471/148‑1 (MQ=255) tggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGAt < 6:177233‑M1/43‑1 (MQ=255) tggccgatacccttggcttttttgacgaccgcctgctgttgactctgggtgcgcgctggcaacgggtgcaggtggatgactggagcgacggcatcaAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGAt > 5:177233‑M1/97‑139 (MQ=255) gCCTTGGCTCGGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCg < 6:117803/147‑1 (MQ=255) cTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGc > 6:127429/1‑149 (MQ=255) ccATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACACGTTGCCAgcgcgccgcca > 2:246295/1‑142 (MQ=255) cATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGTTGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCaga < 1:231233/148‑1 (MQ=255) cATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCaga < 4:204571/148‑1 (MQ=255) aTTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCa‑‑a > 2:160640/1‑147 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATGGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGc > 1:96435/1‑149 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATcc < 5:259871/106‑1 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATcc > 6:259871/1‑106 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTc < 4:152529/139‑1 (MQ=255) aTACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTc > 3:152529/1‑139 (MQ=255) cAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCgg < 5:127429/148‑1 (MQ=255) aCGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑Acagca < 6:180585/141‑1 (MQ=255) aCGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑Acagca > 5:180585/1‑141 (MQ=255) gagaGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGgtcgt > 8:260969/1‑148 (MQ=255) agCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCaa > 7:9478/1‑148 (MQ=255) cTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt < 1:273739/80‑1 (MQ=255) cTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGt > 2:273739/1‑80 (MQ=255) gTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGc > 8:195767/1‑149 (MQ=255) gTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGTGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAg > 6:256738/1‑149 (MQ=255) ttGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTc < 8:188268/72‑1 (MQ=255) ttGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTc > 7:188268/1‑72 (MQ=255) gAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATc < 2:96435/147‑1 (MQ=255) gTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAgg < 1:160640/149‑1 (MQ=255) ccccAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAACAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACg > 6:254779/1‑149 (MQ=255) ccccAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGTGTATCGGCCAGGGCCACg > 2:71936/1‑149 (MQ=255) ccccAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACg > 6:244287/1‑149 (MQ=255) cccAGAAGGTGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCTGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGc < 5:256738/149‑1 (MQ=255) atcaaaggcgataccggctatgacgaagaaaaggtctcgccttTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCa < 6:177233‑M2/96‑1 (MQ=255) atcaaaggcgataccggctatgacgaagaaaaggtctcgccttTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCa > 5:177233‑M2/44‑139 (MQ=255) atcaaaggcgataccggctatgacgaagaaaaggtctcgccttTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGcc > 3:161234‑M2/44‑149 (MQ=255) cAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCg < 7:195767/149‑1 (MQ=255) caaaggcgataccggctatgacgaagaaaaggtctcgccttTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCg > 7:59577‑M2/42‑148 (MQ=255) cttcGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCTTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCACCGCGCACCCAGAGGCAATACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTcc < 1:246295/148‑1 (MQ=255) cttcGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTCCgt < 8:9478/148‑1 (MQ=255) tcGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCAGCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGgtc < 7:162968/92‑1 (MQ=255) tcGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGgtc > 8:162968/1‑92 (MQ=255) cGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTCCGTGTa < 7:260969/148‑1 (MQ=255) gTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTCCGTGTAg < 5:244287/148‑1 (MQ=255) tCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCCCGCCGGAGAAGCGGTTTTCAGTGTAGAc > 5:301071/1‑149 (MQ=255) tCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTCCGTGTAGAc < 5:254779/149‑1 (MQ=255) aTAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAgg > 1:275489/1‑115 (MQ=255) aTAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAgg < 2:275489/115‑1 (MQ=255) | GTCTTCGTTGATCGAGGTCGATGGGGCGATCTTGCCTTGGCTCAGGCCCTCCATGTAATTGGCATACAACGAGAGCTGGTCGGTGACCTTGAGCAGTACGCCCCCAGAAGGCGAGACCTTTTCTTCGTCATAGCCGGTATCGCCTTTGATGCCGTCGCTCCAGTCATCCACCTGCACCCGTTGCCAGCGCGCACCCAGAGTCA‑‑ACAGCAGGCGGTCGTCAAAAAAGCCAAGGGTATCGGCCAGGGCCACGCCGGAGAAGCGGTTTTCCGTGTAGAC > NC_002947/4055868‑4056143 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |