New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4342346 = | 39 (0.800) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 8.2% | coding (55/810 nt) | PP_3816 | polyamine ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 4342387 = | 31 (0.680) | coding (96/810 nt) | PP_3816 | polyamine ABC transporter permease |
GCCGCACTCTTGGTAGCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATG > NC_002947/4342199‑4342492 | gccgcACTCTTGGTAGCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGac > 8:40766/1‑149 (MQ=255) gTAGCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCAt > 2:60692/1‑149 (MQ=255) gTAGCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACAGGCCTGAACATGACAACCGGGGTCAt > 3:226353/1‑149 (MQ=255) tAGCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATc < 3:289784/149‑1 (MQ=255) gCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATcgc > 2:189199/1‑149 (MQ=255) gATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCgg > 5:161867/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTcc > 6:150930/1‑149 (MQ=255) ctctTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGGCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCctgctgc < 4:229787/148‑1 (MQ=255) cttctACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCtgctgctgc > 4:144584/1‑149 (MQ=255) ctACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCtgctgctgc < 1:189199/146‑1 (MQ=255) cctgtacctgAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCggtg < 3:58001/148‑1 (MQ=255) tccatccactccgggttggagaaaaactggccgtaccacttgaaggtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCggtggt > 8:134655‑M1/109‑149 (MQ=255) ctgtacctgCAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGTCAACGCTATGGAAACTCCCATTCTCCTGGCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGTGGTCCTCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCggtggt < 2:213449/149‑1 (MQ=255) tacctgAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGgtgt > 2:103473/1‑148 (MQ=255) aaGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTTGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCTGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCg < 3:45054/148‑1 (MQ=255) aaGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATc < 7:44629/147‑1 (MQ=255) gCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGc < 6:161867/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCt > 4:43764/1‑149 (MQ=255) ggAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTg > 1:189094/1‑145 (MQ=255) ggAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTg < 2:189094/145‑1 (MQ=255) cgtaccacttgaaggtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCgt < 5:284701‑M1/50‑1 (MQ=255) cgtaccacttgaaggtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCgt > 6:284701‑M1/78‑127 (MQ=255) gCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAg < 3:144584/149‑1 (MQ=255) gcgAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCt < 5:150930/149‑1 (MQ=255) gtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacaccac > 3:256661‑M1/64‑68 (MQ=255) gtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacaccac < 4:256661‑M1/5‑1 (MQ=255) aCTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATcgcg > 4:134594/1‑78 (MQ=255) aCTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATcgcg < 3:134594/78‑1 (MQ=255) ccATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGtt < 1:291877/142‑1 (MQ=255) ccATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGtt > 2:291877/1‑142 (MQ=255) cATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTACCGCCAc > 5:302420/1‑149 (MQ=255) tGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCg < 6:146832/149‑1 (MQ=255) tGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCg < 3:43764/149‑1 (MQ=255) gCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCggtggt > 4:272961/1‑93 (MQ=255) gCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCggtggt < 3:272961/93‑1 (MQ=255) tCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGc > 5:234844/1‑149 (MQ=255) ccAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTc < 5:186809/109‑1 (MQ=255) ccAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTc > 6:186809/1‑109 (MQ=255) ccAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTc < 1:60692/149‑1 (MQ=255) ccgcccgcTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCt < 3:127279/128‑1 (MQ=255) ccgcccgcTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCAGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCt > 4:127279/1‑128 (MQ=255) tGCGGACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTtc < 6:234844/149‑1 (MQ=255) gCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGAcc < 2:111823/124‑1 (MQ=255) gCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGAcc > 1:111823/1‑124 (MQ=255) cGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACGTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTtc < 1:103473/147‑1 (MQ=255) gACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTACTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGtggatg > 5:187036/1‑148 (MQ=255) | GCCGCACTCTTGGTAGCGATCACCCTGGTGCTCTTCTACCTGTACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATG > NC_002947/4342199‑4342492 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |