New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4342346 = | 39 (0.800) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 8.2% | coding (55/810 nt) | PP_3816 | polyamine ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 4342387 = | 31 (0.680) | coding (96/810 nt) | PP_3816 | polyamine ABC transporter permease |
TACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGC > NC_002947/4342241‑4342526 | tacctgAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGgtgt > 2:103473/1‑148 (MQ=255) aaGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTTGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCTGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCg < 3:45054/148‑1 (MQ=255) aaGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATc < 7:44629/147‑1 (MQ=255) gCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGc < 6:161867/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCt > 4:43764/1‑149 (MQ=255) ggAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTg < 2:189094/145‑1 (MQ=255) ggAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTg > 1:189094/1‑145 (MQ=255) cgtaccacttgaaggtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCgt > 6:284701‑M1/78‑127 (MQ=255) cgtaccacttgaaggtccagcccggtggcgggaacaccagccactgtgacgagccgaatgacagcaacacgatgaacACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCgt < 5:284701‑M1/50‑1 (MQ=255) gCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAg < 3:144584/149‑1 (MQ=255) gcgAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCt < 5:150930/149‑1 (MQ=255) ccATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGtt > 2:291877/1‑142 (MQ=255) ccATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGtt < 1:291877/142‑1 (MQ=255) cATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTACCGCCAc > 5:302420/1‑149 (MQ=255) tGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCg < 3:43764/149‑1 (MQ=255) tGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCg < 6:146832/149‑1 (MQ=255) tCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGc > 5:234844/1‑149 (MQ=255) ccAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTc > 6:186809/1‑109 (MQ=255) ccAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTc < 5:186809/109‑1 (MQ=255) ccAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTc < 1:60692/149‑1 (MQ=255) ccgcccgcTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCt < 3:127279/128‑1 (MQ=255) ccgcccgcTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCAGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCt > 4:127279/1‑128 (MQ=255) tGCGGACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTtc < 6:234844/149‑1 (MQ=255) gCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGAcc > 1:111823/1‑124 (MQ=255) gCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGAcc < 2:111823/124‑1 (MQ=255) cGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACGTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTtc < 1:103473/147‑1 (MQ=255) acgatgaacaccaccggcagcagcaggaaggccgcgatgaccccggtggtGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACg < 5:284701‑M2/77‑1 (MQ=255) acgatgaacaccaccggcagcagcaggaaggccgcgatgaccccggtggtGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACg > 6:284701‑M2/51‑127 (MQ=255) gACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTACTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGtggatg > 5:187036/1‑148 (MQ=255) accaccggcagcagcaggaaggccgcgatgaccccggtggtGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGtggatgga > 8:134655‑M2/42‑149 (MQ=255) CACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGa < 8:277616‑M1/138‑1 (MQ=255) CACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGa > 7:277616‑M1/1‑138 (MQ=255) gTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACt > 5:306368/1‑149 (MQ=255) cgGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCAc > 7:158600/1‑141 (MQ=255) cgGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCAc < 8:158600/141‑1 (MQ=255) gCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCt > 4:114418/1‑149 (MQ=255) tCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAg > 2:126891/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAgg > 8:163302/1‑149 (MQ=255) tgctgctgcCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTg > 3:97529/1‑149 (MQ=255) gctgcCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCg > 3:253173/1‑149 (MQ=255) tgcCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCTACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTg > 8:103039/1‑149 (MQ=255) gcCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGc > 6:187136/1‑149 (MQ=255) gtggtGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGAc > 3:256661‑M2/6‑68 (MQ=255) gtggtGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGAc < 4:256661‑M2/63‑1 (MQ=255) | TACCTGAAGCTGCAGCCGGAATCCCCGGTTGGCAACGCGAGGTAAACTGCCATGCTCCTGTCTCCCAATGCCATGGGCCGCCCGCTGCGTACGGGCCTGTACCTGACCACCGGGGTCATCGCGGCCTTCCTGCTGCTGCCGGTGGTGTTCATCGTGTTGCTGTCATTCGGCTCGTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGC > NC_002947/4342241‑4342526 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |