| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5362551 = | 70 (1.430) | 4 (0.090) | 4/246 | NT | 5.6% | coding (1215/1341 nt) | glmM | phosphoglucosamine mutase |
| ? | NC_002947 | 5362607 = | 68 (1.480) | coding (1159/1341 nt) | glmM | phosphoglucosamine mutase | |||||
GATCTGCGCTGGCAAGCGCCTTCAGACACAAACTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCACTGGCTTCCTTGACGGCGGGGTGCTCCAGCGGGTCGACCTTGCTGGCGCCAAAGCGCACATTGATCAGCACCTGCGGGCACTTGCGCAGGGCCTGACGGGCCTGGGCCAGGGTT > NC_002947/5362404‑5362698 | atctcgcgatcattgccgcgctgcaggtgctgatggcgctcaagcgccggggcgaaaccctggcccaggcccgtcaggccctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcAc > 3:180492‑M1/148‑149 (MQ=255) cgacgcgatcattgccgcgctgcaggtgctgatggcgctcaagcgccggggcgaaaccctggcccaggcccgtcaggccctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcAcc > 1:6877‑M1/147‑149 (MQ=255) gacgcaatcattgccccgcggcaggtgctgatggcgctcaagcgccggggcgaaaccctggcccaggcccgtcaggccctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcAccc > 3:32776‑M1/146‑149 (MQ=255) gcgatcattgccgcgctgcaggtgctgatggcgctcaagcgccggggcgaaaccctggcccaggcccgtcaggccctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcAccccgc < 6:27518‑M1/7‑1 (MQ=255) gcgatcattgccgcgctgcaggtgctgatggcgctcaagcgccggggcgaaaccctggcccaggcccgtcaggccctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcAc < 4:180492‑M1/2‑1 (MQ=255) gatcattgccgcgctgcaggtgctgatggcgctcaagcgccggggcggaaaccctggcccaggcccgtcaggtcctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcAccccgcc < 1:67015‑M1/8‑1 (MQ=255) cTGGCAAGCGCCTTCAGACACAAACTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGAccccgcccc > 6:285871/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCCTTCAGACACAAACTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑a < 2:143136/149‑1 (MQ=255) cTTCAGACACAAACTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCGTCGCGCTCAACCATGACCCGCACCAACGGGTCGGGACCGGACTGGCGCACCAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTc > 8:278483/1‑149 (MQ=255) ttCAGACACAAACTTCGCCGACCAGTTTCGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCg > 1:171778/1‑149 (MQ=255) acacAAACTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAAc > 6:258674/1‑149 (MQ=255) acaAACTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCACAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCt > 3:196031/1‑149 (MQ=255) aaaCTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTg > 1:12275/1‑149 (MQ=255) aaCTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTgg < 5:285871/149‑1 (MQ=255) aCTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑tt > 3:27115/1‑136 (MQ=255) aCTTCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑tt < 4:27115/136‑1 (MQ=255) atggcgctcaagcgccggggcgaaaccctggcccaggcccgtcaggccctgcgcaagtgcccgcaggtgctgatcaatgtgcgctttggcgccagcaaggtcgacccgctggagcACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCa < 6:188688‑M1/34‑1 (MQ=255) ttCGCCGACCAGTTTGGCCAGCGCTTCAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCAc > 8:27119/1‑149 (MQ=255) 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cAGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCACTGGCTTCCTTGACGGCGGGGTGCTc > 4:151845/1‑148 (MQ=255) aGCATGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCACTGGCTTCCTTGACGGCGGGGTGCTCCa < 2:171778/149‑1 (MQ=255) cATGGGCCCGCACCTGGGGTTCGTCCGCGCCCTCAACCATGACCGGCACCAACGGCTCGGTACCTGACTTGCGCTACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAAGCTTGGCACTGGCTTCCTTGACGGCGGGGTGCTCCAGc < 5:298243/149‑1 (MQ=255) tGGGCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCACTGGCTTCCTTGACGGCGGGGTGCTCCAGCgg < 5:258674/149‑1 (MQ=255) gCCCGCACCTGGCTTTCGTCCTCGCCCTCAACCATGACCCGCACCAACGGCTCGGTACCGGACTTGCGCAACAGCACACGACCCCGCCCCGCC‑AGCGC‑TTCGGTAACCTTGGCACTGGCTTCCTTGACGGCGGGGTGCTCCAGCGGGTc > 8:135515/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |