New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5624427 = | 48 (0.980) | 4 (0.090) | 4/250 | NT | 8.8% | coding (204/897 nt) | PP_4942 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 5624464 = | 37 (0.790) | coding (167/897 nt) | PP_4942 | hypothetical protein |
CAGTTCGGACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGC > NC_002947/5624280‑5624567 | cAGTTCGGACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCCCGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGCCGcccc > 6:246090/1‑148 (MQ=255) cAGTTCGGACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGcccc < 8:84197/148‑1 (MQ=255) ttccgcgaacgcggttggcaagctatcgatgccaaggcttatgcccaggcgtgggcgcgctttggcggcagtgttgccacccatccgctggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcac < 6:71898‑M1/1‑1 (MQ=255) aGTTCGGACAGGTAACGCATTGTATGTCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGccccc < 8:270109/148‑1 (MQ=255) aGTTCGGACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCa < 4:55725/149‑1 (MQ=255) cgcgaacgcggttggcaagctatcgatgccaaggcttatgcccaggcgtgggcgcgctttggcggcagtgttgccaccgatccgctggtgggcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGc > 1:147903‑M1/144‑149 (MQ=255) cGGACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGc < 8:69155/148‑1 (MQ=255) gACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCgg > 1:308854/1‑149 (MQ=255) gcggttgtcaagctatcgatgccaaggcttatgcccaggcgttggcgcgttttggcggcagttttgccacccatccgcgggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgagttacctgggctggcaCCa > 1:247124‑M1/137‑139 (MQ=255) gcggttggcaatctatcgatgccaaggcttatgcccaggcgtgggcgcgctttggcggcagtgttgccacccatccgctggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatccaggtgcgttacctgggatgtcaCCa < 2:247124‑M1/3‑1 (MQ=255) gTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCgg > 8:152937/1‑144 (MQ=255) gTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCgg < 7:152937/144‑1 (MQ=255) gTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATgg > 8:9757/1‑149 (MQ=255) tAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATggc > 3:150170/1‑149 (MQ=255) cGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGTCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATggaggc < 6:242732/149‑1 (MQ=255) ttGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGc < 7:88152/149‑1 (MQ=255) tATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGc < 1:182510/149‑1 (MQ=255) gcgcAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCg < 3:13881/148‑1 (MQ=255) gcgcAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGc > 5:59779/1‑149 (MQ=255) cAACGGCGAAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAg > 7:203932/1‑149 (MQ=255) aaCGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGc > 7:25217/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTg < 6:38797/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTg < 2:308854/149‑1 (MQ=255) cgcAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGt < 6:133103/149‑1 (MQ=255) gcccaggcgtgggcgcgctttggcggcagtgttgccacccatccgctggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGcc < 3:278968‑M1/45‑1 (MQ=255) gCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGcc < 8:203932/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTaa > 1:169310/1‑149 (MQ=255) gccgccGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACg > 4:11688/1‑149 (MQ=255) cgccgGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCa < 8:25217/149‑1 (MQ=255) cAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGcc < 8:275311/94‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGAt < 2:260746/147‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGAt > 1:260746/1‑147 (MQ=255) ggcggcagtgttgccacccatccgctggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCt > 4:278968‑M1/84‑148 (MQ=255) tGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTACCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCtgt > 1:210871/1‑149 (MQ=255) tctcGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGc > 7:92268/1‑148 (MQ=255) aTTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATgg > 2:117425/1‑86 (MQ=255) aTTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATgg < 1:117425/86‑1 (MQ=255) ttACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGc < 6:59779/149‑1 (MQ=255) aCCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGc > 2:116649/1‑147 (MQ=255) cGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAg < 6:155369/115‑1 (MQ=255) cGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAg > 5:155369/1‑115 (MQ=255) cGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGt > 4:127708/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTg > 6:54943/1‑149 (MQ=255) tCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCCCGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTc > 2:167808/1‑149 (MQ=255) tCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTc > 2:276087/1‑149 (MQ=255) cgcagtgggCCTTCTTGCTATGACGCTTAAGGACGTGATTGGACTGCGCCAGTTGACGCCACCATGCCGGGATTGCTGCTTGAAGCTCGACAGCCTGGTTCCAGCCCAGGTATCGATCCTGTATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTc < 4:192997/142‑1 (MQ=255) aGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGaccac < 4:150170/149‑1 (MQ=255) ggCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGaccac > 5:144573/1‑147 (MQ=255) gCCAGCACGCTTCAGCTCGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGGAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATgg < 5:246090/148‑1 (MQ=255) aGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTgg < 3:11688/149‑1 (MQ=255) ggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCa > 5:244062‑M1/34‑80 (MQ=255) ggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCa < 6:244062‑M1/47‑1 (MQ=255) cACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTgccgc < 1:276087/149‑1 (MQ=255) aCGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTTCCAGCCCAGGTAACGCAc < 6:287491/86‑1 (MQ=255) gTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCt < 5:305317/113‑1 (MQ=255) gTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCt > 6:305317/1‑113 (MQ=255) cTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCAGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAgc > 3:41631/1‑149 (MQ=255) ggACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAgcgcg > 4:157089/1‑149 (MQ=255) gTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTggg < 5:54943/149‑1 (MQ=255) gTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTggg > 6:166652/1‑149 (MQ=255) gCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGCGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGc < 6:81501/145‑1 (MQ=255) gCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGCGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGc > 5:81501/1‑145 (MQ=255) | CAGTTCGGACAGGTAACGCATTGTATGGCGCAACGGCGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGC > NC_002947/5624280‑5624567 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |